זוהי הפקודה GWAMA שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
GWAMA - Meta Analysis של אגודה רחבה של הגנום
תַקצִיר
GWAMA [אפשרויות]
תיאור
תוכנת GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) מבצעת מטה-אנליזה של
תוצאות של מחקרי GWA של פנוטיפים בינאריים או כמותיים. אפקט קבוע ואקראי
מטא-אנליזות מבוצעות הן עבור SNPs עם גנוטיפ ישירות והן זקופים באמצעות הערכות
של יחס הסיכויים האללי ורווח סמך של 95% עבור תכונות בינאריות, והערכות של
גודל האפקט האללי ושגיאת תקן עבור פנוטיפים כמותיים. ניתן להשתמש ב-GWAMA
לניתוח התוצאות של כל המודלים הגנטיים השונים (מכפיל, תוסף,
דומיננטי, רצסיבי). התוכנה משלבת מתקני לכידת שגיאות לזיהוי
שגיאות יישור גדילים והיפוך אלל, ומבצע בדיקות של הטרוגניות של
השפעות בין מחקרים.
אפשרויות
-i, --רשימת קבצים=שם הקובץ
ציין את קבצי התוצאות של המחקרים. ברירת מחדל = gwama.in
-o, --תְפוּקָה=fileroot
ציין את שורש הקובץ עבור פלט הניתוח. ברירת מחדל = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --אַקרַאִי
השתמש בתיקון אפקט אקראי. ברירת מחדל = מושבת
-gc, --שליטה_גנומית
השתמש בבקרה גנומית להתאמת קבצי תוצאות המחקרים. ברירת מחדל = מושבת
-gco, --תפוקה_בקרת_גנומית
השתמש בשליטה גנומית על סיכום מטה-אנליזה (כלומר, תוצאות מטא-אנליזה הן
מתוקן עבור gc). ברירת מחדל = מושבת
-qt, --כמותי
בחר גרסת תכונה כמותית (עמודות BETA ו-SE). ברירת מחדל = תכונה בינארית
-m, --מַפָּה=שם הקובץ
בחר שם קובץ עבור מפת סמן.
-t, --מפתן=0-1
סף ערך p להצגת כיוון בכיווני אפקט סיכום. ברירת מחדל =
1
--אין_אללים
לא נמסר מידע על אללים. מצפה תמיד לאותה EA.
--indel_alleles
תוויות אלל עשויות להכיל יותר מאות בודדת. אין בדיקות גדיל.
--מִין הפעל ניתוח מובחן מגדרי והטרוגניות מגדרית (שיטה המתוארת ב
נייר Magi, Lindgren & Morris 2010). יש לספק מידע מגדר בקובץ רשימת הקבצים.
(העמודה השנייה אחרי שמות הקבצים היא M או F).
--name_marker
כותרת חלופית לשם סמן קול.
--name_strand
כותרת חלופית לעמודת גדיל.
--name_n
כותרת חלופית לגודל מדגם col.
--name_ea
כותרת חלופית לעמודת האלל.
--name_nea
כותרת חלופית לעמודת אלל ללא השפעה.
--name_eaf
כותרת חלופית לעמודת תדירות אללים.
--name_beta
כותרת חלופית לעמודת הביטא.
--name_se
כותרת חלופית ל-std. לִטְעוֹת. קול.
--name_or
כותרת חלופית לעמודת OR.
--name_or_95l
כותרת חלופית לעמודה OR 95L.
--name_or_95u
כותרת חלופית לעמודה OR 95U.
-h, - עזרה
הדפס עזרה זו.
-v, --גִרְסָה
הדפס מספר גרסה של GWAMA. דף מדריך זה חייב להיות לא מספיק. אנא השתמש ב-
אפשרות עזרה לתזכורת מהירה על האפשרויות של gwama או פנה לדף הבית שלה
עם התיעוד המקוון או המדריך להורדה.
השתמש ב-GWAMA באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
