זוהי הפקודה oarsub שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
oarsub - פקודת הגשת משימות של מתזמן אצווה של OAR.
תַקצִיר
צוללת משוטים [אפשרויות]
צוללת משוטים [אפשרויות]
צוללת משוטים [אפשרויות] " "
צוללת משוטים [אפשרויות] -אני
צוללת משוטים [אפשרויות] -C
תיאור
אחד משתמש צוללת משוטים להגיש עבודה ל- מָשׁוֹט קְבוּצָה מתזמן ניהול המשאבים של א HPC
אשכולמשימה מוגדרת על ידי תיאור של קבוצת משאבים הדרושים לביצוע
משימה, וסקריפט או קובץ הפעלה להפעלה. ניתן גם להפעיל משימה באופן אינטראקטיבי, ואפשר
השתמש גם ב- oarsub כדי להתחבר לעבודה שהוגשה בעבר.
המתזמן אחראי על אספקת קבוצת משאבים התואמים את צוללת המשוטים.
בקשה. לאחר תזמון והפעלה, משימה מורכבת מתהליך אחד שבוצע בפעולה הראשונה
צומת המשאבים שאליהם יוחסו, עם קבוצה של משתני סביבה מוגדרים, אשר
לתאר את העבודה. משמעות הדבר היא שקובץ ההפעלה של העבודה אחראי על חיבור אלה
משאבים ועבודות שיגור ביניהם.
אפשרויות
-אני, --אינטראקטיבי
בקשת עבודה אינטראקטיבית. פתח מעטפת התחברות בצומת הראשון של העבודה במקום
הפעלת סקריפט.
-ג, --לְחַבֵּר
התחבר לעבודה פעילה.
-ל, --מַשׁאָב
הגדר את המשאבים המבוקשים עבור המשימה. פרמטרים הם מאפייני משאבים המוגדרים ב
מסד נתונים של OAR, ו-`זמן קיר' המציין את משך הזמן המרבי של העבודה לפני כן
סיום תהליך העבודה (תהליך העבודה יכול להסתיים מוקדם יותר). פורמט זמן הקיר הוא
[hour:mn:sec|hour:mn|hour]. Ex: nodes=4/cpu=1,walltime=2:00:00
ניתן לתת מספר אפשרויות -l באותה שורה. זה מגדיר עבודה ניתנת לעיצוב: עבודה
שיכול ללבוש צורות שונות. לדוגמה, עבור יישום גמיש מאוד, אחד
יכול לבצע את הגשת העבודה הבאה:
oarsub -l cpu=2, זמן קיר=20:00:00 -l cpu=4, זמן קיר=10:00:00 -l cpu=8, זמן קיר=5:00:00 ./script.sh
OAR יתזמן אחת משלוש הגדרות המשאבים המוצעות, בהתאם ל-
עומס האשכול, והעדפת זה עם ההתחלה המוקדמת ביותר האפשרית.
ניתן גם לבקש קבוצות שונות של משאבים, לדוגמה:
oarsub -l "{mem > 64}/host=1+{mem < 48}/host=3", walltime=1:00:00 -I
למשימת המתזמן יהיה מארח אחד עם המאפיין "mem" > 1 ו-64 מארחים עם המאפיין.
"mem" < 48. התחביר בין סוגריים מרובעים, {...}, זהה לזה המשמש עבור "-p"
אוֹפְּצִיָה.
--מַעֲרָך
שלח משימת מערך המכילה "NUMBER" משימות משנה. לכל משימות המשנה יש את אותו הדבר
array_id אבל כל תת-משימה היא עצמאית ויש לה job_id משלה. לכל תת-המשימה יש
אותם מאפיינים (תסריט, דרישות) וניתן לזהותם על ידי
משתנה הסביבה $OAR_ARRAY_INDEX.
עבודות מערך לא יכולות להיות אינטראקטיביות (-I) וגם לא הזמנה (-r).
