זוהי הפקודה primer3_core שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
primer3_core - מעצב פריימרים עבור PCR
תַקצִיר
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ input_file]
תיאור
primer3_core בוחר פריימרים לתגובות PCR, בהתחשב כקריטריון אוליגונוקלאוטיד
טמפרטורת התכה, גודל, תכולת GC ואפשרויות פריימר-דימר, גודל מוצר PCR,
אילוצים מיקוםיים בתוך רצף המקור, ואילוצים שונים אחרים.
כברירת מחדל, primer3_core מקבל קלט ומפיק פלט בפורמט Boulder-io, קדם-XML
פורמט קלט/פלט מבוסס טקסט עבור פורמט חילופי נתונים בין תוכנית לתוכנית. ה
פורמט Boulder-io והפקודות שprimer3_core מבין מתוארים ב-
README קובץ, אשר במערכות דביאן ניתן למצוא בו /usr/share/doc/primer3/.
אפשרויות
-פורמט_פלט
מדפיס דוח מכוון יותר למשתמש עבור כל רצף.
-תגים_streng
primer3_core מהדהד ומתעלם מכל תגיות שהוא לא מזהה, אלא אם כן
-תגים_streng הדגל מוגדר בשורת הפקודה, ובמקרה זה primer3_core מדפיס את an
שגיאה בתג הפלט PRIMER_ERROR, ומדפיס מידע נוסף על stdout;
אפשרות זו יכולה להיות שימושית עבור איתור באגים במערכות המשלבות פריימר.
הערות
הדגל הישן -2x_compat אינו נתמך עוד.
יְצִיאָה סטָטוּס קודים
· 0 בפעולה רגילה.
· -1 בתנאים הבאים: ארגומנטים לא חוקיים של שורת הפקודה, לא ניתן לשטוף
stdout, לא מצליח לפתוח (לכתיבה ויצירה) קובץ .for, .rev או .int (כנראה
עקב בעיית הגנה).
· -2 על אזל זיכרון.
· -3 קלט ריק.
· שגיאה -4 בתג קלט "גלובלי" (הודעה ב-PRIMER_ERROR).
הפניה
נא לצטט את Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 ב-WWW עבור משתמשים כלליים ועבור
מתכנתי ביולוגים." ב-S. Krawetz and S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
פרוטוקולים בסדרת שיטות בביולוגיה מולקולרית. Humana Press, טוטובה, ניו ג'רזי, 2000,
עמודים 365-386.
השתמש ב-primer3_core באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
