זוהי הפקודה trimseqe שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
trimseq - הסרת תווים לא רצויים מתחילת וסוף הרצף/ים
תַקצִיר
טרימסק -סדר פעולות המשך [חלון מספר שלם] [-אָחוּז לצוף] [-קַפְּדָנִי בוליאני]
[-כוכב בוליאני] -שמאלה בוליאני -ימין בוליאני -outseq ההמשך
טרימסק עזרה
תיאור
טרימסק היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "עריכה".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
נוסף סעיף
חלון מספר שלם
זה קובע את גודל האזור הנלקח בחשבון בעת החלטה האם ה...
אחוז העמימות גדול מהסף. ערך של 5 פירושו ש-
אזור של 5 אותיות ברצף מוזז לאורך הרצף מהקצוות ו
חיתוך מתבצע רק אם יש אחוז עמימות גדול או שווה לאחוז ה-
אחוז סף. ערך ברירת מחדל: 1
-אָחוּז לצוף
זהו סף האחוז של עמימות בחלון הנדרש על מנת
חיתוך רצף. ערך ברירת מחדל: 100.0
-קַפְּדָנִי בוליאני
ברצפי גרעין, יש לחתוך לא רק את ה-N וה-X, אלא גם את הנוקלאוטיד IUPAC.
קודי עמימות M, R, W, S, Y, K, V, H, D ו-B. ברצפי חלבונים, חתוך לא
רק X אבל גם B ו-Z. ערך ברירת מחדל: N
-כוכב בוליאני
ברצפי חלבונים, יש לחתוך לא רק את ה-X, אלא גם את ה-*. ערך ברירת מחדל: N
מתקדם סעיף
-שמאלה בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
-ימין בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
תְפוּקָה סעיף
-outseq ההמשך
השתמש ב-trimseqe באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