קובץ --array-parameter
שלח משימת מערך פרמטרי. כל שורה שאינה ריקה בקובץ "FILE" מגדירה את הפרמטרים
עבור משרה משנה. לכל המשנה יש את אותם מאפיינים (תסריט, דרישות) ו
ניתן לזהות אותו באמצעות משתנה סביבתי $OAR_ARRAY_INDEX. '#' הוא ההערה
סימן.
עבודות מערך פרמטריות לא יכולות להיות אינטראקטיביות (-I) וגם לא הזמנה (-r).
-S, --סריקה
מצב אצווה בלבד: בקש מ-oarsub לסרוק את הסקריפט הנתון עבור הנחיות OAR (#OAR -l ...)
-q, --תוֹר
הגדר את התור שאליו יש לשלוח את המשימה.
-פ, --תכונה " "
הוסף רשימה של אילוצים על מאפייני המשאב עבור המשימה. הפורמט של
ה-contraint הוא זה של פסוקית WHERE המשתמשת בתחביר SQL.
-ר, --הזמנה
בקשה שהמשימה תתחיל בשעה מוגדרת. יצירת משרה באמצעות אפשרות זו היא
נקרא לקדם הזמנה (בניגוד ל- כְּנִיעָה).
--מחסום
הפעל את מנגנון נקודת הביקורת עבור המשימה. אות יישלח תוך DELAY שניות
לפני זמן הקיר לתהליך הראשון של העבודה (בצומת הראשון של העבודה
אֶמְצָעִי).
--אוֹת <#SIG>
ציין את האות שישמש להפעלת נקודת הביקורת. השתמש במספרי אותות (ראה kill
-l), ברירת המחדל היא 12 (SIGUSR2).
-ט, --סוּג
ציין סוג ספציפי (מאמץ במיטבו, שיתוף זמן, ללא הרף, קו-סיסטם, לפרוס, נופ,
מכולה, פְּנִימִי, אסימון:xxx=yy,... )
הערות:
- עבודה עם ה- מאמץ במיטבו הסוג יתוזמן עם העדיפות הנמוכה ביותר ויהיה
להיהרג אם עבודה "רגילה" תזדקק למשאבים שלה.
- עבודה עם ה- ללא הרף הסוג יישלח מחדש באופן אוטומטי אם קוד היציאה שלו
הוא 99 ומשכו > 60 שניות.
- עבודה עם ה- ללא הרף ו מאמץ במיטבו סוגים יישלחו מחדש באופן אוטומטי
בכל פעם שנהרג על ידי OAR לפני סיום הרגיל שלו כדי לבצע משימות שאינן ברמת מאמץ טובה.
- עבודה עם ה- נופ הסוג לא עושה דבר מלבד שמירת המשאבים. זה מסתיים
בסוף זמן הקיר או בעת שימוש בפקודת oardel.
-ד, --מַדרִיך
ציין את הספרייה שבה להפעיל את הפקודה (ברירת המחדל היא הספרייה הנוכחית)
--פּרוֹיֶקט
ציין שם של פרויקט שאליו שייכת המשימה.
-נ, --שֵׁם
ציין שם שרירותי עבור המשימה.
-א, --קִדמִי
משימה שהוגשה בעבר שעליה ביצוע המשימה החדשה חייב להיות תלוי. המשימה החדשה תתבצע
להתחיל רק מסוף הקודם.
