זוהי הפקודה hmmemit שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hmmemit - רצפים לדוגמה מפרופיל HMM
תַקצִיר
אמממי [אפשרויות] hmmfile
תיאור
אל האני אמממי תוכניות דגימות (פולטות) רצפים מהפרופיל HMM(ים) ב hmmfile, ו
כותב אותם לפלט. רצפי דגימה עשויים להיות שימושיים למגוון מטרות,
כולל יצירת תוצאות חיוביות אמיתיות סינתטיות עבור מדדים או בדיקות.
ברירת המחדל היא לדגום רצף אחד לא מיושר ממודל ההסתברות המרכזי, אשר
פירושו שכל רצף מורכב מתחום אחד באורך מלא. לחילופין, עם ה -c
אפשרות, אתה יכול לפלוט רצף קונצנזוס של רוב פשוט; או עם ה -a אפשרות, אתה
יכול לפלוט יישור (במקרה כזה, אתה כנראה גם רוצה להגדיר -N למשהו אחר
ברירת המחדל של רצף אחד לכל דגם).
כאפשרות נוספת, עם ה -p אפשרות אתה יכול לדגום רצף מתוך תצורה מלאה
פרופיל חיפוש של HMMER. משמעות הדבר היא דגימת 'רצף הומולוגי' לפי ההגדרה של HMMER,
כולל רצפים אגפים לא הומולוגיים, יישורים מקומיים ותחומים מרובים לכל
רצף, בהתאם לדגם האורך ומצב היישור שנבחר עבור הפרופיל.
אל האני hmmfile עשוי להכיל ספרייה של HMMs, ובמקרה זה כל HMM ישמש בתורו.
עשוי להיות '-' (מקף), כלומר קריאת קלט זה סטדין במקום קובץ.
משותף אפשרויות
-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.
-o הפנה את רצפי הפלט לקובץ , במקום ל stdout.
-N מדגם רצפים לכל דגם, ולא רק אחד.
אפשרויות שליטה מה ל לִפְלוֹט
ברירת המחדל היא לדגום N רצפים ממודל הליבה. לחלופין, אתה יכול לבחור
אחת (ויחידה) מהחלופות הבאות.
-a פלט יישור עבור כל HMM ב- hmmfile במקום דגימה לא מיושרת
רצפים אחד בכל פעם.
-c פלט רצף קונצנזוס של ריבוי כללים, במקום לדגום רצף מה-
פרופיל התפלגות ההסתברות של HMM. רצף הקונצנזוס נוצר על ידי
בחירת שארית ההסתברות המקסימלית בכל מצב התאמה.
-C פולט רצף קונצנזוס של ריבוי כללים משוכלל יותר מאשר -c אוֹפְּצִיָה. אם המקסימום
לשארית הסתברות יש p מינימום הצג אותו כשארית אותיות קטנות של 'כל' (n או x); אם
p >= מינימום ו מינו הראה את זה כשריד באותיות קטנות; ואם p >= מינו להראות את זה בתור
שארית אות גדולה. הגדרות ברירת המחדל של מינו ו מינימום שניהם 0.0, אשר
אומר -C נותן את אותו הפלט כמו -c אלא אם כן אתה גם מגדיר מינו ו מינימום למה שאתה
רוצה.
-p דגימת רצפים לא מיושרים מפרופיל החיפוש המרומז, לא מהליבה
דֶגֶם. מודל הליבה מורכב רק מהמצבים ההומולוגיים (בין ההתחלה
ומצבי קצה של דגם HMMER Plan7). הפרופיל כולל את ה-N הלא הומולוגי,
מצבי C, ו-J, תצורת אלגוריתם מקומי/גלוקאלי ו-uni/multihit, וה
מודל אורך המטרה. לכן רצפים שנדגמו מפרופיל עשויים לכלול
רצפים לא-הומולוגיים כמו גם הומולוגיים, ועשויים להכיל יותר מאחד
קטע רצף הומולוגי. כברירת מחדל, הפרופיל נמצא במצב מקומי multihit, ו
אורך רצף היעד מוגדר ל-L=400.
אפשרויות שליטה פְּלִיטָה מן פרופילים
אפשרויות אלה מחייבות שהגדרת את -p אוֹפְּצִיָה.
-L הגדר את מודל אורך רצף היעד של הפרופיל כדי ליצור אורך ממוצע של
בְּעֵרֶך במקום ברירת המחדל של 400.
--מְקוֹמִי
הגדר את הפרופיל ליישור מקומי רב-היטים.
--חד מקומי
הגדר את הפרופיל ליישור מקומי unihit (Smith/Waterman).
--גלואלי
הגדר את הפרופיל ליישור גלוקלי מרובה פגעים.
--חד מקומי
הגדר את הפרופיל ליישור גלוקלי unihit.
אפשרויות שליטה לְחַבֵּב קוֹנסֶנזוּס פְּלִיטָה
אפשרויות אלה מחייבות שהגדרת את -C אוֹפְּצִיָה.
--מינימום
קובע את מינימום סף להצגת שאריות שנשמרו בצורה חלשה כאות קטנה. (0 <=
x <= 1)
--מינוס
קובע את מינו סף להצגת שאריות שנשמרו היטב כאותיות גדולות. (0
<= x <= 1)
אחר אפשרויות
--זֶרַע
זרעי את מחולל המספרים האקראיים עם , מספר שלם >= 0. אם אינו אפס, כל
הדמיות סטוכסטיות יהיו ניתנות לשחזור; אותה פקודה תיתן את אותו הדבר
תוצאות. אם הוא 0, מחולל המספרים האקראיים מוזרע באופן שרירותי, ו
סימולציות סטוכסטיות ישתנו מהפעלה להרצה של אותה פקודה. ברירת המחדל
הוא 0: השתמש בזרע שרירותי, שונה כל כך אמממי ריצות יפיקו שונה
דגימות.
השתמש ב-hmmemit באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
