שריר - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

שריר - Multiple Protein Sequence Alignment

תַקצִיר

שריר - קלט פילה (פאסטה) [אאוט תפוקה פילה (בְּרִירַת מֶחדָל פאסטה)] [-דיאגס] [-עֵץ היכנס פילה]
[-מקסיטרים n] [-מקסימום שעות n] [-maxmb m] [-html] [-msf] [-קלוו] [-clwstrict]
[-log[a] קובץ לוג] [-שֶׁקֶט] [-יַצִיב] [-קבוצה] [-הפך]

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה את שריר פקודה.

שריר מיישר את רצפי החלבון ונחשב מעולה ומהיר יותר מ- Clustal W.

אפשרויות

- קלט פילה
נתיב לקובץ קלט בפורמט FASTA

אאוט תפוקה פילה
נתיב לקובץ פלט, FASTA מעוצב כברירת מחדל

-דיאגס
מצא אלכסונים (מהיר יותר עבור רצפים דומים)

-מקסיטרים n
מספר מרבי של איטרציות (מספר שלם, ברירת מחדל 16)

-מקסימום שעות n
זמן מקסימלי לחזור על שעות (ברירת מחדל ללא הגבלה)

-maxmb m
מקסימום זיכרון להקצאה ב-Mb (ברירת מחדל 80% מ-RAM)

-html
כתוב פלט בפורמט HTML (ברירת מחדל FASTA)

-msf
כתוב פלט בפורמט MSF (ברירת מחדל FASTA)

-קלוו
כתוב פלט בפורמט Clustal W (ברירת מחדל FASTA)

-clwstrict
כ-clw, עם הכותרת 'CLUSTAL W (1.81)'

-log[a] קובץ לוג
יומן לקובץ (הוסף if -loga, החלף if -log)

-שֶׁקֶט
אל תכתוב הודעות התקדמות ל-stderr

-יַצִיב
רצפי פלט בסדר קלט (ברירת המחדל היא -קבוצה)

-קבוצה
קבץ רצפים לפי דמיון (זו ברירת המחדל)

-הפך
הצג מידע גרסה וצא

השתמש בשרירים באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net