זוהי אפליקציית לינוקס בשם BamBam שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם bambam-1.4.tgz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם BamBam עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בם בם
Ad
תיאור
BamBam כולל כלים רבים לניתוח נתוני רצף DNA מהדור הבא. כלים מסופקים לקריאה של SNPs ו-indels, זיהוי מחיקות בקנה מידה גדול, טבלאות ספירות של קריאות ממופה, ניתוח מתילציה ועוד.
תלוי ב-SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) ו- BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). משתמש גם ב-BioPerl, הכלול ב-tarball להורדה.
תכונות
- קוראים SNPs ואינדלים
- לזקוף גנוטיפים
- לבנות רצפי קונצנזוס
- ספירת טבלאות של קריאות ממופה (RNA-seq)
- להסיק שלב ההפלוטיפ עם צבירת K-משמעות
- לנתח מתילציה של DNA (ריצוף ביסולפיט)
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
פרל, C++
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/bambam/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
