זוהי אפליקציית לינוקס בשם MCPerm: Monte Carlo SNP permutation שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם MCPerm_1.1.2.tar.gz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם MCPerm: Monte Carlo SNP permutation with OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
MCPerm: תמורה של SNP במונטה קרלו
Ad
תיאור
MCPerm: שיטת פרמוטציה של מונטה קרלו עבור מתאם מבחנים מרובים במחקר קשר בין מקרה לביקורת
מבחן תמורה מסורתית (TradPerm) היא שיטת ניתוח חשובה לא פרמטרית, שניתן להתייחס אליה כאל תקן הזהב לתיקוני בדיקות מרובים במחקר קשרי מקרה-ביקורת. עם זאת, הוא מסתמך על הגנוטיפים והפנוטיפים המקוריים של נוקלאוטידים בודדים (SNP) כדי לבצע מספר רב של עירובים אקראיים, ולכן הוא אינטנסיבי מבחינה חישובית, במיוחד עבור מחקר אגודות רחב של גנום (GWAS). כדי לשפר את מהירות החישוב מבלי לשנות את גודל ה-p-value של TradPerm, פיתחנו שיטת תמונת מונטה קרלו (MCPerm) כחלופה יעילה ל-TradPerm.
שיטות: MCPerm אינו צריך לערבב את נתוני הגנוטיפים והפנוטיפים המקוריים. הוא משתמש בשיטת מונטה קרלו, משתמש בהפצה היפרגיאומטרית דו-שלבית כדי ליצור את המספר האקראי של הגנוטיפים (AA, Aa ו-aa) במקרים ובבקרות.
שפת תכנות
S / R
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/mcperm/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
