זוהי אפליקציית Windows בשם FineSplice, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם FineSplice-0.2.2.tar.gz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל אונליין את האפליקציה הזו בשם FineSplice עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל כל אמולטור מקוון של OS OnWorks מאתר זה, אך עדיף אמולטור מקוון של Windows.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Windows שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה והתקן אותה.
- 7. הורד את Wine ממאגרי התוכנה שלך להפצות לינוקס. לאחר ההתקנה, תוכל ללחוץ פעמיים על האפליקציה כדי להפעיל אותם עם Wine. אתה יכול גם לנסות את PlayOnLinux, ממשק מפואר מעל Wine שיעזור לך להתקין תוכניות ומשחקים פופולריים של Windows.
Wine היא דרך להפעיל תוכנת Windows על לינוקס, אך ללא צורך ב-Windows. Wine היא שכבת תאימות של Windows בקוד פתוח שיכולה להריץ תוכניות Windows ישירות על כל שולחן עבודה של לינוקס. בעיקרו של דבר, Wine מנסה להטמיע מחדש מספיק של Windows מאפס כדי שהוא יוכל להריץ את כל יישומי Windows מבלי להזדקק ל-Windows.
בצילומי מסך
Ad
פיין ספליס
תיאור
FineSplice הוא עטיפת Python ל-TopHat2 שמטרתה זיהוי אמין של צומתי אקסון מבוטאים מנתוני RNA-Seq, בדיוק גילוי משופר עם אובדן קטן ברגישות.
לאחר יישור עם TopHat2 באמצעות ביאורי תמלול ידועים, FineSplice מקבל כקלט את קובץ ה-BAM שנוצר ומפיק סט בטוח של צמתי שחבור מבוטאים עם ספירות הקריאות המתאימות. תוצאות חיוביות שגויות פוטנציאליות הנובעות מיישורים כוזבים מסוננות באמצעות אסטרטגיית זיהוי אנומליות מפוקחת למחצה המבוססת על רגרסיה לוגיסטית. קריאות מיפוי מרובות עם מיקום ייחודי לאחר הסינון מוחזרות ומוקצות מחדש למיקום המועמד האמין ביותר.
FineSplice דורשת Python 2.x (>= 2.6) עם המודולים הבאים מותקנים: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) ו-scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
לפרטים נוספים עיינו בפרסום שלנו: Nucl. Acids Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
תכונות
- יישור עם TopHat2 באמצעות ביאורי תמלול לקבלת ביצועי מיפוי מעולים
- הפעל את FineSplice כדי להיפטר מיישורים לא אמינים ולשפר את דיוק זיהוי צומת החיבור
- מפיק קבוצה בטוחה של צמתים אקסון-אקסון עם ספירות הקריאה המתאימות עבור ניתוחים במורד הזרם
שפת תכנות
פיתון
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/finesplice/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
