blast2 - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、megablast、rpsblast、
seedtop-基本的なローカルアラインメント検索ツール

SYNOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I "start stop"] [-J "start stop"] [-M STR]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ファイル名] [-d N] [-e X] [-g F] -i ファイル名
-j ファイル名 [-m] [-o ファイル名] -p STR [-q N] [-r N] [-t N]

ブラスト2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F STR] [-G N] [-H] [-I "start stop"]
[-J "start stop"] [-K N] [-L] [-M STR] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ファイル名]
[-j ファイル名] [-k STR] [-m N] [-n] [-o ファイル名] -p STR [-q N] [-r N] [-NS] [-NS N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

ブラストール [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L 起動停止] [-M STR] [-O ファイル名] [-P N] [-Q N] [-R ファイル名] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ファイル名]
[-l STR] [-m N] [-n] [-o ファイル名] -p STR [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L 起動停止] [-M STR] [-O ファイル名] [-P N] [-Q N] [-R ファイル名] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ファイル名] [-l STR]
[-m N] [-n] [-o ファイル名] -p STR [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L 起動停止]
[-M STR] [-O ファイル名] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ファイル名] [-m N] [-n] [-o ファイル名] -p STR [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u STR] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ブラストRPG [-] [-A N] [-B ファイル名] [-C ファイル名] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M STR] [-N X] [-O ファイル名] [-P N] [-Q ファイル名] [-R ファイル名] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d STR] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ファイル名] [-j N] [-k ファイル名] [-l STR] [-m N] [-o ファイル名] [-p STR] [-q N] [-s]
[-t N[u]][-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

インパラ [-] [-E N] [-F STR] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M STR] [-O ファイル名] [-P ファイル名]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d STR] [-e X] [-h X] [-i ファイル名] [-j N] [-m N] [-o ファイル名]
[-v N] [-y X] [-z N]

メガブラスト [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L 起動停止] [-M N]
[-N N] [-O ファイル名] [-P N] [-Q ファイル名] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d STR] [-e X] [-f] [-g F] [-i ファイル名] [-l STR] [-m N] [-n]
[-o ファイル名] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

RPSブラスト [-] [-F STR] [-I] [-J] [-L 起動停止] [-N X] [-O ファイル名] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ファイル名 [-e X] [-i ファイル名] [-l ファイル名] [-m N]
[-o ファイル名] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

シードトップ [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M STR] [-O ファイル名]
[-S N] [-X N] [-d STR] [-e X] [-f] [-i ファイル名] [-k ファイル名] [-o ファイル名] [-p STR]
[-q N] [-r N]

DESCRIPTION

このマニュアルページでは、コマンドについて簡単に説明しています。 bl2seq, 爆風, ブラストール, blastcl3,
ブラストRPG, インパラ, メガブラスト, RPSブラスト, シードトップ。 これらのコマンドは文書化されています
彼らは多くの共通のオプションを持っているので一緒に。

bl2seq blastnまたはblastpのいずれかを使用してXNUMXつのシーケンス間の比較を実行します
アルゴリズム。 両方の配列はヌクレオチドまたはタンパク質のいずれかでなければなりません。

ブラスト2 シーケンスをローカルデータベースまたはXNUMX番目のシーケンスと比較します。 それ
両方の機能のほとんどを組み込んでいます bl2seq & ブラストール、ただし、セミを使用します
実験的な新しい内部エンジン。

ブラストール & blastall_old シーケンスのローカルデータベースで最適なものを見つけます。
ブラストール より新しいエンジンを使用します blastall_old デフォルトですが、古いものの使用をサポートしています
エンジンも（オプションで呼び出された場合） -V F).

blastcl3 最新のNCBIBLAST検索エンジン（バージョン2.0）にアクセスします。 背後にあるソフトウェア
BLASTバージョン2.0は、BLASTが新しい課題を処理できるようにゼロから作成されました。
今後数年間で配列データベースによって提起されます。 このソフトウェアのアップデートは
今後数年間継続します。

