これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bowtie-build です。
プログラム：
NAME
bowtie-build - bowtie の色空間インデックスを構築する
SYNOPSIS
ボウタイビルド [オプション]*
DESCRIPTION
参照入力
refシーケンスを含むファイルのコンマ区切りリスト
ebwt_outfile_base
Ebwt データをこのディレクトリ/ベース名のファイルに書き込みます
OPTIONS
-f 参照ファイルはFasta（デフォルト）です
-c cmd ラインで指定された参照配列 ( )
--大きなインデックス
ref が 4 億未満であっても、生成されたインデックスを強制的に「大きく」します
ヌクレオチド
-C/ - 色
色空間インデックスを構築する
-a/-noauto
自動を無効にする -p/ -bmax / -dcvメモリフィッティング
-p/-満員
パックされた文字列を内部で使用します。 速度が遅くなり、使用するメモリが少なくなります
--bmax
ブロック単位の接尾辞配列ビルダーの最大バケットsz
--bmaxdivn
ref lenの約数としての最大バケットsz（デフォルト：4）
--dcv
ブロック単位の差分カバー期間（デフォルト：1024）
--nodc diff-coverを無効にします（アルゴリズムはXNUMX次式になります）
-r/-noref
.3/.4.ebwt (パックされた参照) 部分をビルドしないでください。
-3/-justref
.3/.4.ebwt (パックされた参照) 部分をビルドするだけです
-o/-オフレート
SA は 2^offRate BWT 文字ごとにサンプリングされます (デフォルト: 5)
-t/-ftabchars
初期ルックアップで消費された文字数（デフォルト：10）
--ntoa N を As に変換する
- シード
乱数ジェネレーターのシード
-q/ - 静かな
詳細出力（デバッグ用）
-h/ - ヘルプ
ツールとそのオプションの詳細な説明を印刷する
- 利用方法
この使用法メッセージを印刷する
- バージョン
バージョン情報を印刷して終了します
64 ビット lgw01-11 木曜日 26 月 11 日 11:03:2015 UTC 5.2.1 コンパイラー: gcc バージョン 20151123 XNUMX でビルド
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) オプション: -O3 -Wl,--hash-style=両方 -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong -Wフォーマット -エラー=フォーマットセキュリティ -g -O2 -fstack-protector-strong
-Wフォーマット -エラー=フォーマットセキュリティ -Wl,-Bsymbolic-関数 -Wl、-z、relro Sizeof {int、long、
ロングロング、void*、size_t、off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
onworks.net サービスを使用してオンラインで Bowtie-Build を使用する
