זוהי הפקודה hhconsensus שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hhconsensus - חשב את רצף הקונצנזוס עבור קובץ קלט A3M/FASTA
תַקצִיר
קונצנזוס -i [אפשרויות]
תיאור
HHconsensus גרסה 2.0.16 (ינואר 2013) חשב את רצף הקונצנזוס עבור
קובץ קלט A3M/FASTA. (ג) יוהנס סודינג, מייקל רמרט, אנדריאס ביגרט, אנדראס
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A ו-Soding J. HHblits: איטרטיבי מהיר ברק
חיפוש רצף חלבון על ידי יישור HMM-HMM. נאט. מתודות 9:173-175 (2011).
-i
יישור שאילתה (A2M, A3M או FASTA), או שאילתה HMM
תְפוּקָה אפשרויות:
-s
הוסף רצף קונצנזוס ב-FASTA (ברירת מחדל = )
-o
כתוב יישור עם רצף קונצנזוס ב-A3M
-oa3m
אותו
-oa2m
כתוב יישור עם רצף קונצנזוס ב-A2M
-אופס
כתוב יישור עם רצף קונצנזוס ב-FASTA
-v
מצב מילולי: 0:ללא פלט מסך 1:אזהרות בלבד 2: מילוליות
סינון קלט יישור (אפשרויות יכול be מְשׁוּלָב):
- [0,100] זהות רצף זוגית מקסימלית (%) (def=100)
-הבדל [0,inf[ מסנן את קבוצת הרצפים המגוונת ביותר, תוך שמירה על זה לפחות
רצפים רבים בכל בלוק של יותר מ-50 עמודות (def=0)
-cov [0,100] כיסוי מינימלי עם שאילתה (%) (def=0)
-קיד [0,100] זהות רצף מינימלית עם שאילתה (%) (def=0)
-qsc [0,100] ציון מינימלי לכל עמודה עם שאילתה (def=-20.0)
קֶלֶט יישור פורמט:
-M a2m משתמש ב-A2M/A3M (ברירת מחדל): אותיות רישיות = התאמה; אותיות קטנות = הוספה; '-' = מחק; '.' =
פערים מיושרים לתוספות (ניתן להשמיט)
-M ראשון
השתמש ב-FASTA: עמודות עם שאריות ברצף הראשון הן מצבי התאמה
-M [0,100]
השתמש ב-FASTA: עמודות עם פחות מ-X% פערים הם מצבי התאמה
אחר אפשרויות:
-מוסיפה הוסף מידע מבנה משני חזוי מ-PSIPRED
דוגמה: hhconsensus -i סטדין -s stdout
השתמש ב-hhconsensus באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
