leaff - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

leaff - כלי עזר ויישומים של ספריית רצף

תַקצִיר

leaff [-f fasta-file] [אפשרויות]

תיאור

LEAFF (Let's Extract Anything From Fasta) היא תוכנית שירות לעבודה עם ריבוי
קבצי fasta. בנוסף למתן גישה אקראית לרמת הבסיס, הוא כולל כמה
פונקציות ניתוח.

אפשרויות

קבצי מקור
קובץ -f: השתמש ברצף ב'קובץ' (-F מותר גם מסיבות היסטוריות)
-קובץ: קרא פעולות מתוך 'קובץ'

בדיקת קובץ המקור
-ד: הדפס את מספר הרצפים בפאסטה
-i name: הדפס אינדקס, סימון המקור 'שם'

אפשרויות פלט
-6 <#>: הוסף שורה חדשה כל 60 אותיות
(אם ה-arg הבא הוא מספר, שורות חדשות יוכנסו כל
n אותיות, למשל -6 80. השבת מעברי שורות עם -6 0,
או פשוט אל תשתמש ב-6!)
-e beg end: הדפס רק את הבסיסים ממיקום 'beg' למיקום 'end'
(מבוסס רווח, ביחס לרצף FORWARD!) אם
beg == סוף, ואז הרצף כולו מודפס. זה
שגיאה כדי לציין beg > end, או beg > len, או end > len.
-ends n הדפס n בסיסים מכל קצה של הרצף. קלט אחד
רצף יוצר שני רצפי פלט, עם '_5' או '_3'
מצורף לתעודת הזהות. אם 2n >= אורך הרצף, ה-
הרצף עצמו מודפס, לא חולצים קצוות (הם
חֲפִיפָה).
-C: משלימים את הרצפים
-H: אל תדפיס את ה-defline
-h: השתמש במילה הבאה בתור ההגדרה ("-H -H" יתאפס ל-
הגדרה מקורית
-R: הפוך את הרצפים
-u: כל הבסיסים באותיות רישיות

בחירת רצף
-G nsl: הדפס n רצפים שנוצרו באופן אקראי, 0 < s <= אורך <= l
-L sl: הדפס את כל הרצפים כך ש- s <= אורך < l
-N lh: הדפס את כל הרצפים כך ש-l <= % N הרכב < h
(הערה 0.0 <= l < h < 100.0)
(שים לב שאינך יכול להדפיס רצפים עם 100% N
זהו באג שימושי).
-q file: הדפס רצפים מרשימת ה-sequid ב'קובץ'
-r num: הדפס 'num' רצפים שנבחרו באקראי
-s seqid: הדפס את הרצף היחיד 'seqid'
-S fl: הדפס את כל הרצפים ממזהה 'f' עד 'l' (כולל)
-W: הדפס את כל הרצפים (עשה את כל הקובץ)

יותר זמן עזרה
-עזרה בניתוח
-דוגמאות לעזרה

פונקציות ניתוח
--findduplicates a.fasta
מדווח על רצפים שקיימים יותר מפעם אחת. תְפוּקָה
היא רשימה של זוגות של הגדרות, מופרדות בשורה חדשה.

--mapduplicates a.fasta b.fasta
בונה מפה של IIDs מ-a.fasta ו-b.fasta שיש להם
רצפים זהים. הפורמט הוא "IIDA <-> IIDb"

--md5 a.fasta:
אל תדפיס את הרצף, אלא תדפיס את סכום הבדיקה של md5
(של הרצף כולו) ואחריו כל ה-defline.

