mia-2dgroundtruthreg - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mia-2dgroundtruthreg - רישום של סדרת תמונות דו מימדיות

תַקצִיר

mia-2dgroundtruthreg -i -o -A -B -R
[אפשרויות]

תיאור

mia-2dgroundtruthreg תוכנית זו מיישמת את הרישום הלא ליניארי המבוסס על פסאודו
Ground Thruth לפיצוי תנועה של סדרות של תמונות זלוף שריר הלב כמתואר
ב-Chao Li ו-Ying Sun, 'רישום לא נוקשה של MRI זלוף שריר הלב באמצעות פסאודו
Ground Truth', ב-Proc. מחשוב תמונה רפואית והתערבות בעזרת מחשב MICCAI
2009, 165-172, 2009. שים לב שעבור תיקון תנועה לא ליניארית זה ליניארי קודם
בדרך כלל נדרש שלב הרישום.

אפשרויות

קובץ-IO
-i --in-file=(קלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף קלט

-o --out-file=(פלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף פלט

-r --registered=reg
בסיס שמות קבצים עבור קבצים רשומים

תנאים מוקדמים
-s --דלג=2
דלג על תמונות בתחילת הסדרה דלג על תמונות בתחילת הסדרה

-P --עובר=4
מספר מעברי רישום מספר מעברי רישום

Pseudo-Ground-Thruth
-A --alpha=(נדרש); לְהַכפִּיל
משקל עונש שכונה מרחבית משקל עונש שכונה מרחבית

-B --beta=(נדרש); לְהַכפִּיל
עונש נגזרת שניה זמנית משקל עונש נגזרת שניה זמנית
מִשׁקָל

-R --rho_thresh=(נדרש); לְהַכפִּיל
סף מתאם לניתוח שכונה סף מתאם עבור
ניתוח שכונות

הַרשָׁמָה
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
כלי אופטימיזציה משמש למזעור כלי אופטימיזציה המשמש למזעור עבור
תוספים נתמכים ראה PLUGINS:minimizer/singlecost

-p --interpolator=bspline:d=3
image interpolator kernelimage interpolator kernel עבור תוספים נתמכים
ראה PLUGINS:1d/splinekernel

-l --mr-levels=3
רמות רזולוציה מרובות רמות רזולוציה מרובות

-d --divcurl=20
divcurl regularization weightdivcurl regularization weight

--divcurl-divider=4
דרגת משקל divcurl עם כל שינוי משקל passdivcurl חדש עם כל אחד
מעבר חדש

-a --start-c-rate=32
התחל קצב קו-אפיציינט בעמודים, מחולק ב--c-rate-divider עם
כל קצב קוeficinet של התחלת מעבר בעמודים, מחולק ב--c-rate-divider
עם כל מעבר

--c-rate-divider=4
מחלק תעריף קופה עבור כל מחלק תעריף passcofficient עבור כל מעבר

-w --imageweight=1
משקל עלות תמונה משקל עלות תמונה

עֶזרָה & מידע
-V --verbose=אזהרה
מילוליות של פלט, הדפסת הודעות ברמה נתונה ובעדיפויות גבוהות יותר.
סדרי עדיפויות נתמכים המתחילים ברמה הנמוכה ביותר הם:
מידע - הודעות ברמה נמוכה
להתחקות - מעקב אחר קריאת פונקציה
להיכשל - דיווח על כשלים בבדיקה
אזהרה - אזהרות
שגיאה - דיווח על שגיאות
באגים - ניפוי באגים בפלט
הודעה - הודעות רגילות
קטלני - דווח רק על שגיאות קטלניות

--זכויות יוצרים
להדפיס מידע על זכויות יוצרים

-h --עזרה
להדפיס עזרה זו

-? --נוֹהָג
הדפס עזרה קצרה

--גִרְסָה
להדפיס את מספר הגרסה ולצאת

תהליך
--חוטים=-1
מספר שרשורים מקסימלי לשימוש לעיבוד, מספר זה צריך להיות נמוך יותר
או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות במכונה. (-1:
הערכה אוטומטית). המספר המרבי של שרשורים לשימוש לעיבוד, זה
המספר צריך להיות נמוך או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות ב
המכונה. (-1: אומדן אוטומטי).

