זוהי אפליקציית לינוקס בשם PASHA: Parallelized Short Read Assembly שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם Pasha-1.0.10.tar.bz2. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם PASHA: Parallelized Short Read Assembly עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
PASHA: מקביל לקריאה קצרה
Ad
תיאור
PASHA הוא אסמבלר מקביל לקריאה קצרה עבור גנומים גדולים באמצעות גרפים של דה Bruijn. תוך ניצול היתרונות של מעבדי ריבוי ליבות בזיכרון משותף וגם של אשכולות מחשוב בזיכרון מבוזר, PASHA הוכיחה את הפוטנציאל שלה לבצע הרכבה דה-נובו באיכות גבוהה של גנומים גדולים בזמן סביר עם משאבי מחשוב צנועים. ההערכה שלנו באמצעות שלושה מערכי נתונים קטנים אמיתיים עם קצה מזווג מראה ש-PASHA מסוגלת לייצר מכלולים טובים יותר עם כיסוי גנום דומים ושיעורי הרכבה שגויים בהשוואה לשלושה מרכיבים מובילים: Velvet, ABySS ו-SOAPdenovo. יתרה מכך, PASHA משיגה את המהירות המהירה ביותר עבור כל שלושת מערכי הנתונים במעבד יחיד. עבור הגנום האנושי, PASHA משיגה איכות הרכבה תחרותית עם ABySS ומסוגלת להשלים את ההרכבה תוך כ-21 שעות, שזה כ-2.38× מהיר יותר מ-ABySS באותן תצורות חומרה.
ממשק משתמש
קונסולה/טרמינל
שפת תכנות
C + +
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/pasha/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