ブラストRPG ギャップのあるblastp検索を実行し、で反復検索を実行するために使用できます
psi-blastおよびphi-blastモード。

インパラ によって作成されたスコア行列のデータベースを検索します コピーマット（1）、BLASTのようなものを生成する
出力。

メガブラスト WebbMillerらの欲張りアルゴリズムを使用します。 ヌクレオチド配列の場合
アラインメント検索と多くのクエリを連結して、データベースのスキャンに費やす時間を節約します。
このプログラムは、結果としてわずかに異なる配列を整列させるために最適化されています
シーケンスまたは他の同様の「エラー」。 一般的なものより最大10倍高速です
配列類似性プログラムであるため、XNUMXつの大きなセットを迅速に比較するために使用できます
お互いに対するシーケンスの。

RPSブラスト （逆PSI-BLAST）は、プロファイルのデータベースに対してクエリシーケンスを検索します。
これは、シーケンスのデータベースに対してプロファイルを検索するPSI-BLASTの反対です。
したがって、「リバース」。 RPSブラスト BLASTのようなアルゴリズムを使用して、シングルワードまたはダブルワードを検索します
ヒットし、これらの候補の一致に対してギャップのない拡張を実行します。 もし
十分に高得点のギャップのないアライメントが生成され、ギャップのある拡張が実行されます
そして、期待値が十分に低い（ギャップのある）アライメントが報告されます。 この
手順は、スミス-ウォーターマン計算を実行するIMPALAとは対照的です。
単語ヒットアプローチを使用して一致するものを識別するのではなく、クエリと各プロファイル
拡張する必要があります。

シードトップ XNUMXつの比較的単純な質問に答えます。
1.シーケンスとパターンのデータベースが与えられた場合、どのパターンがシーケンスで発生するか
そして、どこ？
2.パターンとシーケンスデータベースが与えられ、どのシーケンスにパターンと
どこ？

これらのコマンドの一部は、複数のタイプの比較をサポートします。 -p
（「プログラム」）フラグ：

blastpは、アミノ酸クエリ配列をタンパク質配列データベースと比較します。

blastnは、ヌクレオチドクエリシーケンスをヌクレオチドシーケンスデータベースと比較します。

blastxは、ヌクレオチドクエリのXNUMXフレームの概念翻訳産物を比較します
タンパク質配列データベースに対する配列（両方の鎖）。 にとって bl2seq
ヌクレオチドは最初に指定されたシーケンスである必要があります。

psitblastnは、タンパク質クエリシーケンスをヌクレオチドシーケンスデータベースと比較します
XNUMXつのリーディングフレームすべて（両方のストランド）で動的に翻訳され、
PSI-BLASTによって作成された位置固有の行列。

tblastnは、タンパク質クエリ配列をヌクレオチド配列データベースと比較します
XNUMXつのリーディングフレームすべて（両方のストランド）で動的に翻訳されます。 にとって bl2seq,
ヌクレオチドは与えられたXNUMX番目の配列でなければなりません。

tblastxは、ヌクレオチドクエリ配列のXNUMXフレームの翻訳を
ヌクレオチド配列データベースのXNUMXフレームの翻訳。

OPTIONS

オプションの概要は以下に含まれています。

- 使用状況メッセージを印刷する

-A （bl2seq）
accession.versionの形式の入力シーケンス

-A N （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、megablast）
複数ヒットウィンドウサイズ。 通常、デフォルトは0（シングルヒット拡張の場合）ですが、
不連続なテンプレートを使用する場合、デフォルトは40です。

-B N （blast2）
オンザフライ出力を生成します。
0なし（デフォルト）
オフセットと品質値の1つの表
2シーケンスデータを追加
3テキストASN.1
4バイナリASN.1

-B N （blastall、blastall_old）
blastnまたはtblastnモードでの連結クエリの数

-B ファイル名 （blastpgp）
PSI-BLAST再起動用の入力アライメントファイル

-C X （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
blastpまたはtblastnの構成ベースの統計を使用します。
T、t、D、またはd
デフォルト（と同等） 1 for ブラスト2 & blastall_old とに 2 for ブラストール
& blastcl3)
0、F、またはf
構成ベースの統計はありません
1構成ベースの統計 ナル 29：2994-3005、2001
2構成ベースのスコア調整 バイオインフォマティクス 21：902-911、2005、
シーケンスプロパティを条件とします
3構成ベースのスコア調整 バイオインフォマティクス 21：902-911、2005、
無条件で
blastall、blastall_old、またはblastcl3で統計を有効にする場合（すなわち、blast2）ではなく、
追記 u （大文字と小文字を区別しない）モードに対して、統一されたp値の使用を有効にします
ラウンド1でのみアラインメントと組成p値を組み合わせます。

