mkdssp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mkdssp - חשב מבנה משני לחלבונים בקובץ PDB

תַקצִיר

mkdssp [אופציה] pdbfile [dsspfile]

תיאור

אל האני mkdssp התוכנית תוכננה במקור על ידי וולפגנג קבש וכריס סנדר
תקן הקצאת מבנה משני. DSSP הוא מסד נתונים בעל מבנה משני
מטלות (והרבה יותר) עבור כל ערכי החלבון ב-Protein Data Bank (PDB) ו
mkdssp היא האפליקציה שמחשבת את ערכי ה-DSSP מתוך ערכי PDB. שימו לב
זֶה mkdssp עושה לֹא לחזות מבנה משני.

אפשרויות

אם אתה קורא mkdssp עם פרמטר אחד בלבד, הוא יתפרש כקובץ PDB אל
תהליך ופלט יישלחו אל stdout. אם צוין פרמטר שני זהו
מתפרש כשם קובץ ה-DSSP שיש ליצור. גם קובץ הקלט וגם קובץ הפלט
ייתכן שלשמות יהיו .gz או .bz2 בתור סיומת, וכתוצאה מכך הדחיסה המתאימה.

-i, --קֶלֶט שם הקובץ
שם הקובץ של א PDB קובץ מעוצב המכיל את נתוני מבנה החלבון. זֶה
הקובץ עשוי להיות קובץ דחוס על ידי gzip או bzip2.

-o, --תְפוּקָה שם הקובץ
שם הקובץ של א DSSP קובץ ליצירה. אם שם הקובץ מסתיים ב-.gz או .bz2 a
נוצר קובץ דחוס.

-v, --מִלוּלִי
כתוב מידע אבחוני.

--גִרְסָה
הדפס את מספר הגרסה וצא.

-h, - עזרה
הדפס את הודעת העזרה וצא. הספרייה המכילה את סקריפטי המנתח עבור
גברת.

תֵאוֹרִיָה

תוכנית DSSP פועלת על ידי חישוב הקצאת המבנה המשני הסביר ביותר שניתנה
המבנה התלת מימדי של חלבון. הוא עושה זאת על ידי קריאת מיקום האטומים ב-a
חלבון (ה-ATOM מתעד בקובץ PDB) ואחריו חישוב אנרגיית הקשר H
בין כל האטומים. שני קשרי H הטובים ביותר עבור כל אטום משמשים לאחר מכן כדי לקבוע את המרב
סוג סביר של מבנה משני עבור כל שאריות בחלבון.

זה אומר שאתה צריך להיות בעל מבנה תלת מימדי מלא ותקף כדי שחלבון יוכל
לחשב את המבנה המשני. אין קסם ב-DSSP, אז למשל זה לא יכול לנחש את
מבנה משני לחלבון שעבר מוטציה שאין לך את המבנה התלת מימדי שלו.

DSSP קובץ פורמט

חלק הכותרת של כל קובץ DSSP מסביר את עצמו, הוא מכיל חלק מהמידע
הועתק מקובץ PDB ויש כמה סטטיסטיקות שנאספו תוך כדי חישוב
מבנה משני.

המחצית השנייה של הקובץ מכילה את מידע המבנה המשני המחושב לכל
מִשׁקָע. להלן הסבר קצר לכל עמודה.

טור שם תיאור
────────────────────────────────────────────────── ──────────────────────────────────────
# מספר השאריות כפי שנספר על ידי mkdssp
RESIDUE מספר השאריות כפי שצוין בקובץ PDB
ואחריו מזהה שרשרת.

AA קוד האות האחת לחומצת האמינו. אם זה
האות היא אותיות קטנות זה אומר שזה א
ציסטאין היוצרים גשר גופרית עם ה
חומצת אמינו אחרת בעמודה זו עם אותו הדבר
אות קטנה.
מבנה זוהי עמודה מורכבת המכילה מספר משנה
עמודות. העמודה הראשונה מכילה אות
מציין את המבנה המשני שהוקצה לו
שארית זו. ערכים חוקיים הם:
קופונים תיאור
H Alpha Helix
B Beta Bridge
E Strand
G Helix-3
אני Helix-5
סיבוב T
S Bend
להלן שלוש עמודות המציינות עבור
כל אחד משלושת סוגי הסליל (3, 4 ו-5)
האם שארית זו מועמדת להיווצרות
הסליל הזה. א > תו מציין שהוא מתחיל א
סליל, מספר מציין שהוא נמצא בתוך כזה
סליל וא < אופי אומר שהוא מסיים את הסליל.
העמודה הבאה מכילה תו S אם זה
שאריות הן עיקול אפשרי.
ואז יש עמודה המציינת את הכירליות
וזה יכול להיות חיובי או שלילי
(כלומר פיתול האלפא הוא חיובי או
שלילי).
שתי העמודות האחרונות מכילות תוויות גשר בטא.
אות קטנה כאן פירושה גשר מקביל וכך
אות עליון פירושו אנטי מקביל.
BP1 ו-BP2 המועמד לזוג הגשר הראשון והשני, זה
ואחריו אות המציינת את הגיליון.
ACC הנגישות של שאריות זה, זה ה
שטח הפנים מבוטא בריבוע Ångstrom that
ניתן לגשת באמצעות מולקולת מים.
NH-->O..O-->HN ארבעה טורים, הם נותנים לכל שארית את
אנרגיית קשר H עם שארית נוספת שבה ה
שארית זרם היא מקבלת או תורמת.
כל עמודה מכילה שני מספרים, הראשון הוא
קיזוז מהשייר הנוכחי ל-
שארית שותף בקשר H זה (ב-DSSP
מספור), המספר השני הוא המחושב
אנרגיה עבור קשר H זה.
TCO הקוסינוס של הזווית בין C=O של
שארית נוכחית ו-C=O של שארית קודמת. ל
אלפא-סלילי, TCO קרוב ל-1+, עבור גיליונות בטא
TCO קרוב ל-1. לא משמש למבנה
הַגדָרָה.
קאפה זווית הקשר הוירטואלית (זווית כיפוף) המוגדרת על ידי
שלושת אטומי ה-C-אלפא של זרם השיירים
- 2, זרם וזרם + 2. משמש להגדרה
לכופף (קוד מבנה 'S').
זוויות פיתול של עמוד השדרה של עמוד השדרה של PHI ו-PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA ו-Z-CA קואורדינטות C-alpha

הִיסטוֹרִיָה

אפליקציית DSSP המקורית נכתבה על ידי וולפגנג קבש וכריס סנדר בפסקל.
גרסה זו היא שכתוב מלא ב-C++ המבוסס על קוד המקור המקורי. כמה באגים
תוקנו מאז והאלגוריתמים טופלו פה ושם.

הכל

הקוד זקוק נואשות לעדכון. הדבר הראשון שצריך ליישם הוא
זיהוי משופר של pi-helices. שיפור שני יהיה שימוש תלוי בזווית
חישוב אנרגיית קשר H.

השתמש ב-mkdssp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net