זהו ה-Remape של הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
remap - הצגת אתרי קישור של אנזים הגבלה ברצף נוקלאוטידים
תַקצִיר
למפות מחדש -סדר פעולות המשך -mfile קובץ מידע -אנזימים מחרוזת -sitelen מספר שלם [-דקים מספר שלם]
[-maxcuts מספר שלם] [-יחיד בוליאני] [-לְהַקְהוֹת בוליאני] [-דָבִיק בוליאני]
[-דו משמעות בוליאני] [-פלסמיד בוליאני] [-מתילציה בוליאני] [-מִסְחָרִי בוליאני]
[-שולחן רשימה] [-מִסגֶרֶת רשימה] -תיק אוסף [-רשימת חתכים בוליאני]
[-פורמט שטוח בוליאני] [-לְהַגבִּיל בוליאני] -תִרגוּם בוליאני -לַהֲפוֹך בוליאני
-לפרט מספר שלם -מזוודה רכס -שִׂיא רכס -אות משולש בוליאני
-מספר בוליאני רוחב מספר שלם -אורך מספר שלם -שולים מספר שלם - שם בוליאני
-תיאור בוליאני -לְקַזֵז מספר שלם -html בוליאני
למפות מחדש עזרה
תיאור
למפות מחדש היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("התוכנה הפתוחה לביולוגיה מולקולרית באירופה
סְוִיטָה"). זה חלק מהפקודה "תצוגה, גרעין: הגבלה, גרעין: תרגום"
קבוצות.
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
-mfile קובץ מידע
ערך ברירת מחדל: Emethylsites.dat
דרוש סעיף
-אנזימים מחרוזת
השם 'הכל' קורא בכל שמות האנזים ממסד הנתונים של REBASE. אתה יכול לציין
אנזימים על ידי מתן שמותיהם בפסיקים ביניהם, כגון:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. מקרה השמות אינו חשוב. אתה יכול לציין א
קובץ של שמות אנזימים לקריאה על ידי מתן שם הקובץ המכיל את האנזים
שמות עם תו '@' לפניו, לדוגמה, '@enz.list'. קווים ריקים ו
שורות המתחילות בתו גיבוב או '!' מתעלמים מכל שאר השורות
משורשרים יחד עם תו פסיק ',' ולאחר מכן מטופלים כאל הרשימה של
אנזימים לחיפוש. דוגמה לקובץ של שמות אנזימים היא: ! האנזימים שלי HincII,
ppIII ! אנזימים אחרים hindiii HinfI PpiI ערך ברירת מחדל: הכל
-sitelen מספר שלם
זה קובע את האורך המינימלי של אתר זיהוי האנזים ההגבלה. כל אנזימים
עם אתרים קצרים מזה יתעלמו. ערך ברירת מחדל: 4
נוסף סעיף
-דקים מספר שלם
זה קובע את המספר המינימלי של חתכים עבור כל אנזים הגבלה שיהיה
נחשב. כל אנזימים שחותכים פחות פעמים מזה יתעלמו. ערך ברירת מחדל:
1
-maxcuts מספר שלם
זה קובע את המספר המרבי של חתכים עבור כל אנזים הגבלה שיהיה
נחשב. כל אנזימים שחותכים יותר פעמים מזה יתעלמו. ערך ברירת מחדל:
2000000000
-יחיד בוליאני
אם זה מוגדר אז זה מאלץ את ערכי ה-mincuts ו-maxcuts למוקדמות
שניהם יהיו 1. יתעלם מכל ערך אחר שייתכן שהגדרת אותם. ערך ברירת מחדל: N
-לְהַקְהוֹת בוליאני
זה מאפשר לאנזימים שחותכים באותו מיקום קדימה ואחורה
גדילים שיש לקחת בחשבון. ערך ברירת מחדל: Y
-דָבִיק בוליאני
זה מאפשר לאותם אנזימים שחותכים במיקומים שונים קדימה ואחורה
גדילים, המשאירים סבך יתר, יש לקחת בחשבון. ערך ברירת מחדל: Y
-דו משמעות בוליאני
זה מאפשר לאנזימים שיש להם קודי עמימות 'N' אחד או יותר בתבנית שלהם
להיחשב ערך ברירת מחדל: Y
-פלסמיד בוליאני
אם זה מוגדר אז זה מאפשר חיפושים אחר אתר זיהוי אנזים הגבלה ו
מיקומי חיתוך המשתרעים על סוף הרצף שיש לקחת בחשבון. ערך ברירת מחדל: N
-מתילציה בוליאני
אם זה מוגדר אז אתרי זיהוי RE לא יתאימו לבסיסים מתילטים. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: N
-מִסְחָרִי בוליאני
אם זה מוגדר, רק אותם אנזימים עם ספק מסחרי ייבדקו
ל. מתעלמים מהמוקד הזה אם ציינת רשימה מפורשת של אנזימים
לחפש, במקום לחפש דרך 'כל' האנזימים במסד הנתונים של REBASE. זה
ההנחה היא שאם אתה מבקש אנזים מפורש, אז אתה כנראה יודע
מאיפה להשיג את זה וכך כל שמות האנזימים שביקשת שיחפשו אותם,
ואיזה חתך, ידווח אם יש להם ספק מסחרי או אין.
