これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 4 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド autogridXNUMX です。
プログラム：
NAME
autogrid - AutoDock 分析用のタンパク質とリガンドの準備
SYNOPSIS
オートグリッド4 [オプション] -p グリッドパラメータファイル
DESCRIPTION
オートグリッド 非共有結合性相互作用エネルギーの 3D グリッド表現を準備します。
ユーザーが指定したさまざまなリガンド原子タイプが、ユーザーが指定したターゲットの周囲で発生します
高分子。 さらに、静電ポテンシャルと脱溶媒和フリー エネルギー グリッド
マップも計算できます。 グリッド マップは、次の形式のプレーン テキスト ファイルに保存されます。
拡張子は「.map」で、AutoDock 4 がドッキングを実行するために必要です。 オートグリッドも
グリッド ボックスの空間範囲を記述する '.xyz' ファイルと AVS を出力します。
フィールド '.fld' ファイル。アトミック アフィニティ グリッド マップの一貫したセットを記述します。
特定の標的巨大分子について一緒に計算されました。 注: する必要があります
配位子または配位子のセット内のすべての原子タイプのグリッド マップを計算します。
ドッキングされているほか、静電ポテンシャル グリッド マップと脱溶媒和自由エネルギー マップも含まれています。
たとえば、配位子が脂肪族炭素と水素結合を受け入れる酸素を持っている場合、
アトムの場合、「C」マップと「OA」マップの両方を計算する必要があります。 見る
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
AutoDock 4 原子タイプの詳細については、パラメーターを参照してください。
AutoGrid への入力は、プログラム スイート AutoDockTools を使用して準備するのが最適です。 ありません
グリッドなしで autodock4 を実行する方法。
OPTIONS
-o 古い PDBq 形式を使用します (列 55 ～ 61 の q)
-u 使用方法に関する情報。Debian の -h も参照。
-d デバッグを容易にするためにメッセージの冗長性が増加しました。
-l ログファイル
-p filename はグリッドパラメータファイルを指定します
実施例
AutoGrid ソースでは、次のように使用できるさまざまなテストが利用可能です。
$ D=/usr/share/doc/autogrid/テスト
$ cd / tmpに
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat 。
$ Gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_ceptor_types.gpf -l hsg1_no_ceptor_types.glg
このコマンドは、
グリッドパラメータファイル (この場合: hsg1_sm.A.map、hsg1_sm.C.map、hsg1_sm.d.map、
hsg1_sm.e.map、hsg1_sm.HD.map、hsg1_sm.NA.map、hsg1_sm.N.map、hsg1_sm.OA.map)、AVS
フィールド ファイル (hsg1_sm.maps.fld) と hsg1_sm.maps.xyz。 コッキング計算を実行するには、
AutoDock は実行する必要がありますが、別のドッキング パラメーター ファイルが必要です (
拡張子は .dpf)。 「DPF」は、ドッキングに必要なグリッド マップ ファイルを指します。
また、検索方法や検索方法など、他の重要なパラメータを設定できます。
多くのドッキングを実行する必要があります。
onworks.net サービスを使用してオンラインで autogrid4 を使用する
