xcrysden - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

xcrysden - חזותי מבנה גבישי ומולקולרי

תַקצִיר

xcrysden [אפשרויות מיוחדות]
xcrysden [אפשרויות מיוחדות] אפשרויות פורמט פילה|בספרייה

תיאור

XCrySDen היא תוכנית להדמיית מבנה גבישי ומולקולרי, שמטרתה
תצוגה של משטחי איזו וקווי מתאר, אותם ניתן להרכיב על מבנים גבישיים
וסובב ותמרן באופן אינטראקטיבי.

מיוחד אפשרויות

-h
- עזרה
הצג הודעת עזרה.

-v
--גִרְסָה
הצג מידע על גרסת התוכנית.

-u id
--להשתמש id
טען XCrySDen המוטמע בחלון מיכל עם window-ID=id.

-r שמש
--reducedim שמש
צמצום הממד התקופתי של קובץ XSF ל שמש. יש לציין לפני --xsf אוֹפְּצִיָה,
למשל, xcrysden -r 2 --xsf פילה.

-c פילה
--המותאם אישית פילה
טען הגדרות מותאמות אישית מקובץ שצוין (התחביר הוא של
~/.xcrysden/custom-definitions).

-a פילה
--תכונות פילה
טען תכונות מהקובץ. הפורמט של קובץ התכונות הוא הבא:

צבע אלמנט
מספר אטומי1 red1 blue1 green1
מספר אטומי2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
מספר אטומי1 radius1
מספר אטומי2 radius2
...

-l פילה
--אורות פילה
טען פרמטרים של אורות מהקובץ המעוצב ב-lights של XCrySDen.

פורמט אפשרויות

--xsf פילה
טען מבנה מקובץ בפורמט XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf פילה
--axsf פילה
טען מבנים מקובץ בפורמט Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf פילה
טען להקות מקובץ BXSF (Band-XSF) ודמיין את Fermi Surface.

--xmol פילה
--xyz פילה
טען מבנה מקובץ בפורמט XYZ.

--pdb פילה
טען מבנה מקובץ בפורמט PDB.

--gzmat פילה
מבנה עומס מ-Gausian Z-matrix (דורש תוכנית Open-Babel).

--gaussian_out פילה
--gxx_out פילה
--g98_out פילה
טען מבנה מקובץ פלט גאוסי. רק חישוב נקודה בודדת ו
ריצת אופטימיזציה נתמכת עד כה. להפעלת האופטימיזציה אפשר
לעבד את כל המבנים שיוצרו במהלך הריצה.

--קוּבִּיָה פילה
--gXX_cube פילה
--g98_cube פילה
טען מבנה מקובץ קובייה גאוסית. יש להפיק את קובץ הקובייה עם ה-
קובייה=אפשרות כרטיסים. רק קובצי קובייה סקלרים נתמכים, כלומר Cube=(Cards,Density)
או Cube=(Cards,Orbitals) או Cube=(Cards,Potential). עיין במדריך GAUSSIAN עבור
המשמעות של מילות מפתח אלו.

--crystal_inp פילה
טען מבנה מ-CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) קובץ קלט.

--crystal_f9 פילה
טען מבנה מ-CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) Fortran יחידה 9.

--wien_struct ראש קובץ|פילה|בספרייה
מבנה עומס מ-WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, שבו:

ראש קובץ = שם קובץ ה-struct ללא .struct סיומת,
פילה = שם הקובץ,
בספרייה = שם ספריית המקרים.

--wien_kpath בספרייה|קובץ struct
חומר עיוני מבנה קובץ ורנדר אזור Brillouin הראשון עם נקודות k מיוחדות. K-path יכול להיות
נבחר באופן אינטראקטיבי על ידי לחיצת עכבר על נקודות ה-k המיוחדות. על המשתמש לציין EMIN
ו EMAX אנרגיות ומספר כולל של נקודות k לאורך הנתיב. המספר הזה הוא בסך הכל
אומדן של המספר הכולל של k-points, מכיוון ש-XCrySDen מנסה להיות אחיד מאוד
דגימה של נקודות k לאורך הנתיב (אל תציין את המספר המרבי המותר WIEN2k של k-
נקודות, מכיוון ש-XCrySDen עשוי לייצר עוד כמה נקודות).

--wien_renderdensity בספרייה
חומר עיוני מבנה, תפוקה, ו rho קובץ ומציג מבנה גבישי ומחושב מראש
צפיפות מטען.

--wien_density ספרייה
אזור 2D או 3D עבור חישוב צפיפות המטען נבחר באופן אינטראקטיבי על ידי
לחיצה על העכבר. XCrySDen מייצר In5 קובץ(ים), מחשב ומציג את צפיפות המטען
או כאיזולינים / מטוסי צבע (2D) או איזו-שטחים (3D).

--wien_fermisurface בספרייה
פתח חלון משימות ליצירת משטח פרמי. לאחר מספר צעדים הפרמי
המשטח מצוייר (בתקווה) כ-3D isosurface.

--fhi_inpini פילה
מבנה עומס מ-FHI98MD inp.ini קובץ מעוצב.

--fhi_coord פילה
מבנה עומס מ-FHI98MD coord.out קובץ מעוצב.

--pwi
--pw_inp פילה
מבנה עומס מ pw.x קלט קובץ. pw.x היא תוכנית גל מטוס פסאודופוטנציאלי של
התפלגות הקוונטים-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out פילה
מבנה עומס מ pw.x תפוקה קובץ. pw.x היא תוכנית גל מטוס פסאודופוטנציאלי של
התפלגות הקוונטים-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s תסריט
--תַסרִיט תסריט
טען סקריפט מקובץ המכיל סקריפט Tcl.

השתמש ב-xcrysden באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net