mia-2dmyoica-nonrigid2 - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mia-2dmyoica-nonrigid2 - הפעל רישום של סדרה של תמונות דו-ממדיות.

תַקצִיר

mia-2dmyoica-nonrigid2 -i -o [אפשרויות]

תיאור

mia-2dmyoica-nonrigid2 תוכנית זו מפעילה רישום לא נוקשה של תמונת זלוף
סדרות. בכל מעבר, תחילה מופעלת ניתוח ICA כדי להעריך ולבטל את התקופתי
תנועה ויצירת תמונות התייחסות בעוצמות דומות למקובל
תמונה מקורית. לאחר מכן רישום לא נוקשה מופעל באמצעות עלות "ssd + divcurl".
דֶגֶם. B-spline c-rate ומשקל העלות של divcurl משתנים בכל מעבר בהתאם
לפרמטרים נתון.במעבר הראשון תיבת תוחמת סביב שריר הלב LV עשויה להיות
הוצא כדי להאיץ את החישוב הערה מיוחדת ליישום זה: הרישום הוא
רוץ תמיד מהתמונות המקוריות כדי למנוע הצטברות של שגיאות אינטרפולציה.

אפשרויות

קובץ-IO
-i --in-file=(קלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף קלט

-o --out-file=(פלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף פלט

-r --registered=reg
בסיס שמות קבצים עבור קבצים רשומים

--save-cropped=
שמור קבוצה חתוכה לקובץ זה

--save-feature=
שמור תמונות תכונת פילוח ומטריצת ערבוב ICA ראשונית

הרשפ"ת
-C --components=0
רכיבי ICA 0 = הערכה אוטומטית רכיבי ICA 0 = אוטומטי
אומדן

--לנרמל
אל תנרמל ICs

--ללא רצועה
אל תסיר את הממוצע מעיקולי הערבוב

-s --segscale=0
פלח וקנה קנה מידה של תיבת החיתוך סביב קטע LV (0=ללא פילוח) ו
לשנות את קנה המידה של תיבת החיתוך סביב ה-LV (0=ללא פילוח)

-k --דלג=0
דלג על תמונות בתחילת הסדרה, למשל כי כפי שהן של אחרים
אופנים דלג על תמונות בתחילת הסדרה, למשל בגלל שהם
הם באופנים אחרים

-m --max-ica-iter=400
מספר מקסימלי של איטרציות ב-ICA מספר מקסימלי של איטרציות ב-ICA

-E --segmethod=תכונות
שיטת פילוח
דלתא-שיא - הבדל של תמונות שיפור השיא
מאפיינים - תמונות תכונה
תכונת דלתא - ההבדל בין התמונות התכונות

הַרשָׁמָה
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
כלי אופטימיזציה משמש למזעור כלי אופטימיזציה המשמש למזעור עבור
תוספים נתמכים ראה PLUGINS:minimizer/singlecost

-a --start-c-rate=32
התחל קצב קו-אפיציינט בעמודים, מחולק ב--c-rate-divider עם
כל קצב קוeficinet של התחלת מעבר בעמודים, מחולק ב--c-rate-divider
עם כל מעבר

--c-rate-divider=4
מחלק תעריף קופה עבור כל מחלק תעריף passcofficient עבור כל מעבר

-d --start-divcurl=20
משקל התחל divcurl, מחולק ב--divcurl-divider עם כל התחלה מעבר
משקל divcurl, מחולק ב--divcurl-divider בכל מעבר

--divcurl-divider=4
דרגת משקל divcurl עם כל שינוי משקל passdivcurl חדש עם כל אחד
מעבר חדש

-w --imageweight=1
משקל עלות תמונה משקל עלות תמונה

-p --interpolator=bspline:d=3
image interpolator kernelimage interpolator kernel עבור תוספים נתמכים
ראה PLUGINS:1d/splinekernel

-l --mg-levels=3
רמות רזולוציה מרובות רמות רזולוציה מרובות

-P --עובר=3
רישום עובר רישום עובר

עֶזרָה & מידע
-V --verbose=אזהרה
מילוליות של פלט, הדפסת הודעות ברמה נתונה ובעדיפויות גבוהות יותר.
סדרי עדיפויות נתמכים המתחילים ברמה הנמוכה ביותר הם:
מידע - הודעות ברמה נמוכה
להתחקות - מעקב אחר קריאת פונקציה
להיכשל - דיווח על כשלים בבדיקה
אזהרה - אזהרות
שגיאה - דיווח על שגיאות
באגים - ניפוי באגים בפלט
הודעה - הודעות רגילות
קטלני - דווח רק על שגיאות קטלניות

--זכויות יוצרים
להדפיס מידע על זכויות יוצרים

-h --עזרה
להדפיס עזרה זו

-? --נוֹהָג
הדפס עזרה קצרה

--גִרְסָה
להדפיס את מספר הגרסה ולצאת

תהליך
--חוטים=-1
מספר שרשורים מקסימלי לשימוש לעיבוד, מספר זה צריך להיות נמוך יותר
או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות במכונה. (-1:
הערכה אוטומטית). המספר המרבי של שרשורים לשימוש לעיבוד, זה
המספר צריך להיות נמוך או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות ב
המכונה. (-1: אומדן אוטומטי).

