זוהי אפליקציית לינוקס בשם kSNP להפעלה מקוונת בלינוקס, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ- kSNP3.1_Linux_package.zip. ניתן להפעיל אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם kSNP כדי להריץ אותה בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
kSNP להפעלה מקוונת בלינוקס
Ad
תיאור
kSNP מזהה את ה-SNPs הכל-גנומיים בקבוצת רצפי גנום, ומעריך עצים פילוגנטיים על סמך SNPs אלה. גילוי SNP מבוסס על ניתוח k-mer, ואינו דורש יישור רצפים מרובה או בחירת גנום ייחוס, כך ש-kSNP יכול לקבל מאות גנומים מיקרוביאליים כקלט. לוקוס SNP מוגדר על ידי אוליגו באורך k המקיף אלל SNP מרכזי. kSNP יכול לנתח גם גנומים שלמים (גמורים) וגם גנומים לא גמורים בקונטיגים מורכבים או בקריאות גולמיות ולא מורכבות. ניתן לנתח יחד גנומים גמורים ולא גמורים, ו-kSNP יכול להוריד אוטומטית קבצי Genbank של הגנומים הגמורים ולשלב את המידע בקבצים אלה בהערת ה-SNP.Gardner, SN and Hall, BG 2013. כאשר יישור גנום שלם פשוט לא יעבוד: תוכנת kSNP v2 לגילוי SNP ללא יישור ופילוגנטיקה של מאות גנומים מיקרוביאליים. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ksnp/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
