זוהי הפקודה kmer-mask שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
kmer-mask - מסכה ומסנן סט של רצפי נוקלאוטידים לפי תוכן קמר
תַקצִיר
קמר-מסכה {-רוֹמָן|-מְאוּשָׁר} [-mdb mer-database] [-גברת גודל mer] [-edb קיים-מסד נתונים] [-m
גודל מינימלי] [-e להרחיב גודל] [-סף נמוך l] [-סף גבוה h] [-t אשכולות] [-v] [-h
היסטוגרמה] [-לקדם|-לְהוֹרִיד בְּדַרגָה|-להשליך] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o קידומת פלט
תיאור
מסכה וסינון של רצפים (מניחים שהם נקראים) לפי תוכן קמר. מיסוך יכול להיות
נעשה כדי לשמור על רצף חדש שאינו במסד הנתונים, או כדי לשמור על רצף מאושר קיים
במסד הנתונים. סינון יפריד רצפים באופן מלא, חלקי או לא מוסווה.
אפשרויות
-mdb mer-database
לטעון מיסוך kmers מ מריל(1) mer-database
-גברת גודל mer
-edb קיים-מסד נתונים
שמור מיסוך kmers ל- an existDB(1) קובץ קיים-מסד נתונים לאתחול מהיר יותר
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
קלט קורא קבצים בפורמט fastq, fastq.gz, fastq.bz2 או fastq.xz. השני הוא
אופציונלי, אך משבש את סיווג הפלט אם אינו קיים.
-o הַחוּצָה
קידומת לקריאות פלט
הַחוּצָה.fullmasked.[12].fastq
קורא כשבסיסים מתחת ל'סף נמוך' נשמרים
הַחוּצָה.partiallymasked.[12].fastq
קורא בין לבין
הַחוּצָה.retained.[12].fastq
קורא עם יותר מבסיסים 'גבוהים' נשמרים
הַחוּצָה.discarded.[12].fastq
קורא עם סטטוס סותר
-m גודל מינימלי
התעלם מהתאמות של מסד נתונים מתחת למספר רב של ק"מ רצופים (0)
-e להאריך-גודל
הרחבת כניסות של מסד נתונים על פני כל כך הרבה ק"רים חסרים (0)
-רוֹמָן רצף רומן RETAIN אינו קיים במסד הנתונים
-מְאוּשָׁר
רצף מאושר RETAIN קיים במסד הנתונים
-לקדם
לקדם את הקריאה הפחות RETAINED לסטטוס של הקריאה הפחות RETAINED
read1=fullmasked ו-read2=partiallymasked -> שניהם מוסווים חלקית
-לְהוֹרִיד בְּדַרגָה
הורידו את הקריאה RETAINED יותר למצב של הקריאה הפחות RETAAINED
read1=fullmasked ו-read2=partiallymasked -> שניהם מסופים לחלוטין
-להשליך
בטל צמדים עם סטטוס מתנגש (DEFAULT) read1=מסווה לחלוטין ו
read2=partiallymasked -> שניהם נמחקים
סטטיסטיקות on סטדרר, מספר of רצפים עם כמות שמור:
-סף נמוך t
(0.3333)
-סף גבוה t
(0.6667)
-h היסטוגרמה
כתוב היסטוגרמה של כמות הרצף RETAINED
-t t להשתמש t חוטי מחשב
-v להראות התקדמות
השתמש ב-kmer-mask באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