תוספים: 1d/splinekernel

bspline יצירת ליבת B-spline , הפרמטרים הנתמכים הם:

d = 3; int ב [0, 5]
תואר ספליין.

omoms יצירת ליבת OMoms-spline, הפרמטרים הנתמכים הם:

d = 3; int ב [3, 3]
תואר ספליין.

תוספים: מזער/עלות יחידה

gdas ירידה בשיפוע עם תיקון גודל צעד אוטומטי., הפרמטרים הנתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

מקסימום צעד = 2; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד אבסולוטי מקסימלי.

מקסיטר = 200; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

שלב מינימלי = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד מוחלט מינימלי.

xtola = 0.01; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השינוי שהוחל על x מתחת לערך זה..

gdsq ירידה בשיפוע עם אומדן צעד ריבועי, פרמטרים נתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

gtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השיפוע מתחת לערך זה..

מקסיטר = 100; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

סולם = 2; כפול פנימה (1, אינפ)
קנה מידה קבוע של קנה מידה של גודל צעד.

צעד = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של x-update מתחת לערך זה..

gsl תוסף אופטימיזציה המבוסס על אופטימיזציית ה-multimin של הספרייה המדעית של גנו
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, הפרמטרים הנתמכים הם:

eps = 0.01; כפול פנימה (0, אינפ)
מיטובים מבוססי גרדיאנט: עצור כאשר |grad| < eps, simplex: עצור מתי
גודל סימפלקס < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
מספר מקסימלי של איטרציות.

לִבחוֹר = gd; כתיב
כלי אופטימיזציה ספציפי לשימוש.. הערכים הנתמכים הם:
bfgs - ברוידן-פלטשר-גולדפרב-שאן
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (הגרסה היעילה ביותר)
cg-fr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Flecher-Reeves
gd - ירידה בשיפוע.
חד מגמי - אלגוריתם פשוט של Nelder ו-Mead
cg-pr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Polak-Ribiere

צעד = 0.001; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

tol = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
פרמטר סובלנות כלשהו.

nlopt אלגוריתמי מזער באמצעות ספריית NLOPT, לתיאור של
מייעלים בבקשה ראה 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', הפרמטרים הנתמכים הם:

ftola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

גבוה יותר = inf; לְהַכפִּיל
גבול גבוה יותר (שווה לכל הפרמטרים).

local-opt = אין; כתיב
אלגוריתם מזעור מקומי שעשוי להידרש עבור הראשי
אלגוריתם מזעור.. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אף לא אחד - אל תציין אלגוריתם
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר

להוריד = -inf; לְהַכפִּיל
גבול תחתון (שווה לכל הפרמטרים).

מקסיטר = 100; int ב-[1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

לִבחוֹר = ld-lbfgs; כתיב
אלגוריתם מזעור ראשי. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
g-mlsl-lds - קישור רב-שכבתי יחיד (רצף אי התאמה נמוך,
דורשים אופטימיזציה וגבולות מקומיים המבוססים על גרדיאנט)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
auglag-eq - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר עם אילוצי שוויון
רק
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
g-mlsl - קישור רב-שכבתי יחיד (דורש אופטימיזציה מקומית ו
גבולות)
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
אולג - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
ld-slsqp - תכנות ריבועי ריבועי ברצף

צעד = 0; כפול ב-[0, inf)
גודל שלב ראשוני עבור שיטות ללא שיפוע.

להפסיק = -inf; לְהַכפִּיל
קריטריון עצירה: ערך הפונקציה יורד מתחת לערך זה.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

xtolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

דוגמא

רשום את סדרת הזילוף הניתנת ב-'segment.set' באמצעות הערכת ICA אוטומטית.
דלג על שתי תמונות בהתחלה, וחוץ מזה השתמש בפרמטרי ברירת המחדל. אחסן את
התוצאה ב-'registered.set'.

mia-2dmyoica-nonrigid2 -i segment.set -o registered.set -k 2

מחבר(ים)

גרט וולני

זכויות יוצרים

תוכנה זו היא זכויות יוצרים (ג) 1999–2015 לייפציג, גרמניה ומדריד, ספרד. זה מגיע
ללא כל אחריות ואתה רשאי להפיץ אותו מחדש תחת תנאי ה-GNU
רישיון ציבורי כללי גרסה 3 (או מאוחר יותר). למידע נוסף הפעל את התוכנית עם
אפשרות '--זכויות יוצרים'.

השתמש ב-mia-2dmyoica-nonrigid2 באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net