babel - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

バベル, オバベル —化学および分子モデリングデータファイル用のコンバーター

SYNOPSIS

バベル [-H ヘルプオプション]
バベル [OPTIONS] [-i 入力方式] ファイル内 [-o 出力タイプ] アウトファイル

オバベル [-H ヘルプオプション]
オバベル [OPTIONS] [-i 入力方式 | -"SMILES-文字列"] ファイル内 [-o 出力タイプ] -O アウトファイル

DESCRIPTION

バベル で使用される多くのファイル形式間で相互変換するように設計されたクロスプラットフォームプログラムです。
分子モデリングと計算化学および関連分野。

オバベル & バベル 少し違います。 XNUMXつ目は、通常のUnix規則に近いものです。
コマンドラインプログラム用で、ユーザーがパラメータ値を指定する必要がある場合はより柔軟に
オプションについて。 と バベル これは、オプションが行の最後にある場合にのみ機能します。 と オバベル
そのような制限は適用されません。 さらに、SMILES文字列を入力するためのショートカットがあります。
入力ファイルの代わりに使用できます。

Open Babelは、化学ソフトウェアを開発するための完全なプログラマーツールキットでもあります。 にとって
詳細については、Open BabelWebページを参照してください。http://openbabel.org/>.

OPTIONS

入力ファイルと出力ファイルのみが指定されている場合、OpenBabelはファイルタイプを
ファイル名拡張子。

-"SMILES-文字列"
SMILES文字列を入力し、入力ファイルの代わりに使用します。 SMILES文字列は
引用符で囲みます。 複数使用でき、分子タイトルは次のようになります。
引用符で囲まれている場合は含まれます。

-a オプション
フォーマット固有の入力オプション。 見る -H フォーマットID 特定のオプションで許可されている場合
形式でアーカイブしたプロジェクトを保存します．

--タイトルに追加
現在の分子タイトルにテキストを追加

--式を追加
現在の分子タイトルの後に分子式を追加します

-b 結合結合を変換します。例：[N +]（[O-]）= OからN（= O）= O

-c （0,0,0）の中心原子座標

-C 最初のファイルの分子を同じ名前の他の分子と組み合わせる

-e エラー後も続行

-d 水素を削除する

---エラーレベル 2
表示されるエラーと警告のレベルをフィルタリングします。
1 =重大なエラーのみ
2 =警告も含める（デフォルト）
3 =情報メッセージも含める
4 =データの変更に関する「監査ログ」メッセージを含める
5 =デバッグメッセージも含める

-f # 複数エントリ入力の場合、最初のエントリとして分子＃を使用してインポートを開始します

-F 利用可能な指紋タイプを出力します

-h 水素を追加します

-H 使用情報を出力する

-H フォーマットID
指定されたフォーマットのフォーマット情報とオプションを出力します

-ホール
すべてのフォーマットのフォーマット情報とオプションを出力します

-私
入力形式を指定します。使用可能な形式については、以下を参照してください。

-j

- 加入
すべての入力分子を単一の出力分子エントリに結合します

-k 計算化学モデリングキーワードの翻訳（例：GAMESSおよびGaussian）

-m 複数の出力ファイルを作成して、次のことを可能にします。
- XNUMXつの入力ファイルを分割する-各分子を連続した番号に入れます
出力ファイル
- バッチ変換-複数の入力ファイルのそれぞれを指定されたものに変換します
出力フォーマット

-l # 複数エントリ入力の場合、最後のエントリとして分子＃を使用してインポートを停止します

-o フォーマットID
出力形式を指定します。使用可能な形式については、以下を参照してください。

-O アウトファイル
出力ファイルを指定します。 このオプションはに適用されます オバベル のみ。

-p pHに適した水素を追加します（phmodel.txtの変換を使用）

- 財産
プロパティを追加または置換します（たとえば、MDL SDファイル内）

-s スマート
指定されたSMARTSパターンに一致する分子のみを変換します

- 分ける
切断されたフラグメントを個々の分子レコードに分離する

-t すべての入力ファイルは単一の分子を記述します

- 題名 タイトル
分子タイトルを追加または置換

-x オプション
フォーマット固有の出力オプション。 見る -H フォーマットID 特定のオプションで許可されている場合
形式でアーカイブしたプロジェクトを保存します．