-C ファイル名 （blastpgp）
PSI-BLASTチェックポイントの出力ファイル

-C N （シードトップ）
スコアのみかどうか（デフォルト= 1）

-D N （bl2seq）
出力フォーマット：
0従来型（デフォルト）
1表

-D N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
遺伝暗号に従ってデータベース内の配列を翻訳する N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt（デフォルトは1、tblast *にのみ適用）

-D N （メガブラスト）
出力の種類：
0アライメントエンドポイントとスコア
1すべてのギャップのないセグメントのエンドポイント
2つの従来のBLAST出力（デフォルト）
3タブ区切りのXNUMX行形式
4インクリメンタルテキストASN.1
5インクリメンタルバイナリASN.1

-D N （シードトップ）
調整するためのコストの低下（デフォルト= 99999）

-E N （bl2seq、blastcl3、megablast）
ギャップコストの拡大 N （-1はデフォルトの動作を呼び出します）

-E N （blast2、blastall、blastall_old）
ギャップコストの拡大 N （-1はデフォルトの動作を呼び出します：貪欲な場合は非アフィン、2
それ以外は）

-E N （blastpgp、インパラ、シードトップ）
ギャップコストの拡大 N （デフォルトは1）

-F STR （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastpgp、
blastcl3、impala、megablast、rpsblast）DUSTまたはSEGのフィルターオプション。 デフォルトは
T bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、およびmegablastの場合、および F for
blastpgp、impala、およびrpsblast。

-F （シードトップ）
SEGでシーケンスをフィルタリングします。

-G N （bl2seq、blastcl3、megablast）
ギャップを開くコスト N （-1はデフォルトの動作を呼び出します）

-G N （blast2、blastall、blastall_old）
ギャップを開くコスト N （-1はデフォルトの動作を呼び出します：貪欲な場合は非アフィン、5の場合は
動的計画法を使用）

-G N （blastpgp、インパラ、シードトップ）
ギャップを開くコスト N （デフォルトは11）

-H （blast2）
HTML出力を生成する

-H N （blastpgp）
クエリで必要な領域の終わり（-1はクエリの終わりを示します）

-H （インパラ）
ヘルプの印刷（使用法メッセージとは異なります）

-H N （メガブラスト）
データベースシーケンスごとに保存するHSPの最大数（デフォルトは0、無制限）

-I "start stop"（bl2seq、blast2）
最初の（クエリ）シーケンスの場所（ファイルがで指定されている場合にのみ適用されます -i 含まれています
単一のシーケンス）

-I （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、megablast、
rpsblast、seedtop）GIをdeflinesで表示

-J "start stop"（bl2seq、blast2）
XNUMX番目の（サブジェクト）シーケンス上の場所（ファイルがで指定されている場合にのみ適用されます -j
単一のシーケンスが含まれています）

-J （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、megablast、
rpsblast、seedtop）クエリの定義を信じる

-K N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp）
保持する地域からのベストヒットの数。 デフォルトではオフです。 使用する場合は100の値
がおすすめ。 の非常に高い値 -v or -b も提案されています。

-K N （シードトップ）
内部ヒットバッファサイズ乗数（クエリの長​​さ、デフォルト= 2）

-L （blast2）
幅12の（従来のMega BLAST）ルックアップテーブルを使用する

-L 起動停止 （blastall、blastall_old、blastcl3、megablast、
rpsblast）クエリシーケンス上の場所（rpsblastの場合、blastpモードでのみ有効）

-M STR （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、impala、seedtop）マトリックスを使用 STR （デフォルト= BLOSUM62）

