linsi - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mafft - תוכנית יישור מרובה עבור רצפי חומצות אמינו או נוקלאוטידים

תַקצִיר

mafft [אפשרויות] קלט [> תפוקה]

Linsi קלט [> תפוקה]

ג'ינסי קלט [> תפוקה]

einsi קלט [> תפוקה]

פפטנסי קלט [> תפוקה]

fftns קלט [> תפוקה]

nwns קלט [> תפוקה]

nwnsi קלט [> תפוקה]

mafft-profile group1 group2 [> תפוקה]

קלט, group1 ו group2 חייב להיות בפורמט FASTA.

תיאור

MAFFT היא תוכנית יישור רצף מרובה עבור מערכות הפעלה דמויות יוניקס. זה מציע
מגוון של שיטות יישור מרובות.

מכוון דיוק שיטות:
· L-INS-i (כנראה המדויק ביותר; מומלץ עבור <200 רצפים; עידון איטרטיבי
שיטה המשלבת מידע מקומי על יישור זוגי):

mafft - זוג מקומי -- להרבות 1000 קלט [> תפוקה]

Linsi קלט [> תפוקה]

· G-INS-i (מתאים לרצפים באורכים דומים; מומלץ עבור <200 רצפים;
שיטת חידוד איטרטיבית המשלבת מידע גלובלי על יישור זוגי):

mafft --זוג גלובלי -- להרבות 1000 קלט [> תפוקה]

ג'ינסי קלט [> תפוקה]

· E-INS-i (מתאים לרצפים המכילים אזורים גדולים שאינם ניתנים ליישור; מומלץ עבור
<200 רצפים):

mafft --אפ 0 --genafpair -- להרבות 1000 קלט [> תפוקה]

einsi קלט [> תפוקה]

עבור E-INS-i, ה --אפ 0 אפשרות מומלצת כדי לאפשר פערים גדולים.

מכוון מהירות שיטות:
· FFT-NS-i (שיטת חידוד איטרטיבית; שני מחזורים בלבד):

mafft --נסיגה 2 -- להרבות 2 קלט [> תפוקה]

פפטנסי קלט [> תפוקה]

· FFT-NS-i (שיטת חידוד איטרטיבית; מקסימום 1000 איטרציות):

mafft --נסיגה 2 -- להרבות 1000 קלט [> תפוקה]

· FFT-NS-2 (מהיר; שיטה מתקדמת):

mafft --נסיגה 2 -- להרבות 0 קלט [> תפוקה]

fftns קלט [> תפוקה]

· FFT-NS-1 (מהיר מאוד; מומלץ ל->2000 רצפים; שיטה מתקדמת עם גס
עץ מדריך):

mafft --נסיגה 1 -- להרבות 0 קלט [> תפוקה]

· NW-NS-i (שיטת חידוד איטרטיבית ללא קירוב FFT; שני מחזורים בלבד):

mafft --נסיגה 2 -- להרבות 2 --nofft קלט [> תפוקה]

nwnsi קלט [> תפוקה]

· NW-NS-2 (מהירה; שיטה מתקדמת ללא קירוב FFT):

mafft --נסיגה 2 -- להרבות 0 --nofft קלט [> תפוקה]

nwns קלט [> תפוקה]

· NW-NS-PartTree-1 (מומלץ עבור ~10,000 עד ~50,000 רצפים; שיטה מתקדמת
עם אלגוריתם PartTree):

mafft --נסיגה 1 -- להרבות 0 --nofft --parttree קלט [> תפוקה]

קבוצה לקבוצה יישורים

mafft-profile group1 group2 [> תפוקה]

או:

mafft -- להרבות 1000 --זֶרַע group1 --זֶרַע group2 /dev/null [> תפוקה]

אפשרויות

אַלגוֹרִיתְם
--אוטומטי
בוחר אוטומטית אסטרטגיה מתאימה מ-L-INS-i, FFT-NS-i ו-FFT-NS-2,
לפי גודל הנתונים. ברירת מחדל: כבוי (תמיד FFT-NS-2)

--6merpair
המרחק מחושב על סמך מספר ה-6mers המשותפים. ברירת מחדל: מופעל

--זוג גלובלי
כל היישורים הזוגיים מחושבים בעזרת אלגוריתם Needleman-Wunsch. יותר
מדויק אך איטי יותר מ--6merpair. מתאים לסט של התאמה גלובלית
רצפים. ישים עד ~200 רצפים. שילוב עם --maxiterate 1000
מומלץ (G-INS-i). ברירת מחדל: כבוי (נעשה שימוש במרחק של 6מר)

- זוג מקומי
כל היישורים הזוגיים מחושבים עם אלגוריתם Smith-Waterman. יותר מדויק
אבל איטי יותר מ--6merpair. מתאים לסט של רצפים הניתנים ליישור מקומית.
ישים עד ~200 רצפים. שילוב עם --maxiterate 1000 הוא
מומלץ (L-INS-i). ברירת מחדל: כבוי (נעשה שימוש במרחק של 6מר)

--genafpair
כל היישורים הזוגיים מחושבים עם אלגוריתם מקומי עם המוכלל
עלות פער אפינית (Altschul 1998). מדויק יותר אך איטי יותר מ--6merpair. מַתְאִים
כאשר צפויים פערים פנימיים גדולים. ישים עד ~200 רצפים. א
מומלץ שילוב עם --maxiterate 1000 (E-INS-i). ברירת מחדל: כבוי (6מר
נעשה שימוש במרחק)

--פאסטפאיר
כל היישורים הזוגיים מחושבים עם FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA הוא
נדרש. ברירת מחדל: כבוי (נעשה שימוש במרחק של 6מר)