תוספים: 1d/splinekernel

bspline יצירת ליבת B-spline , הפרמטרים הנתמכים הם:

d = 3; int ב [0, 5]
תואר ספליין.

omoms יצירת ליבת OMoms-spline, הפרמטרים הנתמכים הם:

d = 3; int ב [3, 3]
תואר ספליין.

תוספים: מזער/עלות יחידה

gdas ירידה בשיפוע עם תיקון גודל צעד אוטומטי., הפרמטרים הנתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

מקסימום צעד = 2; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד אבסולוטי מקסימלי.

מקסיטר = 200; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

שלב מינימלי = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד מוחלט מינימלי.

xtola = 0.01; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השינוי שהוחל על x מתחת לערך זה..

gdsq ירידה בשיפוע עם אומדן צעד ריבועי, פרמטרים נתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

gtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השיפוע מתחת לערך זה..

מקסיטר = 100; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

סולם = 2; כפול פנימה (1, אינפ)
קנה מידה קבוע של קנה מידה של גודל צעד.

צעד = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של x-update מתחת לערך זה..

gsl תוסף אופטימיזציה המבוסס על אופטימיזציית ה-multimin של הספרייה המדעית של גנו
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, הפרמטרים הנתמכים הם:

eps = 0.01; כפול פנימה (0, אינפ)
מיטובים מבוססי גרדיאנט: עצור כאשר |grad| < eps, simplex: עצור מתי
גודל סימפלקס < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
מספר מקסימלי של איטרציות.

לִבחוֹר = gd; כתיב
כלי אופטימיזציה ספציפי לשימוש.. הערכים הנתמכים הם:
bfgs - ברוידן-פלטשר-גולדפרב-שאן
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (הגרסה היעילה ביותר)
cg-fr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Flecher-Reeves
gd - ירידה בשיפוע.
חד מגמי - אלגוריתם פשוט של Nelder ו-Mead
cg-pr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Polak-Ribiere

צעד = 0.001; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

tol = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
פרמטר סובלנות כלשהו.

nlopt אלגוריתמי מזער באמצעות ספריית NLOPT, לתיאור של
מייעלים בבקשה ראה 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', הפרמטרים הנתמכים הם:

ftola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

גבוה יותר = inf; לְהַכפִּיל
גבול גבוה יותר (שווה לכל הפרמטרים).

local-opt = אין; כתיב
אלגוריתם מזעור מקומי שעשוי להידרש עבור הראשי
אלגוריתם מזעור.. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אף לא אחד - אל תציין אלגוריתם
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר

להוריד = -inf; לְהַכפִּיל
גבול תחתון (שווה לכל הפרמטרים).

מקסיטר = 100; int ב-[1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

לִבחוֹר = ld-lbfgs; כתיב
אלגוריתם מזעור ראשי. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
g-mlsl-lds - קישור רב-שכבתי יחיד (רצף אי התאמה נמוך,
דורשים אופטימיזציה וגבולות מקומיים המבוססים על גרדיאנט)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
auglag-eq - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר עם אילוצי שוויון
רק
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
g-mlsl - קישור רב-שכבתי יחיד (דורש אופטימיזציה מקומית ו
גבולות)
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
אולג - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
ld-slsqp - תכנות ריבועי ריבועי ברצף

צעד = 0; כפול ב-[0, inf)
גודל שלב ראשוני עבור שיטות ללא שיפוע.

להפסיק = -inf; לְהַכפִּיל
קריטריון עצירה: ערך הפונקציה יורד מתחת לערך זה.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

xtolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

דוגמא

רשום את סדרת הזילוף שניתנה על ידי תמונות imageXXXX.exr באמצעות Pseudo Ground Truth
אוּמדָן. דלג על שתי תמונות בהתחלה, וחוץ מזה השתמש בפרמטרי ברירת המחדל.
אחסן את תמונות התוצאה ב-'regXXXX.exr'.

mia-2dgroundtruthreg -i imageXXXX.exr -o regXXXX.exr -k 2

מחבר(ים)

גרט וולני

זכויות יוצרים

תוכנה זו היא זכויות יוצרים (ג) 1999–2015 לייפציג, גרמניה ומדריד, ספרד. זה מגיע
ללא כל אחריות ואתה רשאי להפיץ אותו מחדש תחת תנאי ה-GNU
רישיון ציבורי כללי גרסה 3 (או מאוחר יותר). למידע נוסף הפעל את התוכנית עם
אפשרות '--זכויות יוצרים'.

השתמש ב-mia-2dgroundtruthreg באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net