img2dcm - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

img2dcm - המרת פורמטים סטנדרטיים של תמונה לפורמט DICOM

תַקצִיר

img2dcm [אפשרויות] imgfile-in dcmfile-out

תיאור

אל האני img2dcm כלי משמש ככלי המרה מפורמט תמונה סטנדרטי כמו JPEG או BMP
ל-DICOM. ניתן לבחור מחלקות SOP פלט שונות. המידע הנוסף
(לגבי מטופלים, סדרות וכו') המאוחסנים בקובץ הפלט של DICOM ניתן לחלץ ממנו
קבצי DICOM אחרים המשמשים כ'תבנית' עבור אובייקט ה-DICOM שנוצר. img2dcm יכול
גם להיות מוגדר להמציא תכונות חסרות DICOM מסוג 1 ו-type 2 לעבוד אפילו
ללא כל מערך נתונים של תבנית.

פרמטרים

קובץ התמונה imgfile-in לייבוא

dcmfile-out קובץ פלט DICOM

אפשרויות

כללי אפשרויות
-h --עזרה
הדפס את טקסט העזרה הזה וצא

--גִרְסָה
הדפס מידע על גרסה ויציאה

--טיעונים
הדפס ארגומנטים מורחבים של שורת פקודה

-q --שקט
מצב שקט, ללא אזהרות ושגיאות

-v --מלל
מצב מילולי, פרטי עיבוד הדפסה

-d --debug
מצב ניפוי באגים, הדפס מידע על ניפוי באגים

-ll --log-level [l]evel: קבוע מחרוזת
(פטאלי, שגיאה, אזהרה, מידע, איתור באגים, מעקב)
השתמש ברמה l עבור לוגר

-lc --log-config [f]שם קובץ: מחרוזת
השתמש בקובץ התצורה f עבור לוגר

קלט אפשרויות
כללי:

-i --input-format [i]פורמט קובץ nput: מחרוזת
פורמטים נתמכים: JPEG (ברירת מחדל), BMP

-df --dataset-from [f]שם קובץ: מחרוזת
השתמש במערך נתונים מקובץ DICOM f

-stf --מחקר מ-[f]ilename: מחרוזת
קרא מטופל/מחקר מקובץ DICOM f

-sef --series-from [f]ilename: מחרוזת
קרא מטופל/מחקר/סדרה מקובץ DICOM f

-ii --instance-inc
הגדל את מספר המופע שנקרא מקובץ DICOM

פורמט JPEG:

-dp --disable-progr
השבת את התמיכה ב-JPEG מתקדם

-de --disable-ext
השבת את התמיכה ב-JPEG רציף מורחב

-jf --תעקש-על-jfif
להתעקש על קיום כותרת JFIF

-ka --keep-appn
לשמור על קטעי APPn (למעט JFIF)

תהליך אפשרויות
בדיקת תכונות:

--עשה בדיקות
אפשר בדיקת תוקף תכונה (ברירת מחדל)

--אין בדיקות
השבת את בדיקת תקפות התכונה

+i2 --insert-type2
הוסף תכונות חסרות מסוג 2 (ברירת מחדל)
(רק עם --do-checks)

-i2 --no-type2-insert
אל תכניס תכונות חסרות מסוג 2
(רק עם --do-checks)

+i1 --invent-type1
להמציא תכונות חסרות מסוג 1
(רק עם --do-checks)

-i1 --no-type1-invent
אל תמציא תכונות חסרות מסוג 1
(רק עם --do-checks)

סט תווים:

+l1 --לטיני1
הגדר לטינית-1 כקבוצת תווים סטנדרטית (ברירת מחדל)

-l1 --לא-לטיני1
שמור 7-bit ASCII כקבוצת תווים סטנדרטית

אפשרויות עיבוד אחרות:

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", נתיב או שם מילון="str"
להוסיף תכונה נוספת

תפוקה אפשרויות
שיעור SOP יעד:

