jackhmmer - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

jackhmmer - חיפוש איטרטיבי ברצף(ים) מול מסד נתונים של חלבונים

תַקצִיר

ג'קהמר [אפשרויות]

תיאור

ג'קהמר מחפש באופן איטרטיבי בכל רצף שאילתה ב נגד המטרה
רצף(ים) ב . האיטרציה הראשונה זהה ל-a פמר לחפש. בשביל ה
האיטרציה הבאה, יישור מרובה של השאילתה יחד עם כל רצפי היעד
שבע הַכלָלָה סף הוא מורכב, פרופיל בנוי מהיישור הזה
(זהה לשימוש הממ לבנות על היישור), וחיפוש פרופיל של נעשה
(זהה ל- an הממחפש עם הפרופיל).

השאילתה יכול להיות '-' (תו מקף), ובמקרה זה רצפי השאילתה הם
לקרוא מתוך א צינור במקום מקובץ. ה לא ניתן לקרוא מא
זרם, כי ג'קהמר צריך לבצע מעברים מרובים על מסד הנתונים.

פורמט הפלט מתוכנן להיות קריא לאדם, אבל הוא לעתים קרובות כל כך רחב עד כדי כך
הקריאה בו אינה מעשית, ולנתח אותו הוא כאב. ה --טבלוט ו --domtblout אפשרויות
שמור פלט בפורמטים טבלאיים פשוטים שהם תמציתיים וקלים יותר לניתוח. ה -o אוֹפְּצִיָה
מאפשר ניתוב מחדש של הפלט הראשי, כולל השלכתו ב-/dev/null.

אפשרויות

-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.

-N הגדר את המספר המרבי של איטרציות ל . ברירת המחדל היא 5. אם N=1, התוצאה
הוא שווה ערך ל פמר לחפש.

אפשרויות שליטה תפוקה

כברירת מחדל, הפלט עבור כל איטרציה מופיע ב-stdout בקריאה אנושית,
פורמט שניתן לנתח מעט. אפשרויות אלה מאפשרות הפניית פלט או שמירה מחדש
סוגים נוספים של פלט לקבצים, כולל קבצי נקודת ביקורת עבור כל איטרציה.

-o הפנה את הפלט הניתן לקריאה לקובץ .

-A לאחר האיטרציה הסופית, שמור יישור מרובה מוער של כל ההיטים
עמידה בספי הכללה (כולל גם השאילתה המקורית) ל in
פורמט שטוקהולם.

--טבלוט
לאחר האיטרציה הסופית, שמור תקציר טבלה של תוצאות ברצף העליון ב
פורמט ניתן לנתח בקלות, עמודות, מופרד ברווחים לבנים.

--domtblout
לאחר האיטרציה הסופית, שמור סיכום טבלאי של התאמות מובילות בדומיין ב
פורמט ניתן לנתח בקלות, עמודות, מופרד ברווחים לבנים.

--צ'חממ
בתחילת כל איטרציה, בדוק את השאילתה HMM, שמור אותה בקובץ בשם
- .הממ איפה הוא מספר האיטרציה (מ-1..N).

--צ'קלי
בסוף כל איטרציה, בדוק יישור של כל התחומים המספקים
ספי הכללה (למשל מה יהפוך לשאילתה HMM עבור האיטרציה הבאה),
שומרת אותו בקובץ בשם <מחסום פילה קידומת>- .sto בפורמט שטוקהולם,
איפה הוא מספר האיטרציה (מ-1..N).

--acc השתמש בהצטרפות במקום בשמות בפלט הראשי, כאשר זמין עבור פרופילים
ו/או רצפים.

--נואלי
השמט את קטע היישור מהפלט הראשי. זה יכול להפחית מאוד את התפוקה
נפח.

--notextw
ללא הגבלה לאורך כל שורה בפלט הראשי. ברירת המחדל היא מגבלה של 120
תווים לשורה, מה שעוזר בהצגת הפלט בצורה נקייה על מסופים ו
בעורכים, אבל יכול לקצץ שורות תיאור של פרופיל יעד.