--מחיצה קידומת [ n[gmk]bp | נ ] א.פסטה
--partitionmap [ n[gmk]bp | נ ] א.פסטה
חלקו את הרצפים לחתיכות בגודל שווה בערך של
גודל nbp, nkbp, nmbp או ngbp; או לתוך n בגודל שווה בערך
מחיצות. רצפים גדולים יותר מגודל המחיצה
במחיצה בפני עצמם. --partitionmap כותב א
תיאור המחיצה ל-stdout; --partiton יוצר
קובץ fasta 'prefix-###.fasta' עבור כל מחיצה.
דוגמה: -F some.fasta --מחיצה חלקים 130mbp
-F some.fasta --מחיצה חלקים 16

--קטע קידומת n a.fasta
מפצל את הרצפים ל-n קבצים, קידומת-###.fasta.
רצפים אינם מסודרים מחדש; n הרצפים הראשונים נמצאים
הקובץ הראשון, ה-n הבא בקובץ השני וכו'.

--gccotent a.fasta
מדווח על תוכן GC דרך חלון הזזה של
3, 5, 11, 51, 101, 201, 501, 1001, 2001 bp.

--testindex a.fasta
בדוק את האינדקס של 'קובץ'. אם האינדקס מעודכן, לדף
יוצא בהצלחה, אחרת, leaff יוצא עם קוד 1. אם an
קובץ האינדקס מסופק, זה נבדק, אחרת, ה
שם קובץ אינדקס כברירת מחדל משמש.

--dumpblocks a.fasta
יוצר רשימה של בלוקים של N ולא-N. תְפוּקָה
הפורמט הוא 'base seq# beg end len'. 'N 84 483 485 2' פירושו
שבלוק של 2 N מתחיל במיקום מבוסס מרחב 483
ברצף 84. א '.' הוא סוף הרצף
סַמָן.

-- errors LNCP a.fasta
עבור כל רצף בקובץ הקלט, צור חדש
רצפים כולל שגיאות רצף מדומה.
L -- אורך הרצף החדש. אם אפס, האורך
מהרצף המקורי ישמש.
N - מספר רצפים להפקה. אם L=0, הכל
רצפי המשנה יהיו זהים, וכדאי להשתמש
ג במקום.
C - מספר עותקים להפקה. כל אחד מה-N
לרצפים המשנה יהיו עותקי C, לכל אחד מהם שונה
שגיאות.
P - הסתברות לטעות.

רמז: כדי לדמות ESTs מגנים, השתמש ב-L=500, N=10, C=10
-- בצע ריצות C=10 של רצפי רצף של N=10 EST
באורך 500bp כל אחד.
כדי לדמות mRNA מגנים, השתמש ב-L=0, N=10, C=10
כדי לדמות קריאות מגנומים, השתמש ב-L=800, N=10, C=1
-- כמובן, יש להגדיל את N= כדי לתת את
עומק כיסוי מתאים

--סטטיסטיקות א.פאסטה
סטטיסטיקות גודל דוחות; מספר, N50, סכום, הגדול ביותר.

--seqstore out.seqStore
ממיר את קובץ הקלט (-f) לקובץ seqStore (לדוגמה,
לשימוש עם Celera assembler או sim4db).

אורים

שימו לב שהאפשרויות תלויות בהזמנה. רצפים מודפסים בכל פעם ש-SEQUENCE
אפשרות SELECTION מתרחשת בשורת הפקודה. אפשרויות הפלט אינן מתאפסות כאשר רצף
מודפס.

סדרים ממוספרים החל מאפס, לא אחד!

דוגמאות

1. הדפס את 10 הבסיסים הראשונים של הרצף הרביעי בקובץ 'גנים':
leaff -f גנים -e 0 10 -s 3

2. הדפס את 10 הבסיסים הראשונים של הרצף הרביעי והחמישי:
leaff -f גנים -e 0 10 -s 3 -s 4

3. הדפס את הרצף הרביעי והחמישי בהשלמה הפוכה, והשישי
רצף קדימה. הסט השני של -R -C לכבות השלמה הפוכה:
leaff -f גנים -R -C -s 3 -s 4 -R -C -s 5

4. המר את הקובץ 'גנים' ל-seqStore 'genes.seqStore'.
leaff -f genes --seqstore genes.seqStore

השתמש ב-leaf באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net