-sc --sec-capture
כתוב כיתת SOP לכידה משנית

-nsc --new-sc
כתוב שיעורי SOP לכידה משנית חדשים

-vlp --vl-תמונה
כתוב כיתת SOP לצילום אור נראה (ברירת מחדל)

פורמט קובץ פלט:

+F --כתוב-קובץ
כתוב פורמט קובץ (ברירת מחדל)

-F --write-dataset
כתוב סט נתונים ללא מטא מידע על הקובץ

קידוד אורך קבוצה:

+g= --group-length-recalc
חשב מחדש אורכי קבוצה אם קיימים (ברירת מחדל)

+g --קבוצה-אורך-צור
תמיד לכתוב עם אלמנטים של אורך קבוצה

-g --קבוצה-אורך-הסר
כתוב תמיד ללא רכיבי אורך קבוצה

קידוד אורך ברצפים ופריטים:

+e --אורך-מפורש
כתוב באורך מפורש (ברירת מחדל)

-e --אורך-לא מוגדר
לכתוב באורך לא מוגדר

ריפוד נגרר של ערכת נתונים (לא עם --write-dataset):

-p --padding-off
ללא ריפוד (מרומז אם --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: מספר שלם
יישר קובץ על מספר f בתים
ופריטים על מספר בתים i

אורים

תְכוּנָה מקורות
להמרת פורמט תמונה כללי לפורמט DICOM, ה img2dcm יישום עשוי להיות
ניזון עם קלט נוסף למילוי תכונות חובה (ואופציונליות) בחדש
קובץ DICOM כמו מידע על מטופל, מחקר וסדרות. ניתן לאסוף מידע זה
באמצעות גישות שונות, הניתנות לשילוב והן מיושמות על קובץ התוצאות ב
הסדר הבא:

· משתמש ב --ערכת נתונים-מאת אוֹפְּצִיָה img2dcm נאלץ לייבא תכונות מקובץ קיים
קובץ DICOM. קובץ ה-DICOM הנתון מיובא במלואו ומשמש כבסיס לכולם
פעולות ייצוא נוספות. כחריג, ה-SOP Instance UID אינו מועתק על ידי זה
אוֹפְּצִיָה. כמו כן, נתונים הקשורים לתמונה כמו שורות, עמודות וכו' מוחלפים במהלך ההמרה.
שים לב כי img2dcm אינו בודק ערכי תכונה אחרים לתקפות, למשל
אל תסתכל על רצפים כדי להתאים תכונות כלשהן לאובייקט החדש (תמונות מוזכרות
וכו.). לכן, מומלץ להשתמש בתבניות בספריית הנתונים עבור (ישנים)
אובייקטי SC ו-VLP. ראה גם סעיף 'תבניות קלט'.
· --לימוד-מאת ו --סדרה-מאת ניתן להשתמש באפשרויות (בלעדות הדדית) לייבוא
מידע על מטופל, מחקר וסדרה מקובץ DICOM קיים. אם --סדרה-מאת is
שצוין, ואז קובץ ה-DICOM הנתון נפתח על ידי img2dcm וכל המידע החובה
עד לרמת הסדרה מיובא. שימו לב שזה כולל מטופל, מחקר וסדרות
מֵידָע. במקרה --לימוד-מאת, המידע על הסדרה אינו נכלל. הבאים
משתלטים על תכונות:
רמת מטופל:
שם המטופל
תעודת זהות של מטופל
מין החולה
תאריך הלידה של החולה
סט תווים ספציפי

רמת הלימוד:
מחקר מופע UID
תאריך לימוד
זמן לימודים
שם הרופא המפנה
מזהה לימודים
מספר גישה