--textw
הגדר את מגבלת אורך הקו של הפלט הראשי ל תווים לכל שורה. ברירת המחדל היא
120.

אפשרויות שליטה יחיד סדר פעולות מְנִיָה (ראשון איטרציה)

כברירת מחדל, האיטרציה הראשונה משתמשת במודל חיפוש שנבנה משאילתה אחת
סדר פעולות. מודל זה נבנה באמצעות מטריצת החלפה סטנדרטית של 20x20 לשאריות
הסתברויות, ושני פרמטרים נוספים לפער פתוח ופער בלתי תלוי בעמדה
להרחיב הסתברויות. אפשרויות אלה מאפשרות את פרמטרי הניקוד של רצף יחיד המוגדר כברירת מחדל
להשתנות.

--לפתוח
הגדר את ההסתברות לפתיחת פער עבור מודל שאילתת רצף בודד ל . ברירת המחדל
הוא 0.02. חייב להיות >= 0 ו<0.5.

--pextend
הגדר את ההסתברות להארכת הפער עבור מודל שאילתת רצף בודד ל . ה
ברירת המחדל היא 0.4. חייב להיות >= 0 ו<1.0.

--mx
השג הסתברויות יישור שאריות ממטריצת ההחלפה המובנית בשם
. מספר מטריצות סטנדרטיות מובנות, ואין צורך לקרוא מהן
קבצים. שם המטריצה יכול להיות PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 או BLOSUM90. רק אחד מה --mx ו --mxfile
ניתן להשתמש באפשרויות.

--mxfile
השג הסתברויות יישור שאריות ממטריצת ההחלפה בקובץ
. מטריצת הניקוד המוגדרת כברירת מחדל היא BLOSUM62 (מטריצה ​​זו היא פנימית ל-HMMER
ואינו חייב להיות זמין כקובץ). הפורמט של מטריצת החלפה
הוא הפורמט הסטנדרטי המקובל על ידי BLAST, FASTA ורצף אחר
תוכנת ניתוח.

אפשרויות שליטה דיווח ספיח

ספי דיווח קובעים אילו כניסות ידווחו בקובצי הפלט (הפלט הראשי,
--טבלוט, ו --domtblout). בכל איטרציה מדורגים כניסות רצף והתאמות תחום
לפי מובהקות סטטיסטית (E-value) והפלט נוצר בשני חלקים הנקראים פר-
פלט יעד ופלט לכל תחום. בפלט לכל יעד, כברירת מחדל, כל הרצף פוגע עם an
מדווחים ערך אלקטרוני <= 10. בפלט לכל תחום, עבור כל יעד שעבר לכל-
ספי דיווח יעד, כל הדומיינים העומדים בספי דיווח לדומיין הם
דיווח. כברירת מחדל, אלו הם דומיינים עם ערכי E מותנים של <= 10. הבא
אפשרויות מאפשרות לך לשנות את ברירת המחדל של ספי הדיווח של ערך אלקטרוני, או להשתמש בניקוד סיביות
ספים במקום.

-E רצפי דיווח עם ערכי E <= בפלט לפי רצף. ברירת המחדל היא 10.0.

-T השתמש בסף ניקוד סיביות עבור פלט לכל רצף במקום סף E-value
(כל הגדרה של -E מתעלמים). דיווח על רצפים עם ציון סיביות של >= . על ידי
ברירת מחדל אפשרות זו אינה מוגדרת.

-Z הצהיר על הגודל הכולל של מסד הנתונים רצפים, למטרות של E-value
תַחשִׁיב. בדרך כלל ערכי E מחושבים ביחס לגודל מסד הנתונים
חיפשת בפועל (למשל מספר הרצפים ב target_seqdb). בחלק
מקרים (לדוגמה, אם פיצלת את מסד הנתונים של רצף היעד שלך לכמה
קבצים להקבילה של החיפוש שלך), אולי תדע טוב יותר מה הגודל האמיתי
משטח החיפוש שלך הוא.