-M N （メガブラスト）
5000000回の検索のクエリの最大合計長（デフォルト= XNUMX）

-N （blast2）
表形式の出力でシーケンスIDのアクセッションのみを表示する

-N X （blastpgp、rpsblast）
ギャップをトリガーするビット数（デフォルト= 22.0）

-N N （メガブラスト）
不連続な単語テンプレートの種類：
0コーディング（デフォルト）
1最適
2同時

-O ファイル名 （blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、impala、megablast、rpsblast、seedtop）書き込み（ASN.1）シーケンスアラインメント
〜へ ファイル名; blastpgp、impala、rpsblast、およびseedtopでのみ有効です。 -J,
メガブラストにのみ有効 -D2.

-P X （blast2）
アイデンティティパーセンテージカットオフ

-P N （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、rpsblast）
シングルヒットモードの場合は1に、マルチヒットモードの場合は0に設定します（デフォルト）。 適用されません
爆破する。

-P ファイル名 （インパラ）
データベースからマトリックスプロファイルを読み取る ファイル名

-P N （メガブラスト）
ハッシュ値の最大位置数（無視するには0 [デフォルト]に設定）

-Q N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
遺伝暗号に従ってクエリを翻訳する N /usr/share/ncbi/data/gc.prt（デフォルト）
は 1)

-Q ファイル名 （blastpgp）
ASCIIでのPSI-BLASTマトリックスの出力ファイル

-Q ファイル名 （メガブラスト）
マスクされたクエリ出力。 必要 -D 2

-R （blast2）
局所的に最適なSmith-Watermanアライメントを計算します。 （このオプションはのみ利用可能です
ギャップのあるtblastnの場合。）

-R ファイル名 （blastall、blastall_old）
PSI-TBLASTNチェックポイントファイルを読み取る ファイル名

-R （blastcl3）
RPSブラスト検索

-R ファイル名 （blastpgp）
PSI-BLAST再起動用の入力ファイル

-R （メガブラスト）
出力の最後にログ情報を報告します

-S N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
megablast）データベースに対してblastn、blastx、tblastxを検索するためのクエリストランド：
1トップ
2下
3両方（デフォルト）

-S N （blastpgp）
クエリで必要な領域の開始（デフォルト= 1）

-S N （シードトップ）
カットオフコスト（デフォルト= 30）

-T （bl2seq、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、megablast、
rpsblast）HTML出力を生成します

-T N （blast2）
不連続な単語テンプレートの種類：
0コーディング（デフォルト）
1最適
2同時

-U （bl2seq、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、megablast、
rpsblast）クエリシーケンスに小文字のフィルタリングを使用する

-V （bl2seq、blastall、megablast）
レガシーエンジンの使用を強制する

-V （blast2）
データベーススキャンに可変ワードサイズアプローチを使用する

-W N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、megablast、rpsblast）サイズの単語を使用する N （最適な一致の長さ;
ゼロはデフォルトの動作を呼び出しますが、メガブラストはデフォルトで28になり、
blastpgp。デフォルトは3です。他のコマンドのデフォルト値は次のように異なります。
「プログラム」：blastnの場合は11、megablastの場合は28、その他すべての場合は3。）

-X N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、megablast、rpsblast、seedtop）ギャップアラインメントのXドロップオフ値（
ビット）（ゼロはデフォルトの動作を呼び出しますが、メガブラストはデフォルトで20になります。
およびrpsblastとseedtop。デフォルトは15です。他のデフォルト値
コマンドは「プログラム」によって異なります。blastnの場合は30、megablastの場合は20、tblastxの場合は0、
他のすべてについては15。）

-Y X （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、megablast、rpsblast）検索スペースの有効長（にゼロを使用）
実寸）

-Z N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
megablast、rpsblast）最終的な[動的計画法？]ギャップのXドロップオフ値
ビット単位のアラインメント（デフォルトはblastnおよびmegablastの場合は100、tblastxの場合は0、
その他）

-a ファイル名 （bl2seq）
テキストASN.1出力を ファイル名

-a N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala、megablast、rpsblast）使用するスレッドの数（デフォルトはXNUMX）

-b N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
インパラ、メガブラスト、rpsblast）アラインメントを表示するデータベースシーケンスの数
（B）（デフォルトは250）

