זוהי הפקודה hmmfetch שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hmmfetch - אחזר פרופיל HMM(s) מקובץ
תַקצִיר
המממביא [אפשרויות]
(מאחזר HMM בשם )
המממביא -f [אפשרויות]
(מאחזר את כל ה-HMMs הרשומים ב-)
המממביא --אינדקס [אפשרויות]
(אינדקסים לאחזור)
תיאור
מאחזר במהירות פרופיל HMM אחד או יותר מ- (מסד נתונים גדול של Pfam, עבור
דוגמא).
למהירות מרבית, ה צריך להיות אינדקס תחילה, באמצעות המממביא --אינדקס. ה
אינדקס הוא קובץ בינארי בשם .ssi. עם זאת, זה אופציונלי, והאחזור יהיה
עדיין עובד מקבצים לא מאוגדים, אם כי הרבה יותר לאט.
מצב ברירת המחדל הוא לאחזר פרופיל בודד לפי שם או הצטרפות, הנקרא .
לדוגמה:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
עם -f אפשרות, א המכיל רשימה של מפתח אחד או יותר נקרא במקום זאת.
השדה הראשון המופרד ברווחים לבנים בכל שורה שאינה ריקה של הערות
משמש כ , ומתעלמים מהנתונים שנותרו בקו. זה מאפשר מגוון
של קבצי נתונים מופרדים ברווחים לבנים שישמשו כ s.
כשמשתמש -f וכן , אם hmmfile נוספה לאינדקס, המפתחות מאוחזרים ב-
סדר שהם מתרחשים ב קובץ מפתח, אבל אם hmmfile אינו מתווסף, מפתחות מאוחזרים ב-
סדר שהם מתרחשים ב hmmfile. זו תופעת לוואי של יישום שמאפשר
מספר מפתחות שיש לאחזר גם אם הוא זרם שאינו ניתן לאחור, כמו א
צינור קלט סטנדרטי.
בשימוש רגיל (ללא --אינדקס or -f אפשרויות), עשוי להיות '-' (מקף), שפירושו
קריאת קלט מ סטדין במקום קובץ. עם ה --אינדקס אוֹפְּצִיָה, אולי לא
להיות '-'; זה לא הגיוני לאינדקס זרם קלט סטנדרטי. עם ה -f אוֹפְּצִיָה,
או or (אך לא שניהם) עשויים להיות '-'. לרוב זה שימושי במיוחד
לקרוא מקלט רגיל, מכיוון שזה מאפשר שימוש בפקודה שרירותית
שורת קריאות ליצירת רשימה של שמות או כניסות של HMM, ולאחר מכן אחזר את כולם לחדש
קובץ, רק עם פקודה אחת.
כברירת מחדל, HMMs שנשלפו מודפסים לפלט סטנדרטי בפורמט HMMER3.
אפשרויות
-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.
-f הארגומנט השני של שורת הפקודה הוא א במקום סינגל . ה
השדה הראשון בכל שורה של משמש כאחזור (שם HMM
או הצטרפות). קווים ריקים ושורות הערה (שמתחילים בתו #) הם
התעלם.
-o פלט HMM(ים) לקובץ במקום לפלט סטנדרטי.
-O פלט HMM(ים) לקבצים בודדים בשם במקום פלט רגיל. עם
מה היא -f אפשרות, זה יכול לגרום ליצירת קבצים רבים.
--אינדקס
במקום לאחזר פרופיל אחד או יותר מ , אינדקס את ל
אחזורים עתידיים. זה יוצר א .ssi קובץ אינדקס בינארי.
השתמש ב-hmmfetch באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