--משקל מספר
מקדם הניפוח עבור מונח העקביות מחושב מתוך יישור זוגי. תָקֵף
כאשר אחד מ- --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair או --blastpair הוא
נבחר. ברירת מחדל: 2.7

--נסיגה מספר
עץ מדריך בנוי מספר פעמים בשלב הפרוגרסיבי. תקף עם מרחק של 6מר.
ברירת מחדל: 2

-- להרבות מספר
מספר מבוצעים מחזורים של עידון איטרטיבי. ברירת מחדל: 0

--fft
השתמש בקירוב FFT ביישור קבוצה לקבוצה. ברירת מחדל: מופעל

--nofft
אל תשתמש בקירוב FFT ביישור קבוצה לקבוצה. ברירת מחדל: כבוי

--noscore
ציון היישור אינו נבדק בשלב החידוד האיטרטיבי. ברירת מחדל: כבוי (ציון
מסומן)

--memsave
השתמש באלגוריתם מאיירס-מילר (1988). ברירת מחדל: מופעל אוטומטית כאשר
אורך היישור עולה על 10,000 (aa/nt).

--parttree
השתמש בשיטת בניית עצים מהירה (PartTree, Katoh and Toh 2007) עם המרחק של 6מר.
מומלץ עבור מספר גדול (> ~10,000) של רצפים מוקלטים. ברירת מחדל: כבוי

--dpparttree
האלגוריתם של PartTree משמש עם מרחקים המבוססים על DP. קצת יותר מדויק ו
איטי יותר מ--parttree. מומלץ עבור מספר גדול (> ~10,000) של רצפים הם
קֶלֶט. ברירת מחדל: כבוי

--fastaparttree
האלגוריתם של PartTree משמש עם מרחקים המבוססים על FASTA. קצת יותר מדויק
ואיטי יותר מ--parttree. מומלץ למספר גדול (>~10,000) של רצפים
הם קלט. נדרשת FASTA. ברירת מחדל: כבוי

-- גודל חלקים מספר
מספר המחיצות באלגוריתם PartTree. ברירת מחדל: 50

--גודל קבוצה מספר
אל תעשה יישור גדול מ מספר רצפים. תקף רק עם --*parttree
אפשרויות. ברירת מחדל: מספר רצפי הקלט

פרמטר
--אופ מספר
עונש פתיחת פערים ביישור קבוצה לקבוצה. ברירת מחדל: 1.53

--אפ מספר
ערך היסט, שפועל כמו עונש הרחבת פערים, ליישור קבוצה לקבוצה.
ברירת מחדל: 0.123

--לִגדוֹעַ מספר
עונש פתיחת פערים ביישור זוג מקומי. תקף כאשר --localpair או
נבחרה אפשרות --genafpair. ברירת מחדל: -2.00

--לפ מספר
ערך היסט ביישור זוג מקומי. תקף כאשר --localpair או --genafpair
האפשרות נבחרה. ברירת מחדל: 0.1

--lexp מספר
עונש הרחבת פערים ביישור זוג מקומי. תקף כאשר --localpair או
נבחרה אפשרות --genafpair. ברירת מחדל: -0.1

--לִגדוֹעַ מספר
עונש פתיחת פערים כדי לדלג על היישור. תקף כאשר האפשרות --genafpair היא
נבחר. ברירת מחדל: -6.00

--LEXP מספר
עונש הרחבת פערים כדי לדלג על היישור. תקף כאשר האפשרות --genafpair היא
נבחר. ברירת מחדל: 0.00

--bl מספר
BLOSUM מספר נעשה שימוש במטריצה ​​(Henikoff and Henikoff 1992). מספר=30, 45, 62 או 80.
ברירת מחדל: 62

--jtt מספר
JTT PAM מספר (Jones et al. 1992) נעשה שימוש במטריצה. מספר>0. ברירת מחדל: BLOSUM62

--tm מספר
Transmembrane PAM מספר (Jones et al. 1994) נעשה שימוש במטריצה. מספר>0. בְּרִירַת מֶחדָל:
BLOSUM62

--aamatrix matrixfile
השתמש במטריצת ניקוד AA המוגדרת על ידי המשתמש. הפורמט של matrixfile זהה לזה של
פיצוץ. מתעלם כאשר רצפי נוקלאוטידים מוקלטים. ברירת מחדל: BLOSUM62

--fmodel
שלב את המידע על הרכב AA/nuc במטריצת הניקוד. ברירת מחדל: כבוי

תְפוּקָה
--מקבץ
פורמט פלט: פורמט אשכול. ברירת מחדל: כבוי (פורמט פאסטה)

--סדר קלט
סדר פלט: זהה לקלט. ברירת מחדל: מופעל

--להזמין מחדש
סדר פלט: מיושר. ברירת מחדל: כבוי (סדר קלט)

--עצים
עץ המדריך יוצא ל- קלטקובץ .tree. ברירת מחדל: כבוי

--שֶׁקֶט
אל תדווח על התקדמות. ברירת מחדל: כבוי

קֶלֶט
--נוק
נניח שהרצפים הם נוקלאוטידים. ברירת מחדל: אוטומטי

--אמינו
נניח שהרצפים הם חומצות אמינו. ברירת מחדל: אוטומטי

--זֶרַע יישור 1 [--זֶרַע יישור 2 --זֶרַע יישור 3 ...]
יישור זרעים נתון ב alignment_n (פורמט fasta) מיושרים עם רצפים ב
קלט. היישור בתוך כל זרע נשמר.

השתמש ב-linsi באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net