これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bowtieXNUMX-build です。
プログラム：
NAME
bowtie2-build - bowtie2-build-* のラッパー
SYNOPSIS
ボウタイ2-ビルド [オプション]*
DESCRIPTION
ベン・ラングミードによるボウタイ2バージョン2.2.6（[メール保護]、www.cs.jhu.edu / 〜langmea）
参照入力
refシーケンスを含むファイルのコンマ区切りリスト
bt2_index_base
bt2 データをこのディレクトリ/ベース名のファイルに書き込みます
*** Bowtie 2インデックスは、v2（v1ではない）でのみ機能します。 v1インデックスについても同様です。 ***
OPTIONS
-f 参照ファイルはFasta（デフォルト）です
-c コマンドラインで指定された参照シーケンス（ ）。
--大きなインデックス
ref が 4 億未満であっても、生成されたインデックスを強制的に「大きく」します
ヌクレオチド
-a/-noauto
自動を無効にする -p/ -bmax / -dcvメモリフィッティング
-p/-満員
内部でパックされた文字列を使用します。 遅く、メモリが少ない
--bmax
ブロック単位の接尾辞配列ビルダーの最大バケットsz
--bmaxdivn
ref lenの約数としての最大バケットsz（デフォルト：4）
--dcv
ブロック単位の差分カバー期間（デフォルト：1024）
--nodc diff-coverを無効にします（アルゴリズムはXNUMX次式になります）
-r/-noref
.3 /.4インデックスファイルを作成しないでください
-3/-justref
.3 /.4インデックスファイルを作成するだけです
-o/-オフレート
SAは2 ^ごとにサンプリングされますBWT文字（デフォルト：5）
-t/-ftabchars
初期ルックアップで消費された文字数（デフォルト：10）
- シード
乱数ジェネレーターのシード
-q/ - 静かな
詳細出力（デバッグ用）
-h/ - ヘルプ
ツールとそのオプションの詳細な説明を印刷する
- 利用方法
この使用法メッセージを印刷する
- バージョン
バージョン情報を印刷して終了します
onworks.net サービスを使用してオンラインで bowtie2-build を使用する
