mauveAligner - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mauveAligner - בניית יישור גנום מרובים ביעילות

תַקצִיר

mauveAligner [אפשרויות] ...
שם הקובץ>

תיאור

אלגוריתמי היישור mauveAligner ו-progressiveMauve יושמו כ
תוכניות שורת הפקודה הכלולות בתוכנת Mauve הניתנת להורדה. כאשר בורחים מה
שורת הפקודה, תוכניות אלו מספקות אפשרויות שעדיין אינן זמינות בממשק הגרפי.

אפשרויות

--פלט=שם קובץ פלט.
הדפסה למסך כברירת מחדל

--אמהות מצא MUMs בלבד, אל תנסה לקבוע בלוקים קולינאריים מקומיים (LCBs)

--ללא רקורסיה אל תבצע זיהוי עוגן רקורסיבי (מרמז
--יישור ללא פערים)

--לא-lcb-extension אם אתה קובע LCBs, אל תנסה להרחיב את LCBs

--גודל זרע=גודל התאמה התחלתית של סיד, ברירת המחדל היא log_2(אורך המשך ממוצע)

--max-extension-iterations=הגבל את הרחבות LCB למספר זה של ניסיונות,
ברירת המחדל היא 4

- לחסל תכלילים בטל הכללות מקושרות בהתאמות משנה.

--משקל=משקל LCB מינימלי בזוגות בסיסים לרצף

--match-input=השתמש בקובץ התאמה שצוין במקום לחפש התאמות

--lcb-match-input מציין שקובץ קלט ההתאמה מכיל התאמות שהיו
מקובצים לתוך LCBs

--lcb-input=השתמש בקובץ lcb שצוין במקום לבנות LCBs (מדלג על LCB
דוֹר)

--- scratch-path=עבור גנומים גדולים, השתמש בספרייה לאחסון נתונים זמניים.
צריך לתת פעמיים או יותר עם נתיבים שונים.

--id-matrix=צור נתונים סטטיסטיים של LCB וכתוב אותם לקובץ שצוין

--אי-גודל=מצא איים גדולים מהמספר הנתון

--אי-פלט=פלט איי את הקובץ הנתון (דורש --בגודל אי)

--עמוד השדרה-גודל=מצא מתיחות של עמוד השדרה ארוכות מהמספר הנתון של bp

--max-backbone-gap=אפשר לשדרה להיקטע על ידי פערים עד אורך זה פנימה
bp

--עמוד השדרה-פלט=פלט איי את הקובץ הנתון (דורש --בגודל אי)

--coverage-output=פלט רשימת כיסוי לקובץ שצוין (- עבור stdout)

--חוזר יוצר מפה חוזרת. ניתן לציין רק רצף אחד

--output-guide-tree=כתוב עץ מדריך לקובץ המיועד

--קולינארי נניח שרצפי הקלט הם קולינאריים - אין להם סידורים מחדש

פתח יישור פקדים:
--יישור ללא פערים אל תבצע יישור מרווח

--max-gapped-aligner-length=מספר מרבי של זוגות בסיסים לניסיון להתיישר איתם
המיישר המרווח

--min-recursive-gap-length=גודל מינימלי של פערים ש-Mave תבצע רקורסיבית
עיגון MUM פועל (ברירת המחדל היא 200)

חתם תמורה מַטרִיצָה אפשרויות:
--permutation-matrix-output=כתוב את ה-LCBs כמטריצת תמורות חתומה ל
הקובץ הנתון

--permutation-matrix-min-weight=מטריצת תמורה תיכתב עבור כל אחד
קבוצה של LCBs עם משקל בין ערך זה לערך של --מִשׁקָל

מערך תפוקה אפשרויות:
--alignment-output-dir=מוציא קבוצה של קבצי יישור (אחד לכל LCB) ל-a
ספרייה נתונה

--alignment-output-format=בוחר את פורמט הפלט עבור --alignment-output-dir

--output-alignment=כתוב יישור פורמט XMFA לקובץ המיועד

פורמטי פלט יישור נתמכים הם: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

השתמש ב-mauveAligner באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net