これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの4つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドautodockXNUMXです。
プログラム：
NAME
autodock-化学リガンドのタンパク質受容体へのドッキング
SYNOPSIS
オートドック4 [オプション]
DESCRIPTION
AutoDockは、化合物のタンパク質への自動ドッキングを実行します。つまり、予測します。
基質や薬物候補などの小分子が既知の3Dの受容体にどのように結合するか
構造。
AutoDockSuiteは、AutoDockがドッキングを実行するXNUMXつの主要なプログラムで構成されています。
ターゲットタンパク質を説明する一連のグリッドへのリガンドとAutoGridは事前に計算します
これらのグリッド。
OPTIONS
-p パラメータ_ファイル名
-l ログファイル名
-o 古いPDBQ形式を使用し、55〜61列でqを請求します
-k 元の残基番号を保持する
-i ヘッダーチェックを無視する
-t PDBQファイルを解析してねじれをチェックしてから停止します。
-c < command_fileコマンドモード、ファイル別
-c | control_programコマンドモード、control_programによる
実施例
Debianでは、ディレクトリ/ usr / share / doc / autodockに実行例があります。 それに変更
ディレクトリを作成し、gzip圧縮されたマップファイルを（ルートとして）解凍してから、図のようにAutoDockを実行します
以下：
gunzip * .map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
結果の解釈は、AutoDockToolsスイートによって支援されます。 また、検査してください
オンラインで提供されるチュートリアル。
onworks.netサービスを使用してautodock4をオンラインで使用する
