insegt - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

insegt - חוצה את ה-Second Generation Sequencing daTa עם הערה

תַקצִיר

insegt [אפשרויות]

תיאור

INSEGT הוא כלי לניתוח יישור של קריאות RNA-Seq (קצה יחיד או קצה זוגי)
על ידי שימוש בהערות גנים.

קלט ל-INSEGT הוא קובץ SAM המכיל את היישורים וקובץ המכיל את
הערות של גנום הייחוס, בפורמט GFF או GTF.

-h, - עזרה

מציג הודעת עזרה זו.

--גִרְסָה

הצגת מידע על גרסה

אפשרויות: :

-רו, --פלט קריאה קובץ

שם קובץ פלט עבור פלט קריאה, המכיל את ההערות הממופות ואחריהן
הערת ההורים שלהם. סוג קובץ חוקי הוא: gff.

-ל, --anno-output קובץ

שם קובץ פלט עבור anno-output, המכיל את ההערות הדומות ל-GFF
קלט ובנוסף את הספירות של הקריאות הממופות והביטוי המנורמל
רמות ב-RPKM. סוג קובץ חוקי הוא: gff.

-כדי, --פלט כפול קובץ

שם קובץ פלט עבור tuple-output, המכיל tuples exon המחוברים על ידי קריאות או
זוגות זוג. סוג קובץ חוקי הוא: gff.

-פ, --פלט היתוך STR

שם קובץ פלט עבור היתוך-פלט, המכיל תוספת אקסון של מיזוג גנים
(אפשרות מתקדמת, כרגע אין יציאת פלט עבור KNIME). אחד מ-gff.

-n, --רב INT

ntuple ברירת מחדל: 2.

-o, --- offset-interval INT

היסט למרווחי יישור קצרים לחיפוש. ברירת מחדל: 5.

-t, --פערי סף INT

סף לפערים מותרים ביישור (לא אינטרונים). ברירת מחדל: 5.

-c, --ספירת סף INT

סף לדקה. ספירת tuple עבור פלט. ברירת מחדל: 1.

-r, --threshold-rpkm לְהַכפִּיל

סף לדקה. RPKM של tuple עבור פלט. ברירת מחדל: 0.0.

-m, --max-tuple

צור רק maxTuple (המתפרשים על ידי כל הקריאה).

-e, --מדוייק-מספר רב

צור רק Tuple באורך מדויק n. כברירת מחדל, כולם מתגברים עד האורך הנתון
מחושבים (אם -m מוגדר, -e יתעלמו).

-u, -- כיוון לא ידוע

כיוון הקריאה אינו ידוע.

דוגמאות

אינסגט
example/alignments.sam example/annotations.gff

הפעל את INSEGT על קבצים לדוגמה עם פרמטרי ברירת מחדל.

אינסגט -m example/alignments.sam example/annotations.gff

הפעל את INSEGT על קבצים לדוגמה וחשב רק את maxTuple.

אינסגט -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff

הפעל את INSEGT על קבצים לדוגמה ורק פלט tuple עם דקה. ספירה של 2.

גִרְסָה

גרסת insegt: 1.0 עדכון אחרון 2012-09-11

השתמש ב-insegt באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net