-c （blast2）
小文字をマスクする

-c N （インパラ）
マルチパスバージョンの疑似カウントの定数。 0（デフォルト）はエントロピー法を使用します。
それ以外の場合は、30に近い値をお勧めします

-c N （インパラ）
マルチパスバージョンの疑似カウントの定数（デフォルトは10）

-d N （bl2seq）
の理論上のDBサイズを使用する N （ゼロは実際のサイズを表します）

-d STR （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala、megablast、seedtop）使用するデータベース（デフォルトはすべての実行可能ファイルのnrです
blast2を除き、これが設定されていない場合はXNUMX番目のFASTAシーケンスが必要です）

-d ファイル名 （rpsblast）
RPSBLASTデータベース

-e X 期待値（E）（デフォルト= 10.0）

-f X （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
ヒットを拡張するためのしきい値。ゼロの場合のデフォルト：blastnおよびmegablastの場合は0、
blastp、blastxの場合は12、tblasnとtblastxの場合は13。

-f N （blastpgp）
ヒットを拡張するためのしきい値（デフォルトは11）

-f （メガブラスト）
出力に完全なIDを表示します（デフォルト：GIまたはアクセッションのみ）

-f （シードトップ）
可能性が高すぎる場合でも、パターンを強制的に検索する

-g F （bl2seq、blastall、blastall_old、blastcl3）
ギャップ調整を実行しないでください（tblastxの場合はN / A）

-g （blast2）
ギャップのある拡張機能に欲張りアルゴリズムを使用する

-g F （メガブラスト）
不連続なメガブラストがデータベースのすべてのベースに対して単語を生成するようにします
（現在のBLASTエンジンでは必須）

-h N （blast2）
フレーム外ギャップに対するフレームシフトペナルティ（blastx、tblastnのみ。デフォルトは
ゼロ）

-h X （blastpgp、インパラ）
マルチパスモデルに含めるためのe値のしきい値（blastpgpのデフォルト= 0.002、
インパラの場合は0.005）

-i ファイル名
シーケンスの読み取り（最初、クエリ）またはからの設定 ファイル名 （デフォルトはstdinです。
スコアマットから再起動する場合はblastpgp）

-j ファイル名 （bl2seq、blast2）
XNUMX番目の（サブジェクト）シーケンスを読み取るか、 ファイル名

-j N （blastpgp）
マルチパスバージョンで使用するパスの最大数（デフォルト= 1）

-k STR （blast2）
PHI-BLASTのパターン

-k ファイル名 （blastpgp、シードトップ）
PHI-BLASTの入力ヒットファイル（デフォルト= hit_file）

-l STR （blastall、blastall_old、blastpgp、megablast）
データベースの検索をGIの[文字列]のリストに制限します

-l ファイル名 （rpsblast）
メッセージをに記録する ファイル名 標準エラーではなく。

-m （bl2seq）
検索にメガブラストを使用

-m N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
インパラ、メガブラスト、rpsblast）アライメントビューオプション：
0ペアワイズ（デフォルト）
1つのクエリアンカー付きのIDを表示
2クエリアンカー、IDなし
3つのフラットクエリアンカー、IDの表示
4フラットクエリアンカー、IDなし
5クエリアンカー、IDなし、平滑末端
6フラットクエリアンカー、IDなし、平滑末端
7 XML Blast出力（impalaでは使用できません）
8表形式（インパラでは使用できません）
コメント行付きの9つの表形式（インパラでは使用できません）
10 ASN.1テキスト（impalaまたはrpsblastでは使用できません）
11 ASN.1バイナリ（impalaまたはrpsblastでは使用できません）

-n （blast2）
シーケンスIDでGIを表示する

-n （blastall、blastall_old、blastcl3）
MegaBlast検索

-n （メガブラスト）
アフィンギャップスコアに貪欲でない（動的計画法）拡張を使用する

-o ファイル名
最終調整レポートを ファイル名 stdoutではなく

-p STR （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
「プログラム」（比較タイプ）を使用する STRを選択します。 DESCRIPTION セクションはこれをカバーしています
オプションの詳細。

