זוהי הפקודה hmm2calibrate שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
hmm2calibrate - כיול סטטיסטיקות חיפוש HMM
תַקצִיר
hmm2calibr [אפשרויות] hmmfile
תיאור
hmm2calibr קורא קובץ HMM מ hmmfile, מביא מספר רב של תוצאות אקראיות מסונתזות
רצפים עם זה, מתאים התפלגות ערכים קיצוניים (EVD) להיסטוגרמה של אלה
ציונים, ושמירה חוזרת hmmfile כעת כולל את פרמטרי ה-EVD.
hmm2calibr ייתכן שייקח מספר דקות (או יותר) עד שהפעולה תימשך. בזמן הפעולה,
קובץ זמני שנקרא hmmfile.xxx נוצר בספריית העבודה שלך. אם תבטל
hmm2calibr בטרם עת (ctrl-C, לדוגמה), המקורי שלך hmmfile לא נגעו,
ואתה צריך למחוק את hmmfile.xxx קובץ זמני.
אפשרויות
-h הדפס עזרה קצרה; כולל מספר גרסה וסיכום של כל האפשרויות, כולל
אפשרויות מומחים.
EXPERT אפשרויות
--מעבד
קובע את מספר המעבדים המרבי שעליו התוכנית תפעל. ברירת המחדל היא להשתמש ב-
כל המעבדים במכונה. עוקף את משתנה הסביבה HMMER_NCPU. רק
משפיע על גרסאות משורשרות של HMMER (ברירת המחדל ברוב המערכות).
--תוקן
תקן את אורך הרצפים האקראיים ל- , איפה הוא חיובי (וגם
מספר שלם) בגודל סביר. ברירת המחדל היא ליצור רצפים עם
מגוון אורכים שונים, הנשלט על ידי התפלגות גאוסית (נורמלית).
--היסטקובץ
שמירת היסטוגרמה של הציונים והעקומה התיאורטית המותאמת לקובץ .
--מתכוון
הגדר את האורך הממוצע של הרצפים הסינתטיים ל- , איפה הוא מציאותי חיובי
מספר. ברירת המחדל היא 350.
--מספר
הגדר את מספר הרצפים הסינתטיים ל- , איפה הוא מספר שלם חיובי. אם
is פחות מֵאֲשֶׁר על 1000, מה היא מתאים ל מה היא EVD אולי לְהִכָּשֵׁל. מספרים גבוהים יותר של
ייתן פרמטרי EVD שנקבעו טוב יותר. ברירת המחדל היא 5000; זה נקבע באופן אמפירי
נבחר כפשרה בין דיוק לזמן חישוב.
--pvm הפעל על מכונה וירטואלית מקבילית (PVM). ה-PVM חייב כבר לפעול.
תוכנית לקוח hmm2calibrate-pvm חייב להיות מותקן על כל צמתי ה-PVM. אופציונלי
תמיכה ב-PVM חייבת להיות מקומפלת לתוך HMMER.
--sd
הגדר את סטיית התקן של התפלגות אורך הרצף הסינתטי ל- ,
איפה הוא מספר ממשי חיובי. ברירת המחדל היא 350. שימו לב שהגאוסיאני הוא
קטום שמאלה כך שאף רצף אינו בעל אורך של <= 0.
--זֶרַע
הגדר את הזרע האקראי ל , איפה הוא מספר שלם חיובי. ברירת המחדל היא להשתמש
זְמַן() כדי לייצר זרע שונה לכל ריצה, מה שאומר ששני זרעים שונים
ריצות של hmm2calibr באותו HMM ייתן תוצאות שונות במקצת. אתה
ניתן להשתמש באפשרות זו כדי לייצר תוצאות ניתנות לשחזור עבור יישומים שונים hmm2calibr
פועל על אותו HMM.
השתמש ב-hmm2calibrate באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
