זוהי אפליקציית לינוקס בשם sRNAWorkbench שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בתור UEA_Workbench_4.7_update.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם sRNAWorkbench עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
sRNAWorkbench
תיאור
חבילת כלים לניתוח נתוני RNA קטנים (sRNA) ממכשירי רצף הדור הבא. כולל פרופיל ביטוי של מירקו RNA ידוע (miRNA), זיהוי של miRNA חדש בנתוני רצף עמוק וזיהוי נקודות ציון מעניינות אחרות בתוך נתונים גנטיים בעלי תפוקה גבוהה
תכונות
- מסיר מתאם: מסיר קטעי מתאם מנתוני רצף קריאה קצרים גולמיים ומוציא נתונים לפורמט FASTA.
- מסנן: מייצר גרסה מסוננת של מערך נתונים של sRNA, הנשלט על ידי מספר קריטריונים המוגדרים על ידי המשתמש, כולל אורך רצף, שפע, מורכבות, העברה והסרת RNA ריבוזומי.
- miRCat2 (קטגוריזציה של miRNA): מנבא miRNA בוגרים ומבשריהם ממערך נתונים של sRNA וגנום.
- SiLoCo (Short interfering RNA Locus Comparison): משווה רמות ביטוי sRNA בדגימות מרובות על ידי קיבוץ sRNAs ללוקוסים על סמך מיקום גנומי
- ta-siRNA (טרנס-אקטיב קצר מתערב RNA): חיזוי של ta-siRNAs בשלבים במערך נתונים של sRNA צמחי.
- miRProf (miRNA Profiler): קובע רמות ביטוי מנורמלות של sRNAs התואמים miRNAs ידועים ב- miRBase.
- ביאור סיכת שיער: יוצר מבנה משני מרצף RNA ומדגיש אזורים מעניינים באמצעות RNAplot
- VisSR (ויזואליזציה של sRNAs): יצירת ייצוג חזותי של sRNAs ותכונות גנומיות מיובאות על ידי המשתמש.
- PAREsnip2: זהה יעדי miRNA שהוכחו באמצעות השפלה
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
Java Swing
שפת תכנות
C++, Java
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