--לְהוֹדִיעַ
ציין שיטת התראה (דוא"ל או פקודה לביצוע). לדוגמה:
--הודעה "דואר:[מוגן בדוא"ל]"
--הודעה על "exec:/path/to/script args"
הארגומנטים הם job_id, job_name, TAG, comment
תג יכול להיות:
- רץ: כאשר המשימה מופעלת
סוף: כאשר העבודה מסתיימת כרגיל
- שגיאה: כאשר העבודה הסתיימה בצורה לא תקינה
- INFO : משמש כאשר oardel נקרא במשימה
- מושעה: כאשר העבודה מושעית
- חידוש : כאשר העבודה מתחדשת
כברירת מחדל, כל ה-TAGs מופעלים. ניתן לציין אילו TAGs חייבים להיות
מופעל. לדוגמה:
--הודעה "[END,ERROR]דואר:[מוגן בדוא"ל]"
--הודעה על "[פועל]דואר:[מוגן בדוא"ל]"
--הודעת "[פועל,סוף,שגיאה]exec:/נתיב/אל/סקריפט ארגומנטים"
--שלח מחדש
שלח מחדש את העבודה הנתונה כעבודה חדשה.
-ק, --use-job-key
הפעל את מנגנון מפתח העבודה. ייווצר מפתח עבודה שיאפשר לחבר את
עבודה מחוץ לקבוצת המשאבים המנוהלת על ידי OAR. מנגנון מפתח התפקיד עשוי להיות
מופעל כברירת מחדל בסביבת ה-OAR שלך. במקרה זה, אפשרות זו חסרת תועלת.
-אני, --יבוא-מפתח-משימה-מקובץ
ייבא את מפתח העבודה לשימוש מקבצים קיימים (קבצי מפתח ציבוריים ופרטיים) במקום זאת
של יצירת אחד חדש. ניתן גם להשתמש במשתנה הסביבה OAR_JOB_KEY_FILE.
--import-job-key-inline
ייבא את מפתח העבודה לשימוש בתוך השורה (טקסט), במקום ליצור מפתח חדש.
, --export-job-key-to-file
ייצוא מפתח העבודה לקובץ. אזהרההקובץ יימחס אם הוא כבר
קיים. (התבנית %jobid% מוחלפת אוטומטית)
-O
ציין את הקובץ שיאחסן את זרם הפלט הסטנדרטי של המשימה. %jobid%
ותבניות %jobname% מוחלפות אוטומטית.
-E
ציין את הקובץ שיאחסן את זרם השגיאות הסטנדרטי של המשימה. %jobid% ו-
תבניות %jobname% מוחלפות אוטומטית.
--לְהַחזִיק
הגדר את מצב המשימה למצב "המתנה" במקום "המתנה", כך שהיא לא תהיה מתוזמנת כל עוד
לא חודש (ה- קורות חיים הפקודה מאפשרת להחזיר אותה למצב המתנה).
-ד, --משגר
הדפס את תוצאות הפקודה בפורמט Data::Dumper של Perl.
-איקס, --xml
הדפס את תוצאות הפקודה בפורמט XML.
-י, --יאמל
הדפס את תוצאות הפקודה בפורמט YAML.
-J, --json
הדפס את תוצאות הפקודה בפורמט JSON.
-ח, - עזרה
הדפס הודעת עזרה זו.
-V, --גִרְסָה
הדפס את גרסת ה-OAR.
הסביבה
OAR_FILE_NODES or קובץ_צומת_OAR or OAR_NODEFILE
שם הנתיב לקובץ המכיל את רשימת הצמתים המיוחסים למשימה.
שם_משרה_משוער
שם העבודה כפי שניתן באמצעות -n אוֹפְּצִיָה.
OAR_JOB_ID or OAR_JOBID
מזהה של המשימה. לכל משימה יש מזהה משימה ייחודי. ניתן להשתמש במזהה זה כדי
לאחזר מידע על העבודה באמצעות oarstat, או להתחבר לעבודה פעילה באמצעות
צוללת משוטים -C or משוט לדוגמה.
מזהה_מערך_OAR or OAR_ARRAYID
מזהה מערך של המשימה. כל משימת מערך מקבלת מזהה מערך ייחודי המשותף ל-
כל תת-המשימות של משימת המערך. מזהה זה יכול לשמש לזיהוי ה
משימות משנה שונות הקשורות לאותה משימת מערך. ניתן להשתמש גם במזהה מערך כדי להתמודד עם
עם כל תת-העבודות של מערך נתון בבת אחת (באמצעות האפשרות --array ב-
במקרה של אוטרסטאט, מחזיק משוט, קורות חיים ורודל). הערה: משרות רגילות הן משרות מערך עם
רק תת-עבודה אחת.
