indexdb_rna - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

indexdb_rna - כלי לסינון, מיפוי ולבחירת קריאות NGS (indexdb)

תַקצִיר

indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [אפשרויות]

תיאור

SortMeRNA הוא כלי ניתוח רצף ביולוגי לסינון, מיפוי ואיסוף OTU
NGS קורא. אלגוריתם הליבה מבוסס על זרעים משוערים ומאפשר מהיר ו
ניתוחים רגישים של רצפי נוקלאוטידים. היישום העיקרי של SortMeRNA הוא סינון
rRNA מנתונים metatranscriptomic. יישומים נוספים כוללים בחירת OTU ו
הקצאת טקסונומיה זמינה דרך QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA לוקח כקלט קובץ של קריאות (פורמט fasta או fastq) ו-rRNA אחד או מרובים
קבצי מסד נתונים, וממיין את ה-rRNA ואת קריאות שנדחו לשני קבצים שצוינו על ידי
מִשׁתַמֵשׁ. לחלופין, הוא יכול לספק יישור מקומי באיכות גבוהה של קריאות rRNA כנגד
מסד נתונים של rRNA. SortMeRNA עובד עם נתוני Illumina, 454, Ion Torrent ו- PacBio, ויכול
לייצר יישורים דמויי SAM ו-BLAST.

אפשרויות

שמחויב אפשרויות
--ref STRING,STRING
קובץ עזר של FASTA, קובץ אינדקס
דוגמא:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
אם מעבירים מספר קבצי רצף התייחסות, הפרד אותם ב-':'
דוגמא:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

אופציונאלי אפשרויות
--מָהִיר BOOL
אפשרות מוצעת ליישור ~99% מינים קשורים (ברירת מחדל: כבוי)

--רָגִישׁ BOOL
אפשרות מוצעת ליישור ~75-98% מינים קשורים (ברירת מחדל: מופעל)

--tmpdir STRING
ספרייה שבה לכתוב קבצים זמניים

-m INT כמות הזיכרון (ב-Mbytes) לבניית האינדקס (ברירת מחדל: 3072)

-L INT אורך זרע (ברירת מחדל: 18)

--max_pos INT
המספר המרבי של עמדות לאחסון עבור כל L-mer ייחודי (ברירת מחדל: 10000, הגדרה
--max_pos 0 יאחסן את כל המיקומים)

-v BOOL
מִלוּלִי

-h BOOL
לעזור

השתמש ב-indexdb_rna באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net