--domE
דווח על דומיינים עם ערכי E מותנים <= בפלט לכל תחום, בנוסף
לתחום בעל הניקוד העליון לכל פגיעה משמעותית ברצף. ברירת המחדל היא 10.0.

--domT
השתמש בסף ציון סיביות עבור פלט לכל תחום במקום סף E-value
(כל הגדרה של --domT מתעלמים). דווח על דומיינים עם ציון סיביות של >= in
פלט לכל תחום, בנוסף לתחום בעל הניקוד הגבוה ביותר לפי רצף משמעותי
מכה. כברירת מחדל אפשרות זו אינה מוגדרת.

--domZ
הכריז על מספר הרצפים המשמעותיים שיש רצפים, למטרות של
חישוב ערך אלקטרוני מותנה עבור משמעות תחום נוספת. בדרך כלל
ערכי E מותנים מחושבים ביחס למספר הרצפים העוברים
סף דיווח לפי רצף.

אפשרויות שליטה הַכלָלָה ספיח

ספי הכללה קובעים אילו כניסות ייכללו ביישור ובפרופיל המרובים
נבנה עבור איטרציית החיפוש הבאה. כברירת מחדל, רצף חייב להיות
ערך E של רצף של <= 0.001 (ראה -E אפשרות) להיכלל, וכל דומיינים נוספים בהם
מלבד הניקוד העליון חייב להיות ערך E מותנה של <= 0.001 (ראה --domE
אוֹפְּצִיָה). ההבדל בין ספי דיווח וספי הכללה הוא זה
ספי הכללה שולטים באילו כניסות רגילים בפועל באיטרציה הבאה (או
פלט סופי יישור מרובה אם -A נעשה שימוש באופציה), ואילו ספי דיווח
לשלוט במה שאתה רואה בפלט. ספי הדיווח הם בדרך כלל רופפים יותר כך שתוכל
ראה פגיעות גבוליות בחלק העליון של הרעש שעשויות לעניין.

--incE
כלול רצפים עם ערכי E <= באיטרציה שלאחר מכן או ביישור סופי
פלט על ידי -A. ברירת המחדל היא 0.001.

--incT
השתמש בסף ציון סיביות עבור הכללת רצף במקום ערך E
סף (כל הגדרה של --incE מתעלמים). כלול רצפים עם ציון קצת של
>= . כברירת מחדל אפשרות זו אינה מוגדרת.

--incdomE
כלול דומיינים עם ערכי E מותנים <= באיטרציה או סופית שלאחר מכן
פלט יישור על ידי -A, בנוסף לתחום בעל הניקוד הגבוה ביותר למשמעותית
להיט רצף. ברירת המחדל היא 0.001.

--incdomT
השתמש בסף ציון סיביות להכללה לכל דומיין במקום סף E-value
(כל הגדרה של --incT מתעלמים). כלול דומיינים עם ציון סיביות של >= . על ידי
ברירת מחדל אפשרות זו אינה מוגדרת.

אפשרויות שליטה תאוצה היוריסטיקה

חיפושי HMMER3 מואצים בצינור סינון בן שלושה שלבים: מסנן MSV, ה
מסנן Viterbi, ומסנן Forward. הפילטר הראשון הוא המהיר והכי
לְהִתְקַרֵב; האחרון הוא אלגוריתם הניקוד המלא של פורוורד, האיטי ביותר אך המדויק ביותר.
יש גם שלב מסנן הטיה בין MSV ל-Viterbi. מטרות שעוברות את כל השלבים
בצינור ההאצה עוברים לאחר מכן עיבוד - זיהוי תחום
וניקוד באמצעות האלגוריתם קדימה/אחורה.