-p STR （blastpgp）
PHI-BLASTのプログラムオプション（デフォルト= blastpgp）

-p X （メガブラスト）
IDパーセンテージカットオフ（デフォルト= 0）

-p F （rpsblast）
クエリ配列はヌクレオチドであり、タンパク質ではありません

-p STR （シードトップ）
プログラム名：
patmatchpは、シーケンスで発生するパターンを示します
patternpは、どのシーケンスにパターンが含まれているかを示します

-q N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
メガブラスト、シードトップ）ヌクレオチドミスマッチに対するペナルティ（blastnのみ）（デフォルト= -10
シードトップの場合、その他すべての場合は-3）

-q N （blastpgp）
ASN.1チェックポイントデータのスコアマット入力：
0スコアマット入力なし（デフォルト）
1ASCIIスコアマットチェックポイントファイルから再起動
2バイナリスコアマットチェックポイントファイルから再起動します

-r N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
megablast、seedtop）ヌクレオチド一致に対する報酬（blastnのみ）（デフォルト= 10
シードトップ、その他すべての場合は-10）

-s （blast2）
No-op（以前はデータベースのすべてのベースに対して単語の生成を要求されていました）

-s （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp）
局所的に最適なSmith-Watermanアライメントを計算します。 blastall、blastall_old、および
blastcl3、これはギャップ付きtblastnモードでのみ使用できます。

-s N （メガブラスト）
レポートする最小ヒットスコア（デフォルトの動作の場合は0）

-t N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
不連続な単語テンプレートの長さ（翻訳されたもので許可される最大のイントロン
複数の異なる割り当てをリンクする場合のヌクレオチド配列。 デフォルト= 0;
負の値は、blastall、blastall_old、およびblastcl3のリンクを無効にします。）

-t N[u]（blastpgp）
構成ベースのスコア調整。 最初の文字は次のように解釈されます。
0、F、またはf
構成ベースの統計はありません
1つの構成ベースの統計 ナル 29：2994-3005、2001
2、T、またはt
構成ベースのスコア調整 バイオインフォマティクス 21：902-911、2005、
ラウンド1のシーケンスプロパティを条件とします（デフォルト）
3構成ベースのスコア調整 バイオインフォマティクス 21：902-911、2005、
ラウンド1で無条件に

構成ベースの統計を使用している場合は、追加します u （大文字と小文字を区別しない）
引数は、整列p値と構成p値を組み合わせた統一p値を要求します
ラウンド1の値のみ。

-t N （メガブラスト）
不連続な単語テンプレートの長さ（0の場合は連続する単語[デフォルト]）

-u （blast2）
ギャップのない位置合わせのみを実行します（tblastxの場合は常にTRUE）

-u STR （blastcl3）
データベースの検索をEntrez2ルックアップの結果に制限します

-u N （blastpgp）
ASN.1チェックポイントデータのスコアマット出力：
0スコアマット出力なし（デフォルト）
1つの出力ASCIIスコアマットチェックポイントファイル（必須 -J)
2出力バイナリスコアマットチェックポイントファイル（必須 -J)

-v N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
インパラ、メガブラスト、rpsblast）表示するXNUMX行の説明の数（V）（デフォルト=
500）

-w N （blast2）
ウィンドウサイズ（最初のヒットのペア間の最大許容距離; 0は呼び出します
デフォルトの動作、-1は複数のヒットをオフにします）

-w N （blastall、blastall_old、blastcl3）
フレームシフトペナルティ（blastxのOOFアルゴリズム）

-y X （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala、rpsblast）ビット単位のギャップのない拡張機能のXドロップオフ（0.0はデフォルトを呼び出します
動作：blastnの場合は20、megablastの場合は10、その他すべての場合は7。）

-y N （メガブラスト）
ギャップのない拡張機能のXドロップオフ値（デフォルトは10）

-z N （blast2）
不均一ギャップHSPリンクの最長イントロン長（tblastnのみ。デフォルトは0）

-z N （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、
megablast、rpsblast）データベースの有効長（実際のサイズにはゼロを使用）

onworks.net サービスを使用してオンラインで blast2 を使用する