רמת סדרה (רק במקרה של אפשרות --סדרה-מאת):
UID של מופע סדרה
מספר סדרה
יַצרָן
· עם ה --insert-type2 ו --invent-type1 אפשרויות (שתיהן מופעלות כברירת מחדל), חסרות
מאפיינים (מאפייני סוג 2) ו/או ערכי מאפיינים חסרים (עבור מאפיינים מסוג 1)
מתווספים ומומצאים אוטומטית על ידי img2dcm. שימו לב שהאפשרויות הללו הן בלבד
מוערך אם אפשרות --עשה בדיקות מופעל (ברירת מחדל). אם ה --אין בדיקות אפשרויות זה
מופעלת, לא תתבצע הכנסת תכונה אוטומטית.
· --מַפְתֵחַ ניתן להשתמש באפשרות כדי להוסיף תכונות נוספות לקובץ הפלט של DICOM. זֶה
האפשרות מוחלת ממש בסוף, ממש לפני שמירת קובץ ה-DICOM. זה גם
ניתן לציין רצפים, פריטים ותכונות מקוננות באמצעות ה --מַפְתֵחַ אוֹפְּצִיָה. ב
במקרים אלה, יש להשתמש בסימון 'נתיב' מיוחד. פרטים על סימון נתיב זה יכולים
ניתן למצוא בתיעוד של dcmodify.
מזהי UID
נוצרים מזהי UID חדשים של מחקר ומופע סדרה if הכרחי לאחר החלת --לימוד-
החל מ- ו --סִדרָה אפשרויות. אם ה-UID של מופע המחקר או ה-UID של מופע הסדרות אינם קיימים
לאחר השלבים הללו, הם נוצרים לאחרונה, באופן עצמאי זה מזה. ניגוד
התנהגות נבחרה עבור ה-SOP Instance UID שניתן לצפות שישלטו עליו כאשר
באמצעות --ערכת נתונים-מאת אוֹפְּצִיָה. זה לֹא במקרה, ה-SOP Instance UID הוא לֹא מוּעֲתָק
לאובייקט החדש. זו צריכה להיות ההתנהגות הרצויה עבור רוב מקרי השימוש. אולם, אם א
יש להכניס UID מסוים של מופע SOP לאובייקט החדש, ה --מַפְתֵחַ אפשרות צריכה
לשמש.
קֶלֶט תבניות
לתמיכה בהמרה ל-DICOM, img2dcm מגיע עם כמה תבניות מוגדרות מראש
אשר יכול לשמש עבור --ערכת נתונים-מאת אפשרות (ראה קבצים לדוגמה SC.dump ו VLP.dump).
יש למלא תבניות אלו בערכים הרצויים ולאחר מכן יש לזרוק אותן
(הומר) לקובץ DICOM לפני השימוש בפועל עם img2dcm. להשתמש dump2dcm ל
המר את ה-dump ל-DICOM. דוגמא:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

