ABYSS - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

ABYSS - 短いリードをコンティグに組み立てます

SYNOPSIS

ABYSS [オプション] ... FILE...

DESCRIPTION

FASTA、FASTQ、qseq、export、SRA、SAM などのすべての入力ファイル FILE をアセンブルします。
BAM 形式であり、gz、bz2、または xz で圧縮でき、tar 化することもできます。

ABySS を使用して完全なアセンブリを実行したいユーザーは、abyss-pe を
ABYSS プログラムではなくエントリ ポイントです。 abyss-pe は、多くの機能を調整する Makefile です。
完全な ABySS アセンブリ パイプラインを実行するための ABySS ツール (ABYSS を含む)。
abyss-pe は、ABYSS にはない多くのことを行うことができます。
ペアエンドリードとメイトペアリードによって提供される距離情報。

- 貞操
不貞な読み取りを破棄 [デフォルト]

--貞操なし
不貞な読み物を破棄しないでください

--トリムマスク
リードの終端からマスクされた塩基をトリム [デフォルト]

--トリムマスクなし
リードの端からマスクされた塩基をトリミングしないでください。

-q, --トリム品質=THRESHOLD
品質がしきい値未満のリードの端から塩基をトリムします。

-Q, --マスク品質=THRESHOLD
品質がしきい値未満のリード内のすべての塩基をマスクします。

- 標準品質
ゼロ品質は「!」です。 (33)
FASTQ および SAM ファイルのデフォルト

--イルミナ品質
ゼロ品質は `@' (64)
qseq ファイルとエクスポート ファイルのデフォルト

-o, - アウト=FILE
コンティグをファイルに書き込みます

-k, --kmer=KMER_SIZE
k-merサイズ

-t, --トリム長=TRIM_LENGTH
トリムするぶら下がりエッジの最大長

-c, - カバレッジ=カバレッジ
平均k-merカバレッジがこの閾値未満のコンティグを削除します

-b, --泡=N
N bp (デフォルト: 3*k) より短いバブルをポップします。

-b0, --泡なし
泡を割らないでください

-e, --侵食=カバレッジ
この閾値未満のカバレッジを持つブラントコンティグの端にある塩基を侵食します

-E, --erode-ストランド=カバレッジ
この閾値未満のカバレッジを持つブラントコンティグの端にある塩基を侵食します。
どちらかの鎖

--取材履歴=FILE
k-mer カバレッジ ヒストグラムをファイルに記録します

-g, - グラフ=FILE
ドット形式でグラフを生成する

-s, --snp=FILE
割れたバブルをファイルに記録する

-v, -詳細
詳細な出力を表示する

- 助けて このヘルプを表示して終了

- バージョン
出力バージョン情報を表示して終了

onworks.net サービスを使用してオンラインで ABYSS を使用する