זוהי אפליקציית לינוקס בשם gsasnp2 שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם gsasnp2 עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
gsasnp2
תיאור
* GSA-SNP2 הוא יורש של GSA-SNP (Nam et al. 2010, בעיית שרת האינטרנט של NAR). GSA-SNP2 מקבל נתוני סיכום GWAS אנושיים (מספרי rs, ערכי p) או ערכי p מבחינת גנים ומוציא גנים של מסלולים 'מועשרים' בגנים הקשורים לפנוטיפ הנתון. זה גם מספק רשתות אינטראקציה חלבון מקומיות וגלובליות במסלולים הקשורים.
* מאמר: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "העשרה יעילה של מסלולים וניתוח רשת של נתוני סיכום GWAS באמצעות GSA-SNP2", Nucleic Acids Research, Vol. 46(10), e60(2018).
* מזהה PubMed: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> אנא העבר או צור עותק של תיקיית 'נתונים' לתיקיית הבדיקה האינטנסיבית שלך (כלומר תיקיית ה-LINUX, MAC או WINDOWS) כדי לאפשר לתוכנית למצוא את הנתונים המיועדים מראש.
* הערה לעדכון:
-> 1 בספטמבר 2020: הוסף עדכון עבור אובונטו-20.04. תצטרך להתקין את ספריית Boost (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mar-7-2018: שנה את מונחי הכותרת בקובץ הפלט
תכונות
- 1/ 'בקרת שגיאות מסוג I הגון' המושגת על ידי שני התהליכים הבאים: א) ציוני גנים 'מותאמים' למספר ה-SNPs המוקצים לכל גן באמצעות עקומת מגמת ספליין מעוקב מונוטונית. ב) גנים סמוכים עם מתאמים בין-גנים גבוהים בתוך כל מסלול הוסרו
- 2/ 'עוצמה גבוהה ומחשוב מהיר' מבוסס על מודל הסט אקראי
- 3/ 'ללא פרמטר חינמי קריטי'
- 4/ 'רשתות אינטראקציה חלבון' בין הגנים החברים הומחזו עבור המסלולים המשמעותיים. פונקציה זו מאפשרת למשתמש לתעדף את תת רשתות הליבה בתוך המסלולים המשמעותיים וברוחב. רשתות STRING ו-HIPPIE מסופקות כעת
- 5/ 'קל לשימוש': זה דורש רק נתוני סיכום GWAS (או ערכי p-גנים) ולוקח רק דקה או שתיים כדי לקבל תוצאות. כלי מסלול עצמאיים רבי עוצמה אחרים דורשים גם את קלט מתאם SNP ולוקחים הרבה יותר זמן. המשתמש יכול גם להעלות מערכי גנים משלהם ורשתות אינטראקציה עם חלבון.
ממשק משתמש
Win32 (MS Windows), שורת הפקודה
שפת תכנות
C++, PHP, JavaScript
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
