זוהי אפליקציית לינוקס בשם nichenetr שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור v2.0.4.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם nichenetr עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
nichenetr
תיאור
nichenetr: יישום R של שיטת NicheNet. המטרה של NicheNet היא ללמוד תקשורת בין-תאית מנקודת מבט חישובית. NicheNet משתמשת בנתוני ביטוי גנים אנושיים או עכברים של תאים המקיימים אינטראקציה כקלט ומשלבת זאת עם מודל קודם המשלב ידע קיים על נתיבי איתות ליגנד למטרה. זה מאפשר לחזות אינטראקציות ליגנד-קולטן שעשויות להניע שינויים בביטוי גנים בתאים בעלי עניין. לאחר מכן ניתן להשתמש במודל זה של מידע קודם על קישורי ליגנד-מטרה פוטנציאליים כדי להסיק קישורי ליגנד-מטרה פעילים בין תאים המקיימים אינטראקציה. NicheNet נותנת עדיפות לליגנדים בהתאם לפעילותם (כלומר עד כמה הם מנבאים שינויים שנצפו בביטוי הגנים בתא המקלט) ומחפשת יעדים מושפעים עם פוטנציאל גבוה להיות מווסתים על ידי ליגנדים עם עדיפות אלה.
תכונות
- NicheNet שונה מאוד מרוב הגישות החישוביות העדכניות לחקר תקשורת בין-תאית
- הערכת עד כמה ליגנדים המבוטאים על ידי תא שולח יכולים לחזות שינויים בביטוי הגנים בתא המקלט תוך עדיפות לליגנדים על סמך השפעתם על ביטוי גנים
- הסק קישורי ליגנד-מטרה פעילים במערכת הנחקרת
- אימות מודל ליגנד יעד קודם
- בניית מודלים קודמים של יעדי ליגנד המוגדרים על ידי המשתמש
- אנו מספקים הוראות כיצד לבצע הדמיות אינטואיטיביות של התחזיות העיקריות
שפת תכנות
R
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