אפשר להשתמש בכל קובץ DICOM כתבנית. שימו לב שה-DICOM המלא
מערך הנתונים מיובא; לפיכך, יש להבטיח שרק תכונות קיימות
צריך להיות חלק מאובייקט ה-DICOM שנבנה. ה-SOP Class UID ונתוני הפיקסל
תכונות (כולל תכונות כמו שורות, עמודות וכו') אינן מועתקות אלא מוחלפות ב-
img2dcm במהלך ההמרה.
קֶלֶט תוספים
אל האני img2dcm האפליקציה תומכת כעת בפורמט JPEG ובפורמט תמונה BMP כקלט.
JPEG קֶלֶט חיבור
עבור JPEG, ה-JPEG המקורי מקובץ המקור אינו מפוענח אלא חולץ ומעט
טרנספורמציה (למשל, כותרת JFIF מנותקת) כדי לאפשר המרה מהירה אפילו של קבצי JPEG גדולים
ללא צורך בפענוח וקידוד מחדש. תוסף JPEG בוחר את הפלט הדרוש
העבר תחביר אוטומטית בהתאם לקידוד בפועל של הנתונים בתוך ה-JPEG
קוֹבֶץ. לכן, תחבירי ההעברה הבאים (וקידודי ה-JPEG המתאימים להם)
משמשים את הפלאגין JPEG:
· JPEG Coding Process 1 Baseline, Lossy, Non-Hirarchical, Sequential, DCT, Huffman, 8 Bit
Class SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· תהליך קידוד JPEG 2 (8 סיביות) ו-4 (12 סיביות) מורחב, אובדן, לא היררכי,
Sequential, DCT, Huffman, 8/12 Bit SOP Class = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· תהליך קידוד JPEG 10 (8 סיביות) ו-12 (12 סיביות) התקדמות מלאה, אובדנית, ללא היררכיה,
Progressive, DCT, Huffman, 8/12 Bit SOP Class = 1.2.840.10008.1.2.4.55
תמונות צבע וגווני אפור נתמכות.
ניתן לבטל את התמיכה בתחביר העברת JPEG המורחב (--disable-ext אוֹפְּצִיָה)
כמו גם התמיכה בתחביר העברת JPEG Progressive (בדימוס) (--disable-progr
אוֹפְּצִיָה).
קידוד ללא אובדן JPEG כמו גם כל מצבי קידוד JPEG אריתמטיים או היררכיים הם
לא נתמך על ידי הפלאגין.
מידע JFIF (פורמט JPEG File Interchange) מאפשר סמני APPn אופציונליים ב-a
קובץ JPEG. מצלמות דיגיטליות רבות אינן משלבות מידע JFIF כזה ב-JPEG
פלט שהם יוצרים. לדוגמה, JFIF מכיל מידע על יחס הגובה-רוחב של הפיקסלים
התמונה הדחוסה. אם אתה רוצה את img2dcm יישום להתעקש על כותרת JFIF
זרם JPEG, אתה יכול להשתמש באפשרות --התעקש-על-jfif אשר יבטל אם אין JFIF
ניתן למצוא מידע. כברירת מחדל, מתעלמים ממידע JFIF חסר.
עבור DICOM זה סוג של 'אזור אפור', בין אם שילוב של JFIF (או כל APPn אחר)
נתונים לתוך זרם ה-JPEG הפנימי של אובייקט ה-DICOM מותרים או לא. עם זאת, הכי הרבה
גישה אמינה היא לחתוך את הסמנים והמידע שלהם מזרם ה-JPEG. זֶה
הגישה ננקטת גם על ידי img2dcm יישום. כברירת מחדל, כל סמני ה-APPn נחתכים
כבוי מזרם ה-JPEG המקורי. עם זאת, אם אתה רוצה לשמור סמני APPn אחרים מאשר
JFIF (למשל מידע EXIF) בתוך זרם DICOM, האפשרות --keep-appn עושה את
טריק. זה גם צריך להיות מעט יותר מהיר מאשר ניתוק מידע APPn, כי זה כן
אין צורך לסרוק את כל זרם ה-JPEG לאיתור נתונים כאלה. מידע JFIF הוא תמיד
הוסר על ידי img2dcm.
BMP קֶלֶט חיבור
img2dcm תומך ב-BMP כפורמט קלט. עם זאת, עד כה רק תמונות ה-BMP הנפוצות ביותר הן
נתמך. בפרט, תמונות BMP המשתמשות בשדות סיביות או קידוד באורך ריצה יהיו
נִדחֶה. תמונות כאלה אינן שכיחות. כל תמונות הקלט יומרו לתמונת DICOM
עם דגם צבע RGB וקצת עומק של 24. אין אפשרויות ספציפיות לכוונון עדין
המרת פורמט BMP.
תְפוּקָה תוספים
ניתן לבחור את מחלקת ה-SOP הפלט הרצויה בשורת הפקודה. נכון לעכשיו, ייצוא
תוסף עבור מחלקה Secondary Capture Image SOP (ברירת מחדל, אפשרות -sc), המשני החדש
כיתות SOP ללכוד תמונה (אפשרות -nsc) ושיעור SOP לצילום של אור נראה
(אוֹפְּצִיָה -vl) פנויים. שים לב שהראשון הוצא משימוש בהתאם ל-
תקן DICOM אך נבחר כברירת מחדל מכיוון שהוא נתמך באופן נרחב. עתיד
גירסאות של img2dcm עשוי לספק תוספי פלט נוספים לשיעורי SOP אחרים.
עבור מחלקות ה-SOP החדשות של לכידה משנית, לא ניתן לציין איזה ספציפי
יש להשתמש במחלקת SOP עבור הפלט. זה בגלל ששיעורי SOP חדשים אלה הם
נבדלים זה מזה על ידי עומק צבע (1/8/16) והעובדה אם התמונה כן
שחור/לבן או צבע. זו הסיבה img2dcm מחליט במהלך ההמרה, איזה פלט SOP
class מתאימה לתמונת מקור נתונה.

