זוהי אפליקציית לינוקס בשם codonPhyML שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם codonPhyML עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
codonPhyML
תיאור
codonPhyML משתמש במודלים של קודון מרקוביאנים של אבולוציה בשחזור פילוגניה. בהינתן קבוצה של מינים המאופיינים ברצפי ה-DNA שלהם כקלט, codonPhyML יחזיר את העץ הפילוגנטי שמתאר בצורה הטובה ביותר את הקשר האבולוציוני שלהם. המאמר שלנו המתאר את codonPhyML פורסם בכתב העת "ביולוגיה מולקולרית ואבולוציה" (MBE). לפרטים נוספים היכנסו לקישור: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML נמצא על השער של MBE! בדוק את זה (אוגוסט 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.עבור הגרסה מרובת הדגמים של CodonPhyML, אנא השתמש ב-tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
תכונות
- מודלים של קודון מרקוביאני של אבולוציה: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- יוריסטית חיפוש טופולוגיה של עצי NNI ו-SPR
- פרמטרים של שיעור ההחלפה מוערכים לפי סבירות מקסימלית
- תמיכה מרובת ליבות באמצעות OpenMP
- סבירות השוואה בין דגמים שונים (כלומר AA, NT ו-CODON)
קהל
מדע/מחקר, חינוך
ממשק משתמש
קונסולה/מסוף, שורת פקודה
שפת תכנות
C
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
