זוהי הפקודה macs2_randsample שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
macs2_randsample - ניתוח מבוסס מודלים ל-ChIP-Sequencing
תיאור
שימוש: macs2 randsample [-h] -t TFILE [TFILE ...] (-p אחוז | -n מספר)
[--seed SEED] [-o OUTPUTFILE] [--outdir OUTDIR]
[-s TSIZE] [-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}] [--verbose
מִלוּלִי]
אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
-t TFILE [TFILE ...], --tfile TFILE [TFILE ...]
קובץ יישור ChIP-seq. אם מספר קבצים ניתנים בתור '-t AB C', אז הם יעשו זאת
יש לקרוא ולשלב את כולם. שימו לב שנתוני קצה זוגיים לא אמורים לעבוד עם זה
פקודה. נדרש.
-p אֲחוּזִים, --אֲחוּזִים אֲחוּזִים
אחוז התגים שברצונך לשמור. קלט 80.0 עבור 80%. לא ניתן להשתמש באפשרות זו
באותו זמן עם -n/--נום. נדרש
-n מספר, --מספר מספר
מספר התגים שברצונך לשמור. הזן 8000000 או 8e+6 עבור 8 מיליון. אפשרות זו
לא ניתן להשתמש בו זמנית עם -p/--אָחוּז. שים לב שמספר התגים ב
הפלט משוער כמספר שצוין כאן. נדרש
--זֶרַע זֶרַע
הגדר את הזרע האקראי תוך הורדת נתוני הדגימה. חייב להיות מספר שלם לא שלילי ב
כדי להיות יעיל. ברירת מחדל: לא מוגדר
-o קובץ פלט, --file קובץ פלט
פלט שם קובץ BED. אם לא צוין, יכתוב לפלט סטנדרטי. בְּרִירַת מֶחדָל:
stdout
--outdir OUTDIR
אם צוין, כל קבצי הפלט ייכתבו לאותה ספרייה. ברירת מחדל: ה
מדריך העבודה הנוכחי
-s TSIZE, --גודל TSIZE
גודל תג. פעולה זו תבטל את גודל התג שזוהה אוטומטית. ברירת מחדל: לא מוגדר
-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --פוּרמָט
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
פורמט של קובץ תג, "AUTO", "BED" או "ELAND" או "ELANDMULTI" או "ELANDEXPORT" או
"SAM" או "BAM" או "BOWTIE". אפשרות ברירת המחדל AUTO תחליט macs2 randsample
באיזה פורמט הקובץ. אנא בדוק את ההגדרה בקובץ README אם תבחר
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. ברירת מחדל: "אוטומטי"
--מִלוּלִי מִלוּלִי
הגדר רמה מילולית. 0: הצג רק הודעה קריטית, 1: הצג אזהרה נוספת
הודעה, 2: הצג מידע על תהליך, 3: הצג הודעות ניפוי באגים. אם אתה רוצה לדעת
איפה הקריאה הכפולה, השתמש ב-3. ברירת מחדל:2
השתמש ב-macs2_randsample באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
