זוהי אפליקציית לינוקס בשם MSL שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור mslib-1.1.0.9.tgz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם MSL עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
MSL
Ad
תיאור
MSL היא ספריית C++ המאפשרת מחקר חישובי של מקרומולקולות.
ספריית MSL אינה תוכנית (למרות שחלק מהיישומים מופצים) אלא כלי עבור מדען לקודד שיטות מודלים מולקולריים משלהם.
פִילוֹסוֹפִיָה
המטרה העיקרית היא ליצור סט של כלים המאפשרים מחקר חישובי של מקרומולקולות בקלות יחסית בכל הרמות, החל מפעולות פשוטות (לדוגמה, טעינת PDB ומדידת מרחק או עריכת דיהדרלית) ועד יישומים מורכבים (דוגמנות חלבון או לְעַצֵב).
MSL פותח במעבדת סנס באוניברסיטת ויסקונסין-מדיסון ועל ידי צוות מפתחים/משתמשים ממעבדות מחקר אחרות.
התייחסות:
Kulp DW, Subramaniam S, Donald JE, Hannigan BT, Mueller BK, Grigoryan G, Senes A.
אינפורמטיקה מבנית, דוגמנות ועיצוב עם ספריית תוכנה מולקולרית בקוד פתוח (MSL).
J Comput Chem. כרך 2012 33 עמ' 1645-61
הורד מאמר ב http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
תכונות
- היכולת לאחסן ולעבור בין מספר קואורדינטות של אטומים, לשינויים קונפורמטיביים וייצוג רוטאמרי של חופש קונפורמציוני של שרשרת צד.
- היכולת לבנות ולאחסן מספר זהויות שאריות (כלומר LEU, ILE, ALA) במיקום ולעבור ביניהם.
- # שדה הכוח CHARMM ופונקציות אנרגיה אחרות.
- טרנספורמציות כגון תרגומים, סיבובים ויישורים.
- אלגוריתמי חיפוש כגון Monte Carlo, Dead End Elimination ו-Self Consistent Mean Field Monte Carlo., דגימת עמוד השדרה
- דור סריג קריסטל.
- תמיכה בספריות rotamer
- שינוי ויצירת עמוד השדרה
- פלטפורמות נתמכות: Linux, MacOS
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
C + +
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/mslib/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
