これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドberkeley-expressです。
プログラム：
NAME
berkeley-express-ハイスループットシーケンスのためのストリーミング定量化
DESCRIPTION
ファイルの使用法：express[オプション] パイプ使用法：蝶ネクタイ
[オプション] -S | エクスプレス[オプション]
必須 引数：
fasta形式のターゲットシーケンスファイル
SAMまたはBAM形式のアライメントファイルを読み取る
スタンダード オプション：
-h [ - 助けて ]
ヘルプメッセージを生成する
-o [ -- 出力ディレクトリ ] arg（=。）
すべての出力ファイルをこのディレクトリに書き込みます
-D [ -前処理 ]
eXpressDの前処理スクリプトを実行します
-m [ --frag-len-平均 ] arg（= 200）
平均フラグメント長の事前見積もり
-s [ --frag-len-stddev ] arg（= 80）
フラグメント長の標準偏差の事前推定
-H [ --ハプロタイプ-ファイル ] 引数
ハプロタイプペアを含むファイルへのパス
-B [ --追加-バッチ ] arg（= 0）
最初のオンラインラウンド後の追加のバッチEMラウンドの数
-O [ -追加-オンライン ] arg（= 0）追加のオンラインEMラウンドの数
最初のオンラインラウンド後
-L [ --max-read-len ] arg（= 250）
読み取りの最大許容長
--output-align-prob
確率的割り当てを使用した出力アライメント（sam / bam）
--output-align-samp
割り当てがサンプリングされた出力アライメント（sam / bam）
--fr-座礁
フォワード->リバースアラインメントのみを受け入れる（セカンドストランドプロトコル）
--rf-strand
リバース->フォワードアラインメントのみを受け入れる（ファーストストランドプロトコル）
--f-座礁
フォワードシングルエンドアライメントのみを受け入れる（セカンドストランドプロトコル）
--r-座礁
リバースシングルエンドアライメントのみを受け入れる（ファーストストランドプロトコル）
--更新チェックなし
Web経由の更新の自動チェックを無効にします
--logtostderr
すべてのログメッセージをstderrに出力します
高機能 オプション：
-f [ --パラメータを忘れる ] arg（= 0.84999999999999998）
'忘却係数'パラメータを設定します（0.5 <c <= 1）
--ライブラリサイズ argは
線形から計算する代わりに、FPKMのライブラリサイズを指定します
--最大インデルサイズ arg（= 10）
許可される最大インデルサイズを設定し、以前の幾何学的インデルに影響を与えます
--calc-covar
共分散行列を計算して出力します
--expr-アルファ arg（= 0.0050000000000000001）
bpあたりの事前の強度を設定します
--ストップアット arg（= 0）
処理するフラグメントの数を設定し、0で無効にします
-燃え尽き症候群 arg（= 5000000）
補助パラメータの更新を停止するまでのフラグメントの数を設定します
--no-bias-正しい
バイアス補正を無効にします
-- エラーなしモデル
エラーモデリングを無効にします
--aux-param-ファイル argは
学習の代わりに使用する補助パラメータを含むファイルへのパス
onworks.netサービスを使用してberkeley-expressをオンラインで使用する
