בלתי מחיק - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

בלתי מחיק - סימולטור חזק וגמיש של אבולוציה ביולוגית

תַקצִיר

בלתי נמחק

לא ניתן להעביר אפשרויות דרך שורת הפקודה.

תיאור

בלתי נמחק יכול לדמות אבולוציה של נוקלאוטיד, חומצת אמינו או קודון מרובה מחלקים
מערכי נתונים דרך תהליכים של הכנסה, מחיקה והחלפה באופן רציף
זְמַן. כל המודלים האבולוציוניים הנפוצים נתמכים.

התיעוד המלא עבור בלתי נמחק זמין תחת
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

תְצוּרָה

בלתי נמחק קורא את ההגדרות להפעלת סימולציה מקובץ בשם control.txt ב
ספרייה נוכחית. הקובץ מחולק לבלוקים, כאשר כל בלוק שולט באחד
היבט מסוים של הסימולציה. בלוקים עשויים להכיל תת בלוקים נוספים. הערות יכולות
ניתן בסגנון C או C++. אם בלתי נמחק מבוצע ללא קיים קובץ בקרה, an
נוצר קובץ לדוגמה.

[סוּג] סוג
כל קובץ בקרה חייב להתחיל ב-a סוג לַחסוֹם. הסוגים האפשריים הם נוקלאוטיד,
חומצת אמינו, ו CODON.

[הגדרות]
בלוק זה מציין העדפות משתמש לא חיוניות כגון סוגי קבצי פלט ו
פורמטים, זרעים עבור מחולל המספרים האקראיים, והאם לפלט מפורט
דוחות.

[דֶגֶם] שם המודל
בלוק זה מתחיל מודל אבולוציוני חדש שישמש לסימולציה. ה
פרמטרים מסוימים, כולל מודלים להחלפה, שיעורי אינדל ואתר קודון
מודלים נשלטים באמצעות תת-מודלים. שם המודל יכול להיות כל שם שתבחר.

[עֵץ] treename newick
בלוק זה משמש לציון עץ מדריך עם השם הנתון שם עץ.
מרחקים אבולוציוניים מיוצגים כאורך ענפים עבור העץ ב ניויק
פורמט.

[ענפים]
בלוקים אלה משמשים כדי לדמות תהליכים לא נייחים ולא הומוגניים.
ניתן לציין דגמים שונים על ענפים שונים של עץ המדריך המאפשר
סניפים שיהיו מודלים שונים של החלפה, התפלגות אורך אינדל, שיעור
הטרוגניות, הרכב בסיס וכו'.

[מחיצות] שם המחיצה
במהלך כל הפעלה ניתן לדמות מחיצות רצף מרובות. לכל מחיצה
יש לציין את עץ המדריך, המודל האבולוציוני ואורך הרצף.

[לְהִתְפַּתֵחַ]
בתוך בלוק זה עשויות להיווצר העתקים מרובים של מחיצה.

זכויות יוצרים

זכויות יוצרים © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL גרסה 3 ואילך.
זוהי תוכנה חופשית: אתה חופשי לשנות ולהפיץ אותה מחדש. אין אחריות,
במידה המותרת בחוק. טקסט הרישיון המלא זמין בכתובת
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

תודות

וויליאם פלטשר וזיהנג יאנג (2009). בלתי ניתן למחיקה: סימולטור גמיש של ביולוגי
רצף אבולוציה, מולקולרי ביולוגיה ו אבולוציה 26(8): 1879-1888.

השתמש באינטרנט בלתי מחיק באמצעות שירותי onworks.net