-v スマート
分子のみを変換する NOT 指定された一致するSMARTSパターン

-V バージョン番号を出力して終了します

-z gzipで出力を圧縮します

FILE 書式

現在、OpenBabelでは次の形式がサポートされています。
acr-CarineASCIクリスタル
alc-錬金術フォーマット
arc-Accelrys / MSI Biosym / Insight IICARフォーマット[読み取り専用]
bgf-MSIBGF形式
ボックス-ドック3.5ボックス形式
bs-ボールアンドスティックフォーマット
c3d1--Chem3Dデカルト1形式
c3d2--Chem3Dデカルト2形式
caccrt-カカオデカルト形式
キャッシュ-CACheMolStruct形式[書き込み専用]
cacint--Cacao内部フォーマット[書き込み専用]
できます--CanonicalSMILES形式
車-Accelrys / MSI Biosym / Insight IICARフォーマット[読み取り専用]
ccc-CCC形式[読み取り専用]
cdx-ChemDrawバイナリ形式[読み取り専用]
cdxml-ChemDrawCDXML形式
cht-Chemtool形式[書き込み専用]
cif-結晶学的情報ファイル
cml-化学マークアップ言語
cmlr-CML反応形式
com--Gaussian98 / 03デカルト入力[書き込み専用]
copy-生のテキストをコピーします[書き込み専用]
crk2d--ケミカルリソースキットの2Dダイアグラム形式
crk3d--ケミカルリソースキットの3Dフォーマット
csr-Accelrys / MSI QuantaCSRフォーマット[書き込み専用]
cssr-CSDCSSR形式[書き込み専用]
ct-ChemDraw接続テーブル形式
dmol-DMol3座標形式
ent-プロテインデータバンクフォーマット
fa-FASTA形式[書き込み専用]
fasta-FASTA形式[書き込み専用]
fch-ガウス形式のチェックポイントファイル形式[読み取り専用]
fchk-ガウス形式のチェックポイントファイル形式[読み取り専用]
fck-ガウス形式のチェックポイントファイル形式[読み取り専用]
feat-機能フォーマット
fh--Fenske-HallZ-Matrix形式[書き込み専用]
修正-SMILESFIXフォーマット[書き込み専用]
fpt-指紋形式[書き込み専用]
fract-自由形式の分数形式
fs-BabelFastSearchingデータベースを開きます
fsa-FASTA形式[書き込み専用]
g03--Gaussian98 / 03出力[読み取り専用]
g98--Gaussian98 / 03出力[読み取り専用]
gam--GAMESS出力[読み取り専用]
gamin--GAMESS入力[書き込み専用]
gamout-GAMESS出力[読み取り専用]
gau--ガウス98/03デカルト入力[書き込み専用]
gjc--Gaussian98 / 03デカルト入力[書き込み専用]
gjf--Gaussian98 / 03デカルト入力[書き込み専用]
gpr-化学フォーマット
gr96-GROMOS96フォーマット[書き込み専用]
hin-HyperChemHIN形式
inchi --IUPAC InChI [書き込み専用]
inp --GAMESS入力[書き込み専用]
ins-ShelX形式[読み取り専用]
jin--ジャガー入力フォーマット[書き込み専用]
jout-ジャガー出力フォーマット[読み取り専用]
mdl-MDLMOL形式
mmd-MacroModel形式
mmod-MacroModelフォーマット
mol-MDLMOL形式
mol2-SybylMol2形式
molreport-OpenBabel分子レポート[書き込み専用]
moo --MOPAC出力フォーマット[読み取り専用]
mop-MOPACデカルト形式
mopcrt-MOPACデカルト形式
mopin-MOPAC内部
mopout-MOPAC出力フォーマット[読み取り専用]
mpc-MOPACデカルト形式
mpd-Sybyl記述子フォーマット[書き込み専用]
mpqc-MPQC出力フォーマット[読み取り専用]
mpqcin-MPQC簡略化入力フォーマット[書き込み専用]
nw-NWChem入力フォーマット[書き込み専用]
nwo-NWChem出力フォーマット[読み取り専用]
pc-PubChem形式[読み取り専用]
pcm-PCModel形式
pdb-Protein DataBankフォーマット
pov --POV-Ray入力フォーマット[書き込み専用]
pqs-Parallel QuantumSolutionsフォーマット
prep-琥珀色の準備形式[読み取り専用]
qcin-Q-Chem入力フォーマット[書き込み専用]
qcout-Q-Chem出力フォーマット[読み取り専用]
report-OpenBabelレポート形式[書き込み専用]
res-ShelX形式[読み取り専用]
rxn-MDLRXN形式
sd-MDLMOL形式
sdf-MDLMOL形式
smi-SMILES形式
sy2--SybylMol2形式
tdd-サーモフォーマット
test-テスト形式[書き込み専用]
therm-サーモフォーマット
tmol-TurboMole座標形式
txyz--TinkerMM2フォーマット[書き込み専用]
unixyz-UniChemXYZ形式
vmol-ViewMol形式
xed-XED形式[書き込み専用]
xml-一般的なXML形式[読み取り専用]
xyz-XYZデカルト座標形式
yob --YASARA.orgYOB形式
zin--ZINDO入力フォーマット[書き込み専用]

FORMAT OPTIONS

個々のファイル形式には、追加の形式オプションがある場合があります。

入力フォーマットオプションの前には「a」が付きます。例：-as

出力フォーマットオプションの前には「x」が付きます（例：-xn）。

さらに具体的な情報とオプションについては、-Hを使用してください
例：-Hcml

例

標準変換：
babel-ixyzエタノール.xyz-opdbエタノール.pdb
STDINのSMIファイルからSTDOUTに書き込まれたMol2ファイルへの変換：
バベル -イズミ -omol2
多分子ファイルをnew1.smi、new2.smiなどに分割します。
babel infile.mol new.smi -m

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