בעצם הפרמטרים החופשיים היחידים השולטים במסננים היוריסטיים של HMMER הם ה- P-
ספי ערך השולטים בחלק הצפוי של רצפים לא הומולוגיים שעוברים
המסננים. הגדרת ספי ברירת המחדל גבוה יותר תעבור שיעור גבוה יותר של
רצף לא הומולוגי, הגברת הרגישות על חשבון המהירות; לעומת זאת,
קביעת ספים נמוכים יותר של ערך P תעבור שיעור קטן יותר, ותפחית את הרגישות
והגברת המהירות. הגדרת סף P-value של מסנן ל-1.0 פירושה שהוא יעבור
כל הרצפים, ומשבית למעשה את המסנן.

שינוי ספי הסינון רק מסיר או כולל יעדים מהשיקול; מִשְׁתַנֶה
ספי סינון אינם משנים את ציוני הסיביות, ערכי ה-E או היישורים, כולם
נקבע אך ורק לאחר עיבוד.

--מקסימום רגישות מרבית. כבה את כל המסננים, כולל מסנן ההטיה, והפעל במלואו
עיבוד אחר קדימה/אחורה בכל יעד. זה מגביר את הרגישות
מעט, במחיר גבוה במהירות.

--F1
סף סינון ראשון; הגדר את סף ערך P עבור שלב מסנן MSV. ה
ברירת המחדל היא 0.02, כלומר בערך 2% מהציונים הגבוהים ביותר אינם הומולוגים
מטרות צפויות לעבור את המסנן.

--F2
סף סינון שני; הגדר את סף ערך P עבור שלב מסנן Viterbi.
ברירת המחדל היא 0.001.

--F3
סף סינון שלישי; הגדר את סף ערך P עבור שלב הסינון קדימה. ה
ברירת המחדל היא 1e-5.

--נוביאס
כבה את מסנן ההטיה. זה מגביר במידת מה את הרגישות, אבל יכול להגיע בשעה
עלות גבוהה במהירות, במיוחד אם לשאילתה יש הרכב שאריות מוטה (כגון
אזור רצף חוזר, או אם זה חלבון ממברנה עם אזורים גדולים של
הידרופוביות). ללא מסנן ההטיה, יותר מדי רצפים עלולים לעבור את המסנן
עם שאילתות מוטות, מה שמוביל לביצועים איטיים מהצפוי
אלגוריתמים עתירי חישוב קדימה/אחורה כבדים באופן חריג
לטעון.

אפשרויות שליטה פּרוֹפִיל בְּנִיָה (יותר מאוחר איטרציות)

אפשרויות אלה שולטות כיצד עמודות קונצנזוס מוגדרות ביישורים מרובים כאשר
בניית פרופילים. כברירת מחדל, ג'קהמר תמיד כולל את רצף השאילתות המקורי שלך
תוצאת היישור בכל איטרציה, ומיקומי קונצנזוס מוגדרים על ידי שאילתה זו
רצף: כלומר, ברירת מחדל ג'קהמר הפרופיל תמיד באותו אורך כמו המקור שלך
שאילתה, בכל איטרציה.

--מָהִיר הגדר עמודות קונצנזוס כעמודות שיש להן שבר >= סימפרק של שאריות כמו
מתנגד לפערים. (ראה להלן עבור --symfrac אפשרות.) למרות שזו ברירת המחדל
אפשרות לבניית פרופיל במקום אחר (ב הממ לבנות, בפרט), ייתכן שיש לו
תופעות לא רצויות ב ג'קהמר, כי פרופיל יכול להיכנס באופן איטרטיבי
מרווח רצף הרחק מהשאילתה המקורית שלך, ומשאיר מעט עמודות קונצנזוס או לא
התואם לשאריות שלו.

--יד הגדר עמודות קונצנזוס בפרופיל הבא באמצעות הערת הפניה לכפולה
יישור. ג'קהמר מפיץ הערת התייחסות מהפרופיל הקודם ל
היישור המרובה, ומשם לפרופיל הבא. זוהי ברירת המחדל.