דוגמאות

להלן כמה דוגמאות המראות כיצד img2dcm ניתן להשתמש באפליקציה.
1. img2dcm image.jpg out.dcm
קרא את קובץ ה-JPEG 'image.jpg', המר למחלקה הישנה של Secondary Capture SOP ושמור
התוצאה לקובץ DICOM 'out.dcm'. זו הדרך הקלה ביותר לשימוש img2dcm. כל סוג
תכונות 1 וסוג 2 הנדרשות לכתיבת אובייקטים חוקיים של מחלקת SOP זו
מוכנס אוטומטית.
2. img2dcm -i BMP image.bmp out.dcm
זהה לעיל אבל אומר ל-img2dcm לקרוא קובץ BMP במקום JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName=Bond^James'
זהה לדוגמא הראשונה, אבל כותב את אובייקט התמונה של Visible Light Photographic ל-'out.dcm'
ומגדיר את שם המטופל ל-'Bond^James' שאם לא כן היה נשאר ריק.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
זהה ל-1), אבל מייבא מידע על מטופל/מחקר/סדרה מקובץ DICOM
'template.dcm'. שים לב שהתכונה PatientName תכיל את 'Bond^James' ב
בסוף, כל ערך מ-'template.dcm' יוחלף. כלומר, מכיוון שה-k
האפשרות מיושמת ממש בסוף צינור ההמרה (ראה לעיל).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --ללא בדיקות
זהה ל-1), אבל לא מבצע בדיקת תכונות ולא סוג 1 וסוג 2
הכנסת תכונה! אז במקרה זה, אובייקט DICOM לא חוקי ייווצר. זֶה
יכול להיות מעניין אם קובץ הפלט לא מיועד להשלמה אלא יעבור
טרנספורמציות נוספות, למשל הוספת תכונות באמצעות dcmodify. השתמש רק באפשרות --לא-
בדיקות אם אתה יודע מה אתה עושה!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
זהה ל-1), אך אינו מוסיף תכונות חסרות מסוג 1 ו/או הערכים שלהן. סוג 2
תכונות יוכנסו. שימו לב שבמקרה זה יש לוודא שכל סוג 1
תכונות מסופקות באמצעים אחרים, כלומר על ידי הוספתן עם ה- --מַפְתֵחַ אוֹפְּצִיָה.
אחרת, img2dcm ידווח על שגיאה ויפסיק להמיר.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
זהה ל-1), אבל משתלט על מידע APPn כמו EXIF ​​לאובייקט DICOM
זרם JPEG שהתקבל. נוסף, --התעקש-על-jfif יכריח img2dcm להפיל אם לא
מידע JFIF קיים בקובץ המקור.

