asndisc - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

asndisc - ASN.1 生物学的シーケンス レコードの不一致を確認します

SYNOPSIS

アスンディスク [-] [-B] [-C N] [-F] [-I path] [-L STR] [-N ファイル名] [-P STR] [-R] [-S] [-T]
[-X テスト] [-Z] [-a STR] [-b] [-c] [-d テスト] [-e テスト] [-f] [-i ファイル名] [-k] [-l]
[-o ファイル名] [-p path] [-r DIR] [-s EXT] [-t] [-u] [-w ファイル名] [-x STR]

DESCRIPTION

アスンディスク ASN.1 形式の生物学的配列記録をチェックするためのコマンドライン ツールです。
矛盾。

OPTIONS

オプションの概要は以下に含まれています。

- 使用状況メッセージを印刷する

-B ビッグシーケンスレポート

-C N 最大数

-F 製品名リストを修正

-I path
インデックス付きバイナリ ASN.1 データへのパス

-L STR 使用する系統

-N ファイル名
確認する製品名のリストが記載されたファイル

-P STR レポートタイプ
g ゲノム
b ビッグシーケンス
メガレポート
t インクルードタグ
スーパーユーザーのsタグ

-R IDからのリモート取得

-S 概略報告

-T スレッドを使用する

-X テスト
レポート カテゴリを展開します (以下にリストされているテスト名のカンマ区切りのリスト、または
全て）。

-Z リモート CDS 製品フェッチ

-a STR ASN.1タイプ
a 任意 (デフォルト)
e seq-Entry
b バイオセク
bioseq-Set
m 秒-subMit
バッチ bioseq セット
uバッチseq-sUbmit

-b バッチファイルはバイナリです

-c バッチファイルは圧縮されています

-d STR テストを無効にします (以下に示すテスト名のカンマ区切りリスト)。

-e STR テストを有効にします (以下に示すテスト名のカンマ区切りのリスト)。

-f フィーチャ テーブルの出力形式を使用する

-i ファイル名
単一の入力ファイル (デフォルトでは標準入力)

