זהו הפקודה matchere שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
matcher - יישור מקומי של Waterman-Eggert של שני רצפים
תַקצִיר
שידוך -רצף רצף -בהמשך רצף [-קובץ מידע מַטרִיצָה] [-חלופות מספר שלם]
[-gapoopen מספר שלם] [-gapextend מספר שלם] -תיק ליישר
שידוך עזרה
תיאור
שידוך היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "יישור:מקומי".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-רצף רצף
-בהמשך רצף
-קובץ מידע מַטרִיצָה
זהו קובץ מטריצת הניקוד המשמש בעת השוואת רצפים. כברירת מחדל זה ה
קובץ 'EBLOSUM62' (עבור חלבונים) או הקובץ 'EDNAFULL' (עבור רצפי גרעין). אלה
קבצים נמצאים בספריית 'נתונים' של התקנת EMBOSS.
נוסף סעיף
-חלופות מספר שלם
זה קובע את מספר הפלט של התאמות חלופיות. כברירת מחדל רק הגבוה ביותר
יישור הניקוד מוצג. ערך של 2 נותן לך יישורים סבירים אחרים. ב
מקרים מסוימים, למשל חלבונים מרובי דומיינים של cDNA והשוואות DNA גנומי,
ייתכנו יישורים מעניינים ומשמעותיים אחרים. ערך ברירת מחדל: 1
-gapoopen מספר שלם
עונש הפער הוא הניקוד שנלקח כאשר נוצר פער. התמורה הטובה ביותר תלויה
על בחירת מטריצת ההשוואה. ערך ברירת המחדל של 14 מניח שאתה משתמש ב-
מטריצת EBLOSUM62 עבור רצפי חלבון, או ערך של 16 ומטריצת EDNAFULL עבור
רצפי נוקלאוטידים. ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-gapextend מספר שלם
עונש אורך הפער, או הארכת הפער, מתווסף לעונש הפער הסטנדרטי עבור
כל בסיס או שארית במרווח. כך נענשים פערים ארוכים. בדרך כלל תעשה זאת
צפו לכמה פערים ארוכים ולא לפערים קצרים רבים, אז עונש הרחבת הפער
צריך להיות נמוך מעונש הפער. יוצא מן הכלל הוא כאשר אחד הרצפים או שניהם נמצאים
קריאה בודדת עם שגיאות רצף אפשריות ובמקרה זה היית מצפה לרבות
פערי בסיס בודדים. אתה יכול לקבל תוצאה זו על ידי הגדרת עונש הפער לאפס (או מאוד
נמוך) ושימוש בעונש הרחבת הפער כדי לשלוט בניקוד הפער. ערך ברירת מחדל:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
תְפוּקָה סעיף
-תיק ליישר
השתמש ב-matchere באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