יומן

רמת פלט הרישום של כלי שורת הפקודה השונים והספריות הבסיסיות יכולה
יצוין על ידי המשתמש. כברירת מחדל, רק שגיאות ואזהרות נכתבות לתקן
זרם שגיאות. שימוש באפשרות --מִלוּלִי גם הודעות מידע כמו עיבוד פרטים
דווחו. אוֹפְּצִיָה --לנפות ניתן להשתמש כדי לקבל פרטים נוספים על הפעילות הפנימית,
למשל למטרות ניפוי באגים. ניתן לבחור רמות רישום אחרות באמצעות האפשרות --עֵץ-
רָמָה. ב --שֶׁקֶט במצב רק שגיאות קטלניות מדווחות. באירועי שגיאה כה חמורים,
הבקשה תסתיים בדרך כלל. לפרטים נוספים על רמות הרישום השונות,
ראה תיעוד של מודול 'oflog'.
במקרה שיש לכתוב את פלט הרישום לקובץ (אופציונלי עם סיבוב קובץ יומן),
ל-syslog (Unix) או לאפשרות יומן האירועים (Windows). --log-config יכול לשמש. זֶה
קובץ התצורה מאפשר גם להפנות רק הודעות מסוימות לפלט מסוים
זרם ולסינון הודעות מסוימות בהתבסס על המודול או היישום שבו הם
נוצרים. קובץ תצורה לדוגמה מסופק ב /logger.cfg.

פקודה קו

כל כלי שורת הפקודה משתמשים בסימון הבא עבור פרמטרים: סוגריים מרובעים מקיפים
ערכים אופציונליים (0-1), שלוש נקודות עוקבות מצביעות על כך שמתירים מספר ערכים
(1-n), שילוב של שניהם פירושו 0 עד n ערכים.
אפשרויות שורת הפקודה מובדלות מפרמטרים על ידי סימן '+' או '-' מוביל,
בהתאמה. בדרך כלל, הסדר והמיקום של אפשרויות שורת הפקודה הם שרירותיים (כלומר
יכול להופיע בכל מקום). עם זאת, אם האפשרויות סותרות זו את זו, המראה הימני ביותר
משמש. התנהגות זו תואמת את כללי ההערכה הסטנדרטיים של קונכיות Unix נפוצות.
בנוסף, ניתן לציין קובץ פקודה אחד או יותר באמצעות סימן '@' כתחילית ל
שם הקובץ (למשל @command.txt). ארגומנט פקודה כזה מוחלף בתוכן של
קובץ הטקסט המתאים (ריבוי רווחים מרובים מטופלים כמפריד יחיד אלא אם כן
הם מופיעים בין שתי מרכאות) לפני כל הערכה נוספת. שים לב ש
קובץ פקודה לא יכול להכיל קובץ פקודה אחר. גישה פשוטה אך יעילה זו
מאפשר לסכם שילובים נפוצים של אפשרויות/פרמטרים ונמנע ארוך ו
שורות פקודה מבלבלות (דוגמה מסופקת בקובץ /dumppat.txt).

הסביבה

אל האני img2dcm כלי השירות ינסה לטעון את מילוני הנתונים של DICOM המצוינים ב-
DCDICTPATH משתנה הסביבה. כברירת מחדל, כלומר אם DCDICTPATH משתנה הסביבה
לא מוגדר, הקובץ /dicom.dic ייטען אלא אם המילון נבנה
לתוך האפליקציה (ברירת מחדל עבור Windows).
יש להעדיף את התנהגות ברירת המחדל ואת DCDICTPATH משתנה סביבה בלבד
משמש כאשר נדרשים מילוני נתונים חלופיים. ה DCDICTPATH משתנה הסביבה
יש אותו פורמט כמו מעטפת יוניקס נתיב משתנה בכך שנקודתיים (':') מפריד
ערכים. במערכות Windows, נקודה-פסיק (';') משמשת כמפריד. מילון הנתונים
הקוד ינסה לטעון כל קובץ שצוין ב- DCDICTPATH משתנה הסביבה. זה
היא שגיאה אם ​​לא ניתן לטעון מילון נתונים.

השתמש ב-img2dcm באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net