--symfrac
הגדר את סף שבר השאריות הדרוש להגדרת עמודת קונצנזוס מתי
באמצעות --מָהִיר אוֹפְּצִיָה. ברירת המחדל היא 0.5. שבר הסמל בכל עמודה הוא
מחושב לאחר התחשבות בשקלול הרצף היחסי, והתעלמות מפער
תווים המתאימים לקצוות של קטעי רצף (בניגוד לחלק הפנימי
הוספות/מחיקות). הגדרה זו ל-0.0 פירושה שכל עמודת יישור תהיה
להקצות כקונצנזוס, מה שעשוי להיות שימושי במקרים מסוימים. מגדיר את זה ל-1.0
פירוש הדבר שרק עמודות הכוללות 0 פערים (הוספות/מחיקות פנימיות) יהיו
מוקצה כקונצנזוס.

--fragthresh
אנו רוצים לספור פערים סופניים כמחיקות רק אם הרצף המיושר ידוע
להיות באורך מלא, לא אם הוא קטע (לדוגמה, כי רק חלק ממנו
היה ברצף). HMMER משתמש בכלל פשוט כדי להסיק שברים: אם אורך הרצף
L קטן או שווה לשבר כפול אורך היישור בעמודות,
אז הרצף מטופל כקטע. ברירת המחדל היא 0.5. הגדרה
--fragthresh0 יגדיר שום רצף (לא ריק) כמקטע; אולי תרצה
עשה זאת אם אתה יודע שיש לך יישור אוצר בקפידה באורך מלא
רצפים. הגדרה --fragthresh1 יגדיר את כל הרצפים כפרגמנטים; אתה עלול
רוצה לעשות זאת אם אתה יודע שהיישור שלך מורכב כולו משברים, כגון
כפי שתורגמו קריאה קצרה בנתוני רובה ציד מטאנומי.

אפשרויות שליטה קרוב משפחה משקולות

בכל פעם שפרופיל בנוי מיישור מרובה, HMMER משתמש ברצף אד-הוק
אלגוריתם שקלול להורדת המשקל של רצפים הקשורים בקשר הדוק ולעלייה בקשר רחוק
יחידות. יש לכך השפעה של הפיכת מודלים לפחות מוטים על ידי פילוגנטי לא אחיד
יִצוּג. לדוגמה, שני רצפים זהים יקבל בדרך כלל כל אחד חצי מה
משקל שרצף אחד יעשה (וזו הסיבה ג'קהמר לא מודאג מתמיד
כולל רצף השאילתות המקורי שלך ביישור של כל איטרציה, גם אם הוא מוצא אותו
שוב במסד הנתונים שאתה מחפש). אפשרויות אלה שולטות באיזה אלגוריתם נעשה שימוש.

--wpb השתמש בסכימת שקלול הרצף המבוססת על מיקום הניקוף [הניקוף והניקוף,
י.מול. ביול. 243:574, 1994]. זוהי ברירת המחדל.

--wgsc השתמש באלגוריתם השקלול של Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
ביול. 235:1067, 1994].

--wblosum
השתמש באותה ערכת אשכולות ששימשה לשקלול נתונים בחישוב BLOSUM
מטריצות החלפה [Henikoff and Henikoff, Proc. נאטל. אקד. Sci 89:10915, 1992].
רצפים מקובצים בחיבור יחיד בסף זהות (ברירת מחדל 0.62; ראה
--wid) ובתוך כל אשכול של רצפי c, כל רצף מקבל משקל יחסי
1/ג.

--ללא
אין משקלים יחסיים. לכל הרצפים מוקצה משקל אחיד.

--wid
מגדיר את סף הזהות בשימוש על-ידי אשכול-קישור יחיד בעת השימוש --wblosum.
לא חוקי עם כל ערכת שקלול אחרת. ברירת המחדל היא 0.62.

