זהו הפקודה hhfilter שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hhfilter - סנן יישור לפי זהות רצף מקסימלית של מצבי התאמה ומינימום
כיסוי
תַקצִיר
hhfilter -i בקובץ -o אוסף [אפשרויות]
תיאור
HHfilter גרסה 2.0.16 (ינואר 2013) סנן יישור לפי זהות רצף מקסימלית של
מצבי משחק וכיסוי מינימלי (C) יוהנס סודינג, מייקל רמרט, אנדריאס ביגרט,
Andreas Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, and Soding J. HHblits: מהיר בזק
חיפוש רצף חלבון איטרטיבי על ידי יישור HMM-HMM. נאט. מתודות 9:173-175 (2011).
-i
קרא קובץ קלט בפורמט A3M/A2M או FASTA
-o
כתוב לקובץ פלט בפורמט A3M
-a
הוסף לקובץ הפלט בפורמט A3M
אפשרויות
-v
מצב מילולי: 0:ללא פלט מסך 1:אזהרות בלבד 2: מילוליות
- [0,100] זהות רצף זוגית מקסימלית (%) (def=90)
-הבדל [0,inf[
לסנן MSA על ידי בחירת קבוצת הרצפים המגוונת ביותר, תוך שמירה על מספר זה לפחות
seqs בכל בלוק MSA באורך 50 (def=0)
-cov [0,100] כיסוי מינימלי עם שאילתה (%) (def=0)
-קיד [0,100] זהות רצף מינימלית עם שאילתה (%) (def=0)
-qsc [0,100] ציון מינימלי לכל עמודה עם שאילתה (def=-20.0)
-נף [1,inf]
מגוון יעד של יישור (ברירת מחדל=כבוי)
קֶלֶט יישור פורמט:
-M a2m משתמש ב-A2M/A3M (ברירת מחדל): אותיות רישיות = התאמה; אותיות קטנות = הוספה; '-' = מחק; '.' =
פערים מיושרים לתוספות (ניתן להשמיט)
-M ראשון
השתמש ב-FASTA: עמודות עם שאריות ברצף הראשון הן מצבי התאמה
-M [0,100]
השתמש ב-FASTA: עמודות עם פחות מ-X% פערים הם מצבי התאמה
דוגמה: hhfilter - 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m
השתמש ב-hhfilter באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
