זוהי אפליקציית לינוקס בשם VarScan שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור VarScan.v2.3.9.jar. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם VarScan עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
VarScan
תיאור
זיהוי וריאנטים ברצף מקביל מסיבי. עבור מדגם אחד, קורא SNPs, indels, וגנוטיפים קונצנזוס. עבור זוגות נורמליים של גידול, מסווג כל וריאנט כ-Germline, Somatic או LOH, ומזהה גם שינויים במספר עותק סומטי. הגרסה העדכנית ביותר זמינה ב-GITHUB
תכונות
- קורא ל-SNPs ו-Indels מקבצי גירמה של SAMtools
- מסנן גרסאות לפי כיסוי, עומק קריאה, תדירות גרסאות ואיכות בסיס
- קובע מצב סומטי (Somatic, Germline, LOH) עבור זוגות גידול נורמלי
- משווה, ממזג וחותך שתי רשימות של גרסאות
- מגביל קריאות וריאנטים לקבוצה של מיקומי יעד או אזורי יעד
- חינם לשימוש לא מסחרי.
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
Java
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/varscan/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