אפשרויות שליטה אפקטיבי סדר פעולות מספר

לאחר קביעת משקלים יחסיים, הם מנורמלים לסיכום סה"כ אפקטיבי
מספר רצף, eff_nseq. מספר זה עשוי להיות המספר האמיתי של רצפים ב-
יישור, אבל הוא כמעט תמיד קטן מזה. ברירת המחדל של שקלול האנטרופיה
שיטה (--eent) מקטין את מספר הרצף האפקטיבי כדי לצמצם את תוכן המידע
(אנטרופיה יחסית, או ציון ממוצע צפוי בהומולוגים אמיתיים) לפי עמדת קונצנזוס. ה
האנטרופיה היחסית של המטרה נשלטת על ידי פונקציה של שני פרמטרים, כאשר השניים
פרמטרים ניתנים להגדרה עם --הנה ו --אסיגמה.

--eent התאם מספר רצף אפקטיבי כדי להשיג אנטרופיה יחסית ספציפית לכל
עמדה (ראה --הנה). זוהי ברירת המחדל.

--מקבץ
הגדר מספר רצף אפקטיבי למספר אשכולות הצמדה בודדת ב-a
סף זהות ספציפי (ראה --עיד). אפשרות זו אינה מומלצת; זה בשביל
ניסויים להעריך כמה טוב יותר --eent הוא.

--enone
כבה את קביעת מספר הרצף האפקטיבית ופשוט השתמש במספר האמיתי של
רצפים. אחת הסיבות שאולי תרצה לעשות זאת היא לנסות למקסם את היחס
אנטרופיה/מיקום של המודל שלך, שעשוי להיות שימושי עבור דגמים קצרים.

--eset
הגדר במפורש את מספר הרצף האפקטיבי עבור כל הדגמים ל .

--הנה
הגדר את יעד האנטרופיה/מיקום המינימלי היחסי ל . דורש --eent. בְּרִירַת מֶחדָל
תלוי באלפבית הרצף; עבור רצפי חלבון, הוא 0.59 סיביות/מיקום.

--אסיגמה
מגדיר את האנטרופיה היחסית המינימלית שתרמה יישור מודל שלם, מעל
לכל אורכו. יש לכך השפעה של מודלים קצרים להיות בעלי יחסי גבוה יותר
אנטרופיה לכל עמדה מאשר --הנה לבד היה נותן. ברירת המחדל היא 45.0 סיביות.

--עיד
מגדיר את חיתוך הזהות השברית בזוגות המשמשת על-ידי מקבץ הצמדה בודדת עם
מה היא --מקבץ אוֹפְּצִיָה. ברירת המחדל היא 0.62.

אפשרויות שליטה PRIORS

בבניית פרופיל, כברירת מחדל, הספירות המשוקללות מומרות לממוצע האחורי
אומדני פרמטרי הסתברות באמצעות תערובת Dirichlet priors. תערובת ברירת מחדל Dirichlet
נבנים פרמטרים קודמים עבור מודלים של חלבונים ועבור מודלים של חומצות גרעין (RNA ו-DNA).
האפשרויות הבאות מאפשרות לך לעקוף את ברירת המחדל של הקודמים.

--pnone אל תשתמש באף קודמים. פרמטרי הסתברות פשוט יהיו הנצפים
תדרים, לאחר שקלול רצף יחסי.

--מקום השתמש ב-Laplace +1 prior במקום תערובת ברירת המחדל Dirichlet prior.

אפשרויות שליטה E-VALUE כִּיוּל

הערכת פרמטרי המיקום עבור התפלגויות הניקוד הצפויות עבור מסנן MSV
ציונים, ציוני סינון Viterbi וציוני Forward דורשים שלושה רצפים אקראי קצרים
סימולציות.

--EmL
מגדיר את אורך הרצף בסימולציה שמעריכה את פרמטר המיקום mu עבור
מסנן MSV ערכי אלקטרוני. ברירת המחדל היא 200.

--EmN
מגדיר את מספר הרצפים בסימולציה שמעריכה את פרמטר המיקום mu
עבור ערכי E-מסנן MSV. ברירת המחדל היא 200.

--EvL
מגדיר את אורך הרצף בסימולציה שמעריכה את פרמטר המיקום mu עבור
מסנן ויטרבי ערכי E. ברירת המחדל היא 200.