-k ローカルフェッチ

-l コンポーネントを事前にロードする

-o ファイル名
単一の出力ファイル

-p path
ASN.1 ファイルへのパス

-r DIR 出力ディレクトリ

-s EXT 出力ファイルのサフィックス (.dr デフォルト）

-t ビッグテストセット

-u 再帰

-w ファイル名
疑わしい製品ルールのファイル名

-x STR ファイル選択部分文字列 (.sqn デフォルト）

AVAILABLE TESTS
MISSING_GENES、EXTRA_GENES、MISSING_LOCUS_TAGS、DUPLICATE_LOCUS_TAGS、
BAD_LOCUS_TAG_FORMAT、INCONSISTENT_LOCUS_TAG_PREFIX、NON_GENE_LOCUS_TAG、
DISC_COUNT_NUCLEOTIDES、MISSING_PROTEIN_ID、INCONSISTENT_PROTEIN_ID、
FEATURE_LOCATION_CONFLICT、GENE_PRODUCT_CONFLICT、DUPLICATE_GENE_LOCUS、EC_NUMBER_NOTE、
PSEUDO_MISMATCH、JOINED_FEATURES、OVERLAPPING_GENES、OVERLAPPING_CDS、CONTAINED_CDS、
RNA_CDS_OVERLAP、SHORT_CONTIG、INCONSISTENT_BIOSOURCE、SUSPECT_PRODUCT_NAMES、
DISC_PRODUCT_NAME_TYPO、DISC_PRODUCT_NAME_QUICKFIX、INCONSISTENT_SOURCE_DEFLINE、
PARTIAL_CDS_COMPLETE_SEQUENCE、EC_NUMBER_ON_UNKNOWN_PROTEIN、TAX_LOOKUP_MISSING、
TAX_LOOKUP_MISMATCH、SHORT_SEQUENCES、SUSPECT_PHRASES、DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT、
COUNT_TRNAS、FIND_DUP_TRNAS、FIND_BADLEN_TRNAS、FIND_STRAND_TRNAS、COUNT_RRNAS、
FIND_DUP_RRNAS、RNA_NO_PRODUCT、TRANSL_NO_NOTE、NOTE_NO_TRANSL、TRANSL_TOO_LONG、
CDS_TRNA_OVERLAP、COUNT_PROTEINS、DISC_FEAT_OVERLAP_SRCFEAT、MISSING_GENPRODSET_PROTEIN、
DUP_GENPRODSET_PROTEIN、MISSING_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID、
DISC_DUP_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID、DISC_PERCENT_N、N_RUNS、ZERO_BASECOUNT、
ADJACENT_PSEUDOGENES、NO_ANNOTATION、DISC_INFLUENZA_DATE_MISMATCH、DISC_SHORT_INTRON、
DISC_MISSING_VIRAL_QUALS、DISC_SRC_QUAL_PROBLEM、DISC_MISSING_SRC_QUAL、DISC_DUP_SRC_QUAL、
DISC_DUP_SRC_QUAL_DATA、DISC_HAPLOTYPE_MISMATCH、DISC_FEATURE_MOLTYPE_MISMATCH、
DISC_CDS_WITHOUT_MRNA、DISC_EXON_INTRON_CONFLICT、DISC_FEATURE_COUNT、
DISC_SPECVOUCHER_TAXNAME_MISMATCH、DISC_GENE_PARTIAL_CONFLICT、
DISC_FLATFILE_FIND_ONCALLER、DISC_CDS_PRODUCT_FIND、DISC_DUP_DEFLINE、
DUP_DISC_ATCC_CULTURE_CONFLICT、DISC_USA_STATE、DISC_INCONSISTENT_MOLTYPES、
DISC_SUBMITBLOCK_CONFLICT、DISC_POSSIBLE_LINKER、DISC_TITLE_AUTHOR_CONFLICT、
DISC_BAD_GENE_STRAND、DISC_MAP_CHROMOSOME_CONFLICT、DISC_RBS_WITHOUT_GENE、
DISC_CITSUBAFFIL_CONFLICT、DISC_REQUIRED_CLONE、DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC、
DISC_mRNA_ON_WRONG_SEQUENCE_TYPE、DISC_RETROVIRIDAE_DNA、DISC_CHECK_AUTH_CAPS、
DISC_CHECK_RNA_PRODUCTS_AND_COMMENTS、DISC_MICROSATELLITE_REPEAT_TYPE、
DISC_MITOCHONDRION_REQUIRED、DISC_UNPUB_PUB_WITHOUT_TITLE、DISC_QUALITY_SCORES、
DISC_INTERNAL_TRANSCRIBED_SPACER_RRNA、DISC_PARTIAL_PROBLEMS、
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS、
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_EXCEPTION、DISC_SUSPECT_RRNA_PRODUCTS、
DISC_SUSPECT_MISC_FEATURES、DISC_BACTERIA_MISSING_STRAIN、DISC_MISSING_DEFLINES、
DISC_MISSING_AFFIL、DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_ISOLATE、
DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_MRNA、DISC_CDS_HAS_NEW_EXCEPTION、
DISC_TRINOMIAL_SHOULD_HAVE_QUALIFIER、DISC_METAGENOME_SOURCE、
ONCALLER_GENE_MISSING、ONCALLER_SUPERFLUOUS_GENE、DISC_SHORT_RRNA、
ONCALLER_CHECK_AUTHORITY、ONCALLER_CONSORTIUM、
ONCALLER_STRAIN_CULTURE_COLLECTION_MISMATCH、ONCALLER_MULTISRC、
ONCALLER_MULTIPLE_CULTURE_COLLECTION、DISC_SEGSETS_PRESENT、DISC_NONWGS_SETS_PRESENT、
DISC_FEATURE_LIST、DISC_CATEGORY_HEADER、DISC_MISMATCHED_COMMENTS、
DISC_STRAIN_TAXNAME_MISMATCH、DISC_HUMAN_HOST、DISC_BAD_BACTERIAL_GENE_NAME、
TEST_BAD_GENE_NAME、ONCALLER_ORDERED_LOCATION、ONCALLER_COMMENT_PRESENT、
ONCALLER_DEFLINE_ON_SET、ONCALLER_HIV_RNA_INCONSISTENT、SHORT_PROT_SEQUENCES、
TEST_EXON_ON_MRNA、TEST_HAS_PROJECT_ID、ONCALLER_HAS_STANDARD_NAME、
ONCALLER_MISSING_STRUCTURED_COMMENTS、DISC_REQUIRED_STRAIN、
MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS、DISC_BACTERIAL_TAX_STRAIN_MISMATCH、
TEST_CDS_HAS_CDD_XREF、TEST_UNUSUAL_NT、TEST_LOW_QUALITY_REGION、
TEST_ORGANELLE_NOT_GENOMIC、TEST_UNWANTED_SPACER、TEST_ORGANELLE_PRODUCTS、
TEST_SP_NOT_UNCULTURED、TEST_BAD_MRNA_QUAL、TEST_UNNECESSARY_ENVIRONMENTAL、
TEST_UNNECESSARY_VIRUS_GENE、TEST_UNWANTED_SET_WRAPPER、TEST_MISSING_PRIMER、
TEST_UNUSUAL_MISC_RNA、TEST_AMPLIFIED_PRIMERS_NO_ENVIRONMENTAL_SAMPLE、
TEST_DUP_GENES_OPPOSITE_STRANDS、TEST_SMALL_GENOME_SET_PROBLEM、TEST_OVERLAPPING_RRNAS、
TEST_MRNA_SEQUENCE_MINUS_STRAND_FEATURES、TEST_TAXNAME_NOT_IN_DEFLINE、
TEST_COUNT_UNVERIFIED、SHOW_TRANSL_EXCEPT、SHOW_HYPOTHETICAL_CDS_HAVING_GENE_NAME、
TEST_DEFLINE_PRESENT、TEST_MRNA_OVERLAPPING_PSEUDO_GENE、FIND_OVERLAPPED_GENES、
DISC_BIOMATERIAL_TAXNAME_MISMATCH、DISC_CULTURE_TAXNAME_MISMATCH、DISC_CHECK_AUTH_NAME、
NON_RETROVIRIDAE_PROVIRAL、RNA_PROVIRAL、SHORT_SEQUENCES_200、DISC_10_PERCENTN、N_RUNS_14、
MOLTYPE_NOT_MRNA、TECHNIQUE_NOT_TSA、MISSING_STRUCTURED_COMMENT、MISSING_PROJECT、
MULTIPLE_CDS_ON_MRNA、DUP_DISC_CBS_CULTURE_CONFLICT、DIVISION_CODE_CONFLICTS、
RRNA_NAME_CONFLICTS、EUKARYOTE_SHOULD_HAVE_MRNA、MRNA_SHOULD_HAVE_PROTEIN_TRANSCRIPT_IDS、
ONCALLER_COUNTRY_COLON、ONCALLER_BIOPROJECT_ID、ONCALLER_STRAIN_TAXNAME_CONFLICT

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