לוקוספוקוס - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

לוקוספוקוס - חישוב קואורדינטות לוקוס עבור ביאור הגן הנתון

תַקצִיר

לוקוספוקוס [אפשרויות] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

תיאור

אפשרויות בסיסיות:

-d|--ניפוי באגים
הדפס הודעות איתור באגים מפורטות למסוף (שגיאה סטנדרטית)

-h|--עזרה
הדפס הודעת עזרה זו וצא

-v|--גרסה
להדפיס את מספר הגרסה ולצאת

ניתוח iLocus:

-l|--דלתא: INT
בעת ניתוח לוקוסים מרווחים, השתמש בדלתא הבאה כדי להרחיב את לוקוסי הגנים ולכלול
אזורי רגולציה פוטנציאליים; ברירת המחדל היא 500

-s|--מדלג
בעת ספירת מיקומי מרווחים, אל תכלול ללא הערות (וכנראה לא שלם)
iLoci בשני קצוות הרצף

-e|--סוף בלבד
דווח רק על קטעי iLocus לא שלמים בקצוות ללא הערות של רצפים
(השלמה של --מדלג)

-y|--skipiiloci
אל תדווח על iLoci אינטרגני

אפשרויות חידוד:

-r|--לחדד
כברירת מחדל גנים מקובצים באותו iLocus אם יש להם חפיפה כלשהי; 'לעדן'
מצב מאפשר טיפול ניואנסי יותר בגנים חופפים

-c|--תקליטורים
להשתמש ב-CDS ולא ב-UTRs לקביעת חפיפת גנים; מרמז על מצב 'עידון'

-m|--מיני חפיפה: INT
המספר המינימלי של נוקלאוטידים שני גנים חייבים לחפוף כדי להיות מקובצים באותו
iLocus; ברירת המחדל היא 1

אפשרויות פלט:

-n|--namefmt: STR
ספק מחרוזת פורמט בסגנון printf כדי לעקוף את תבנית ברירת המחדל של מזהה עבור לאחרונה
נוצר לוקוסים; ברירת המחדל היא 'locus%lu' (locus1, locus2 וכו') עבור loci ו-'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2 וכו') עבור לוקוסים מרווחים; שימו לב שמחרוזת הפורמט צריכה לכלול א
מפרט %lu יחיד שיש למלא עם ערך שלם ארוך ללא סימן

-i|--ilens: קובץ
צור קובץ עם האורכים של כל iLocus בין-גנית

-g|--genemap: FILE
להדפיס מיפוי מכל ביאור גן למקום המתאים לו לנתון
פילה

-o|--outfile: FILE
שם הקובץ שאליו ייכתבו התוצאות; ברירת המחדל היא מסוף (סטנדרטי
פלט)

-T|--retainids
שמור מזהי תכונה מקוריים מקבצי קלט; עימותים יתעוררו אם קלט
מכיל ערכי מזהה משוכפלים

-t|--transmap: FILE
להדפיס מיפוי מכל ביאור תמליל למקום המתאים שלו ל-
קובץ נתון

-V|--רבות
כלול את כל תכונות המשנה של הלוקוס (גנים, RNA וכו') בפלט GFF3; בְּרִירַת מֶחדָל
כולל רק תכונות לוקוס

אפשרויות קלט:

-f|--מסנן: TYPE
רשימה מופרדת בפסיק של סוגי תכונות לשימוש בבניית לוקוסים/iLoci; ברירת המחדל היא
'גֵן'

-p|--הורה: CT:PT
אם תכונה מסוג $CT קיימת ללא אב, צור אב עבור תכונה זו
עם סוג $PT; לדוגמה, mRNA:gene יצור תכונת גן כהורה עבור
כל תכונת mRNA ברמה העליונה; ניתן לציין אפשרות זו מספר פעמים

-u|--פסאודו
לתקן פסאודוגנים שסומנו בטעות

השתמש ב-locuspocus באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net