これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bio-rainbow です。
プログラム：
NAME
Rainbow - Rainbow 2.0.4 のマニュアルページ --[メール保護], [メール保護]>
SYNOPSIS
虹 [オプション]
DESCRIPTION
レインボー2.0.4 -- <[メール保護], [メール保護]>
入力ファイル形式: ペアになった fasta/fastq ファイル 出力ファイル形式:
\t \t \t
-1 入力 fasta/fastq ファイル、複数の '-1' をサポート
-2 入力 fasta/fastq ファイル、複数の '-2' [null] をサポート
-l
読み取り長、デフォルト: 0 変数
-m
最大不一致 [4]
-e
完全に一致するしきい値 [2000]
-L 低レベルの多態性
div要素
入力ファイル形式: \t \t \t 出力
ファイル形式：
\t \t \t [\t ]
-i 入力ファイル [stdin]
-o 出力ファイル [stdout]
-k
K_allele、新しいグループを作成するための最小バリアント [2]
-K
K_allele、バリアントの数がこの値を超える場合、頻度に関係なく分割します。
【50]
-f
新しいグループを作成する頻度、最小バリアント頻度 [0.2]
マージ
入力ファイル形式:
\t \t \t [\t ]
-i 入力 rbasm 出力ファイル [stdin]
-a 出力アセンブリ
-o マージされたコンティグの出力ファイル、クラスターごとに XNUMX 行 [stdout]
-N
マージする分割クラスタの最大数 [300]
-l
5 つの読み取りをアセンブルするときの最小オーバーラップ (「-a」が開かれている場合にのみ有効) [XNUMX]
-f
アセンブリ時の類似性の最小割合 (「-a」が開かれている場合にのみ有効)
【0.90]
-r
アセンブルする読み取りの最小数 (「-a」が開かれている場合にのみ有効) [5]
-R
アセンブルする読み取りの最大数 (「-a」が開かれている場合にのみ有効) [300]
使用法: 虹【オプション】
入力ファイル形式: ペアになった fasta/fastq ファイル 出力ファイル形式:
\t \t \t
-1 入力 fasta/fastq ファイル、複数の '-1' をサポート
-2 入力 fasta/fastq ファイル、複数の '-2' [null] をサポート
-l
読み取り長、デフォルト: 0 変数
-m
最大不一致 [4]
-e
完全に一致するしきい値 [2000]
-L 低レベルの多態性
div要素
入力ファイル形式: \t \t \t 出力
ファイル形式：
\t \t \t [\t ]
-i 入力ファイル [stdin]
-o 出力ファイル [stdout]
-k
K_allele、新しいグループを作成するための最小バリアント [2]
-K
K_allele、バリアントの数がこの値を超える場合、頻度に関係なく分割します。
【50]
-f
新しいグループを作成する頻度、最小バリアント頻度 [0.2]
マージ
入力ファイル形式:
\t \t \t [\t ]
-i 入力 rbasm 出力ファイル [stdin]
-a 出力アセンブリ
-o マージされたコンティグの出力ファイル、クラスターごとに XNUMX 行 [stdout]
-N
マージする分割クラスタの最大数 [300]
-l
5 つの読み取りをアセンブルするときの最小オーバーラップ (「-a」が開かれている場合にのみ有効) [XNUMX]
-f
アセンブリ時の類似性の最小割合 (「-a」が開かれている場合にのみ有効)
【0.90]
-r
アセンブルする読み取りの最小数 (「-a」が開かれている場合にのみ有効) [5]
-R
アセンブルする読み取りの最大数 (「-a」が開かれている場合にのみ有効) [300]
onworks.net サービスを使用してオンラインで Bio-rainbow を使用する