INDEX_עבודה_OAR or OAR_JOBINDEX
אינדקס מערך של המשימה: בתוך משימת מערך, כל תת-משימה מקבלת ייחודי (עבור נתון
אינדקס (array), החל מ-0, אשר ניתן להשתמש בו לזיהוי תת-המשימה.
OAR_JOB_WALLTIME ו OAR_JOB_WALLTIME_SECONDS
זמן הקיר של העבודה בפורמט hh:mm:ss ובשניות.
קובץ_מאפייני_משאב_OAR
שם הנתיב לקובץ המכיל את רשימת כל תכונות המשאבים עבור המשימה, ו
הערך שלהם. ראה טביעת משוט גם.
שם_פרויקט_OAR
שם הפרויקט שהעבודה היא חלק ממנו, כפי שניתן באמצעות --פּרוֹיֶקט אוֹפְּצִיָה.
OAR_STDOUT ו OAR_STDERR
שם הנתיב לקבצים המאחסנים את הפלט הסטנדרטי ואת שגיאת התקן של המשימה
קובץ הרצה, אם אינו פועל במצב אינטראקטיבי.
ספריית_עבודה_OAR aka OAR_WORKDIR aka OAR_O_WORKDIR
ספריית עבודה עבור המשימה. קובץ ההפעלה של המשימה יבוצע בספרייה זו,
על הצומת הראשון המוקצה למשימה.
OAR_JOB_KEY_FILE
קובץ המפתח לשימוש עבור ההגשה (או משוט) אם משתמשים במנגנון מפתח העבודה (-k או
ניתן לספק את מפתח העבודה לייבוא באמצעות -i או
גם האפשרות --import-job-key-from-file.
SCRIPT
בעת הגשת עבודה באמצעות מעטפת סקריפט, סקריפט זה יכול להכיל כמה אפשרויות OAR, עם
שורות המתחילות ב #מָשׁוֹט ושימוש באותו תחביר אפשרויות כמתואר לעיל.
דוגמאות
עבודה כְּנִיעָה עם טיעונים
oarsub -l /nodes=4 -I
oarsub -q default -l /nodes=10/cpu=3,walltime=50:30:00 -p "switch = 'sw1'" /home/username/path/to/my/prog
oarsub -r "2009-04-27 11:00:00" -l /nodes=12/cpu=2
צוללת משוטים -C 154
מערך עבודה כְּנִיעָה עם 10 זהה משימות משנה
oarsub -l /nodes=4 /home/username/path/to/my/prog --array 10
פרמטרית מערך עבודה כְּנִיעָה
oarsub /home/users/toto/prog --array-param-file /home/username/path/to/params.txt
עם /home/username/path/to/param.txt המכיל לדוגמה:
# קובץ הפרמטרים שלי
# משימת משנה עם פרמטר יחיד
p100
# משימת משנה ללא פרמטר
""
# משימת משנה עם שתי מחרוזות כפרמטרים
"ארג1א ארג1ב ארג1ק" "ארג2א ארג2ב"
עבודה כְּנִיעָה עם a עבודה תסריט
oarsub -S /home/username/path/to/my/script.sh
עם /home/username/path/to/my/script.sh המכיל לדוגמה:
#!/ bin / bash
#OAR -l /nodes=4/cpu=1,walltime=3:15:00
#OAR -p מתג = 'sw3' או מתג = 'sw5'
#OAR - מאמץ בסט
#OAR -t סוג 2
#OAR -k
#OAR -e /path/to/job/key
#OAR --stdout stdoutfile.log
/home/username/path/to/my/prog
השתמש ב- oarsub באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