--EvN
מגדיר את מספר הרצפים בסימולציה שמעריכה את פרמטר המיקום mu
עבור ערכי E של מסנן Viterbi. ברירת המחדל היא 200.

--EfL
מגדיר את אורך הרצף בסימולציה שמעריכה את פרמטר המיקום tau
עבור Forward E-values. ברירת המחדל היא 100.

--EfN
מגדיר את מספר הרצפים בסימולציה שמעריכה את פרמטר המיקום
tau עבור Forward E-values. ברירת המחדל היא 200.

--Eft
מגדיר את חלק מסת הזנב כך שיתאים לסימולציה שמעריכה את המיקום
פרמטר tau עבור הערכות קדימה. ברירת המחדל היא 0.04.

אחר אפשרויות

--nonull2
כבה את תיקוני הציון null2 עבור קומפוזיציה מוטה.

-Z טען שהמספר הכולל של יעדים בחיפושים שלך הוא , למטרות
של חישובי ערך אלקטרוני לפי רצף, במקום מספר המטרות בפועל
נראה.

--domZ
טען שהמספר הכולל של יעדים בחיפושים שלך הוא , למטרות
של חישובי ערך אלקטרוני מותנים לכל תחום, במקום מספר היעדים
שעברו את ספי הדיווח.

--זֶרַע
זרעי את מחולל המספרים האקראיים עם , מספר שלם >= 0. אם הוא >0, כל
הדמיות סטוכסטיות יהיו ניתנות לשחזור; אותה פקודה תיתן את אותו הדבר
תוצאות. אם הוא 0, מחולל המספרים האקראיים מוזרע באופן שרירותי, ו
סימולציות סטוכסטיות ישתנו מהפעלה להרצה של אותה פקודה. ברירת המחדל
הזרע הוא 42.

--qformat
הצהיר כי הקלט query_seqfile הוא בפורמט . קובץ רצף מקובל
הפורמטים כוללים את FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm ו-SELEX. בְּרִירַת מֶחדָל
זה לזהות אוטומטית את הפורמט של הקובץ.

--tפורמט
הצהיר כי הקלט target_seqdb הוא בפורמט . קובץ רצף מקובל
הפורמטים כוללים את FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm ו-SELEX. בְּרִירַת מֶחדָל
זה לזהות אוטומטית את הפורמט של הקובץ.

--מעבד
הגדר את מספר חוטי העבודה המקבילים ל . כברירת מחדל, HMMER מגדיר זאת ל
מספר ליבות המעבד שהוא מזהה במחשב שלך - כלומר, הוא מנסה למקסם
השימוש בליבות המעבד הזמינות שלך. הגדרה גבוה ממספרם של
לליבות הזמינות יש ערך מועט אם בכלל, אבל אולי תרצה להגדיר את זה למשהו
פָּחוּת. אתה יכול גם לשלוט במספר זה על ידי הגדרת משתנה סביבה,
HMMER_NCPU.

אפשרות זו זמינה רק אם HMMER הידור עם תמיכה בשרשורי POSIX.
זוהי ברירת המחדל, אך ייתכן שהיא כובה בזמן ההידור עבור האתר שלך
או מכונה מסיבה כלשהי.

--דוּכָן
לאיתור באגים בגרסת המאסטר/עובד של MPI: השהה לאחר התחלה, כדי להפעיל את
מפתח כדי לצרף באגים לתהליכי המאסטר והעובדים הפועלים. לִשְׁלוֹחַ
אות SIGCONT לשחרור ההשהיה. (תחת gdb: (gdb) אוֹת NEXTCONT) (רק
זמין אם תמיכת MPI אופציונלית הופעלה בזמן ההידור.)

--מפי הפעל במצב MPI master/worker, באמצעות מפירון. (זמין רק אם MPI אופציונלי
התמיכה הופעלה בזמן ההידור.)

השתמש ב-jackhmmer באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net