זוהי אפליקציית לינוקס בשם BLAST Ring Image Generator שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלו כ-BRIG-0.95-dist.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם BLAST Ring Image Generator עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
מחולל תמונות טבעות BLAST
תיאור
BRIG הוא יישום חוצה פלטפורמות (Windows/Mac/Unix) שיכול להציג השוואות מעגליות בין מספר רב של גנומים, תוך התמקדות בטיפול בנתוני הרכבת הגנום.נא לצטט את מאמר BRIG אם BRIG משמש להפקת נתונים לפרסומים: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): השוואות גנום פרוקריוט פשוטות, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
תכונות
- תמונות מראות דמיון בין רצף התייחסות מרכזי לרצפים אחרים כטבעות קונצנטריות.
- BRIG תבצע את כל השוואות BLAST וניתוח קבצים באופן אוטומטי באמצעות ממשק משתמש פשוט.
- ניתן להציג גבולות קונטיגיים וכיסוי קריאה עבור גנומים טיוטים; ניתן להציג גרפים והערות מותאמים אישית.
- באמצעות סט גנים המוגדר על ידי המשתמש כקלט, BRIG יכול להציג נוכחות, היעדרות, קיצוץ או שונות של גנים בקבוצה של גנומים שלמים, גנומים טיוטים או אפילו נתוני רצף גולמיים שאינם מורכבים.
- BRIG מקבלת גם קבצי מיפוי קריאה בפורמט SAM המאפשרים להשוות בו זמנית אזורים גנומיים הנמצאים בנתוני רצף לא מורכבים ממספר דגימות
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
Java
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/brig/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