ערך ברירת מחדל: Y
-שולחן רשימה
-מִסגֶרֶת רשימה
זה מאפשר לך לציין את המסגרות שמתורגמות. אם אתה לא מציג
לחתוך אתרים במובן ההפוך, אז תרגומי המובן ההפוך לא יהיו
מוצג גם אם ביקשת מסגרות 4, 5 או 6. כברירת מחדל, כל שש הפריימים יוצגו
להיות מוצג. ערך ברירת מחדל: 6
תְפוּקָה סעיף
-תיק אוסף
-רשימת חתכים בוליאני
זה מייצר רשימות בתפוקה של האנזימים שחותכים, אלה שחותכים אבל כן
לא נכלל כי זה חתך פחות פעמים מ-mincut או יותר פעמים מ-maxcut ואלו
אנזימים שאינם חותכים. ערך ברירת מחדל: Y
-פורמט שטוח בוליאני
זה משנה את פורמט הפלט לפורמט שבו אתר הזיהוי מסומן בשורה
של תווים '===' והאתר החתוך מופנה באמצעות תו '>' לפנים
מובן, או '<' במובן ההפוך. ערך ברירת מחדל: N
-לְהַגבִּיל בוליאני
זה מגביל את הדיווח של אנזימים לאנזים אחד בלבד מכל קבוצה של
איזוסכיזומרים. האנזים שנבחר לייצג קבוצת איזושכיזומרים הוא אב הטיפוס
מצוין בקובץ הנתונים 'embossre.equ', שנוצר על ידי התוכנית
'חילוץ מחדש'. אם אתה מעדיף להשתמש באבות טיפוס שונים, צור עותק של
embossre.equ בספריית הבית שלך וערוך אותו. אם הערך הזה מוגדר כ-false אז
כל אנזימי הקלט ידווחו. אולי תרצה להגדיר זאת ל-false אם אתה
מספקים קבוצה מפורשת של אנזימים במקום לחפש 'כולם'. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: Y
-תִרגוּם בוליאני
זה מציג את תרגומי 6 הפריימים של הרצף בפלט. ערך ברירת מחדל: Y
-לַהֲפוֹך בוליאני
זה מציג את אתרי החיתוך והתרגום של המובן ההפוך. ערך ברירת מחדל: Y
-לפרט מספר שלם
זה מגדיר את הגודל המינימלי של מסגרות קריאה פתוחות (ORFs) שיוצגו ב-
תרגומים. כל שאר אזורי התרגום מוסווים על ידי שינוי חומצות האמינו ל
'-' דמויות.
-מזוודה רכס
אזורים לשים באותיות רישיות. אם זה נשאר ריק, אזי נשאר מקרה הרצף
לבד. קבוצה של אזורים מוגדרת על ידי קבוצה של זוגות של עמדות. העמדות הן
מספרים שלמים. הם מופרדים על ידי כל תו שאינו ספרתי, שאינו אלפא. דוגמאות לאזור
המפרטים הם: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99
-שִׂיא רכס
אזורים לצבע אם עיצוב עבור HTML. אם זה נשאר ריק, אז הרצף הוא
נשאר לבד. קבוצה של אזורים מוגדרת על ידי קבוצה של זוגות של עמדות. ה
עמדות הן מספרים שלמים. אחריהם מופיע כל צבע גופן HTML חוקי. דוגמאות של
מפרטי האזור הם: 24-45 כחול 56-78 כתום 1-100 ירוק 120-156 אדום קובץ של
ניתן לציין טווחים לצבע (טווח אחד בכל שורה) בתור '@filename'.
-אות משולש בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-מספר בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
רוחב מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 60
-אורך מספר שלם
-שולים מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 10
- שם בוליאני
הגדר זאת כ-false אם אינך מעוניין להציג את שם המזהה של הרצף ברירת מחדל
ערך: Y
-תיאור בוליאני
הגדר את זה כ-false אם אינך רוצה להציג את התיאור של הרצף
ערך ברירת מחדל: Y
-לְקַזֵז מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 1
-html בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
השתמש ב-remape באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
