זוהי הפקודה mauveToXMFA שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
addUnalignedIntervals - חלק מחבילת mauveAligner
alignmentProjector - חלק מחבילת mauveAligner
backbone_global_to_local - חלק מחבילת mauveAligner
bbAnalyze - חלק מחבילת mauveAligner
createBackboneMFA - חלק מחבילת mauveAligner
getAlignmentWindows - חלק מחבילת mauveAligner
getOrthologList - חלק מחבילת mauveAligner
makeBadgerMatrix - חלק מחבילת mauveAligner
mauveToXMFA - חלק מחבילת mauveAligner
mfa2xmfa - חלק מחבילת mauveAligner
projectAndStrip - חלק מחבילת mauveAligner
randomGeneSample - חלק מחבילת mauveAligner
scoreAlignment - חלק מחבילת mauveAligner
stripGapColumns - חלק מחבילת mauveAligner
stripSubsetLCBs - חלק מחבילת mauveAligner
toGrimmFormat - חלק מחבילת mauveAligner
toMultiFastA - חלק מחבילת mauveAligner
toRawSequence - חלק מחבילת mauveAligner
uniqueMerCount - חלק מחבילת mauveAligner
uniquifyTrees - חלק מחבילת mauveAligner
xmfa2maf - חלק מחבילת mauveAligner
תיאור
כלים אלו שייכים לחבילת mauveAligner. הם לא מתועדים במפורש אבל
מדפיסים שורת תקציר שחוזרת כאן.
addUnalignedIntervals הפסקה קובץ> <פלט הפסקה קובץ>
alignmentProjector xmfa> <פלט xmfa> <mfa seq קלט> <mfa seq פלט> <רשימה of
seqs ל לִכלוֹל, החל at 0>
backbone_global_to_local <xmfa קובץ> <עמוד שדרה קובץ> <פלט קובץ>
bbנתח <xmfa קובץ> <מדריך עץ> <עמוד שדרה seqpos קובץ> <עמוד שדרה col קובץ> <מוער
seq אינדקס> <פלט קובץ>
אינדקס המשך מוער מתחיל ב-0.
ליצורBackboneMFA הפסקה קובץ> <פלט משרד חוץ שם>
getAlignmentWindows <XMFA יישור> <חלון אורך> <חלון משמרת כמות> <בסיס תפוקה
שם הקובץ>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <עמוד שדרה seq קובץ> <הפניה גנום> <CDS
אורתולוגי שם הקובץ> <CDS יישור בסיס שם>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <פלט גירית קובץ> <LCB לתאם קובץ>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve מערך קלט> <XMFA פלט>
mfa2xmfa <MFA יישור קלט> <XMFA יישור פלט> [לא מיושר FastA תְפוּקָה]
projectAndStrip xmfa> <פלט xmfa> ...
מזהי רצף מספריים מתחילים ב-0.
randomGeneSample xmfa> <עמוד שדרה seq קובץ> <דוגמה גנום> <מספר of גנים>
<פלט בסיס שם> [אַקרַאִי זֶרַע]
ניקוד יישור <נכון יישור> <מחושב יישור> [התפתח רצף קוֹבֶץ] [סלגן]
stripGapColumns XMFA> <פלט XMFA>
stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <פלט xmfa> [דקה LCB גודל] [דקה גנומים]
[באופן אקראי תת מדגם ל X kb]
ל-GrimmFormat <Mauve יישור> <גנום 1 chr אורכים>... N chr אורכים>
לMultiFastA הפסקה קובץ> <פלט בסיס שם>
toRawSequence רצף> <פלט קובץ>
uniqueMerCount <מיון להתחתן רשימה>
uniquifyTrees <נקסוס קלט קובץ> <נקסוס תפוקה קובץ>
כל העצים בקובץ הקלט חייבים להיות בעלי מספר זהה של טקסונים ואותו טקסון
תוויות
xmfa2maf <xmfa קלט> <maf פלט>
השתמש ב-mauveToXMFA באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
